El rescate por la Sección 9 de una niña raptada 16 años atrás por una organización en contra de la cibernetización se vuelve algo extraña.

Batou se infiltra en el apartamento de Motoko para recuperar sus armas escondidas después de quedar estos como únicos miembros de la Sección 9 en contacto.

Durante una visita a un campo de reufugiados, la Primer Ministro Kayabuki recibe una amenaza de muerte. El equipo de la Sección 9 debe por un lado protegerla y por otro descubrir el autor de la nota.

La Sección 9 sigue investigando a los 11 Individuales. La Mayor, Ishikawa, y Boma intentan conseguir información de un agente gubernamental, Ghoda, mientras que el resto intenta detener a uno de los 11 Individuales.

El equipo de Daisuke Aramaki consigue seguir el rastro de un miembro de los 11 Individuales hasta un fabricante de caras de ciborgs asesinado antes de poder interrogarle. La grabación de la escena muestra como culpable a Pazu.

During a scheduled maintenance, the Tachikomas begin to chat away about the Individual Eleven.

While talking in their new "forum", Batou and Togusa appear and take one of the Tachikomas - who just happens to be Batou's pet - with them to Spring-8 to look at the scientific evidence gathered on the Individual Eleven.

Despite close scrutiny by the authorities, the Dejima refugees declare their independence. Kuze is suspected to be the mastermind behind this new resistance and Section 9 is sent to detain him.

The Major hacks into the refugee cyberbrain hub and easily locates Kuze. When the team rushes to capture him, however, they find themselves in the middle of a trap.