發生同一型號的機器人相繼自殺事件，調查發現是因為病毒的緣故所造成，九課依據病毒內所留下的線索追緝兇手。

受到巴特特別照顧，使用天然潤滑油的攻殼車，在例行的記憶同步作業後，卻仍然保有自我意識，並離開九課跑到大街上，在一條巷子內遇到一名正在尋找走失小狗「洛基」的小女孩美樹，之後並與她一起前往「海見丘公園」，途中經過一個市場，攻殼車在那意外發現一個電子腦裝置，裡面居然還有靈魂。海見丘公園裡有一座洛基的墓，原來美樹早已知道洛基已經死亡，只是假裝不知道，而每天尋找著。攻殼車在送美樹回家後，回到九課，九課的人員因這件離家出走的突然狀況而對攻殼車進行檢查，發現可能是巴特給攻殼車使用的天然油造成了攻殼車的差異性，事後素子決定禁用天然油，並接著對攻殼車所帶回來的電子腦進行調查，電子腦一直保持在連線狀態，但一名鑒識人員潛入後，意識卻一直沒有回來，並失去了連繫，素子決定親自潛入，潛入後發現原來電子腦內是一座小劇場，裡面有許多因沉迷於劇場內放映的電影而不願回到現實世界的人們，包括先前潛入的鑒識人員，素子離開電子腦後，聽取石川的報告，原來這個電子腦裝置是一名叫神無月涉的不知名導演的電子腦，因在現實世界中受到資金及人才的影響而拍不出像樣的電影，所以希望在電子腦內完成自己心目中的電影，最後素子決定將電子腦從裝置中取出，換個容器來裝，使它無法上線，清查恢復意識的觀眾名單，並將販賣此裝置的老闆以販賣人口的罪嫌逮捕。

天空下著雨，在人來人往的大街上，有位文靜的少女在等待著什麼。突然間，少女消失了。九課的巴特與德古沙正在少女消失的街上搜索關於她的消息，有路人表示對該名少女有印象，但沒人看到她是如何消失的。有如此能力的團體只有一個，但該少女是神崎議員的女兒，對那團體是個大麻煩…

九課一行人來到厚生省拒捕新見局長，原因是懷疑局長與向日葵兇殺案及今來棲被殺事件有關。由於行兇的疑犯安岡奇魯班長一直都有記錄對話，局長也沒辦法再多做辯駁就被帶走了。荒卷離開局長辦公室，坐下樓的電梯時神崎議員出現同行，並透露幕後的黑手是野洲管理長官…

Post Traumatic Stress Disorder is put on full display. A Japanese National named Gino, who suffered through the horrors of Non-Nuclear World War IV, the Second Vietnam War, now passes his days as a helicopter pilot for the chairman of a media conglomerate. His cushy job, however, does not take away the sheer internal pain that Gino is facing.

As he moves through his isolated existence, Gino leaps between reality and fantasy. However, he keeps his dementia solely to himself. Having no one to help him, his condition continues to worsen.

Kuze and the Major come up with a plan to save the refugees, but the chances of its success are slim. Realizing this, the Tachikomas disobey the Major's orders and come up with a plan of their own. Batou has also disobeyed the Major's orders to go to the bridge and is desperately searching for her in the ruins of Dejima. Meanwhile, the Prime Minister is frustrated with being spurned by the Chief Cabinet Secretary. Determined to be remembered as more than a mere figurehead, she takes matters into her own hands.