Ein mehrbeiniger Kampfpanzer, der von einem unbekannten Hacker gesteuert wird, gerät außer Kontrolle. Nach einer Amokfahrt auf dem Testgelände von Kenbishi Industries fährt der mehrbeinige Panzer Richtung Stadtzentrum von Niihama. Kusanagi erklärt ihrer Einheit im Hauptquartier von Sektion 9, dass Takeshi Kago, der Entwickler des Panzers, eine Woche zuvor verstorben ist und sich keine terroristische Organisation bisher für den Raubüberfall verantwortlich erklärt hat. Das Militär lehnt jegliche Unterstützung ab, da kein terroristisches Motiv vorliegt, und somit wird Sektion 9 damit beauftragt, den Panzer zu stoppen.

Nach dem Selbstmord mehrerer Androiden führt Sektion 9 Ermittlungen bei deren Hersteller durch. Während Sektionsleiter Daisuke Aramaki den Fabrikmanager befragt, hacken sich Kusanagi und Tachikoma heimlich in die Datenbank der Fabrik ein, um ein mögliches Fehlverhalten von Seiten des Herstellers aufzudecken.

Die Dinge laufen aus dem Ruder und Kusanagi vermutet, dass der Lachende Mann ein Virus bei den Polizeieinheiten, die den Generalinspektor bewachen, eingeschleust hat. Während die Mitglieder von Sektion 9 versuchen, den Generalinspektor in Sicherheit zu bringen, versucht das Antivirusteam im Hauptquartier, in aller Eile einen Gegenimpfstoff zu entwickeln. Als die unmittelbare Bedrohung abgewendet ist, ordnet Aramaki an, dass Sektion 9 eigene Nachforschungen im Fall des Lachenden Mannes anstellt.

Das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Soziales wurde gehackt und geheime Daten aus dessen Datenbank gestohlen. Sektion 9 untersucht den Fall und stellt fest, dass der Einbruch in das System in einer Einrichtung erfolgt ist, die Personen mit dem Cyberbrain-Blockade-Syndrom hilft. Togusa ermittelt undercover und stellt fest, dass sich die Leiter der Einrichtung verdächtig verhalten.

Vor sechzehn Jahren war Aka Turkuro, die Tochter eines Managers einer Cyberfirma, von Gegnern der zunehmenden Cyborgisierung entführt worden. Sie blieb verschwunden, bis sie von der Küstenwache auf einer Insel mit einer Dekontaminierungsanlage vor Okinawa entdeckt wird. Sektion 9 wird heimlich mit zwei Aufträgen zur Insel geschickt: Überlebende Mitglieder der Küstenwache zu finden und sie zu evakuieren und das vermisste Mädchen zu retten.

Premierministerin Kayabuki hat offiziell die Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik annulliert, ein Schritt, der von vielen Flüchtlingen in ganz Japan kritisiert wird. Bei einer Tour auf der Insel Dejima, einem riesigen Ballungszentrum von Flüchtlingen, erhält die Premierministerin eine Morddrohung, und Aramaki wird zurate gezogen. Das Kabinett möchte, dass Sektion 9 die Premierministerin beschützt, eine Aufgabe, die das Team nur zögernd übernimmt.

Der fehlgeschlagene Versuch, das Leben des EX-Offiziers der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte zu retten, um ihn befragen zu können, bringt das Fass zum Überlaufen. Majorin Kusanagi beschließt, direkt auf die Datenbank des Kabinettgeheimdienstes zuzugreifen, um ohne komplizierte Umwege herauszufinden, was Gouda vorhat. Mit Hilfe von Tachikomas, die einen Angriff auf die Sicherheitsanlage des Gebäudes vortäuschen, kann sich die Majorin (als Chroma) in den Server des Kabinettgeheimdienstes hacken und Goudas Beweggründe aufdecken.

Batou und Togusa testen acht potentielle neue Rekruten für Sektion 9. Sie werden in Zweiergruppen aufgeteilt, so dass vier verschiedene Teams entstehen. Jedes Team bekommt die Aufgabe, die Majorin zu verfolgen. Die Majorin erweist sich jedoch als schwieriges Verfolgungsobjekt, und schließlich kann sie die Verfolger aller vier Teams abschütteln. Kurz nachdem das letzte Team von ihrer Fährte abkommt, wird Kusanagi unerwartet gehackt, und findet sich in einer scheinbar verlassenen Straße ohne Kommunikationsverbindung wieder.