外務大臣一行が、数体のアンドロイド芸者によって人質にとられるという事件が発生する。現場に急行した公安9課の草薙素子たちは、拘束されていた外交官を無事に助け出すことに成功するが、課長の荒巻は捜査を継続していく中で、軍の機密情報を含む重要書類、一ノ瀬レポートを巡る大きな陰謀が渦巻いていることを発見する。公安9課は、書類の国外流出を防ぐことができるのか？

ある雨の夜、トグサの元へ本庁時代の旧友である山口から電話がかかってくる。警察内部に不審な動きを察知したので相談にのって欲しいとのこと。トグサは山口から送られてきた、数枚の写真を手がかりに捜査を進める。ついにその謎を解いたトグサは、警察内部で不正使用されている、あるデバイスの実態に迫ることになる。

クゼの足取りを追い台湾に潜入した草薙は、マフィアに追われている少年をひょんなことから助けてしまう、行きがかり上、行動を共にする2人だったが、反発しながらも次第にその溝を埋めていく、しかし少年は、忽然と姿を消した、単独でマフィアとの取り引きに向かったのだ、そんな行動に呆れる草薙だったが、沸き上がってくる奇妙な感情に苦笑しつつ行動を開始する。

クゼを追い択捉に向かった9課。草薙は旧知の情報屋の元に急行するが、待っていたのはその男の死体だった。不自然に残されていたフロッピーを解析する草薙、するとそこにはプルトニウムの取引情報が記録されていた。買い手は何とアジア難民。クゼ達は、核を手に入れ独立を実現しようとしているのだ。取引を阻止する為、現場に向かう9課。しかし、そこでは既に難民と陸自のアームスーツが、戦闘を始めていた。この戦闘が意味するものは！？

激しさを増す軍の空爆攻撃により、出島に多くの血が流れる。草薙はその最中、クゼとの邂逅を果たすが陸自ヘリの急襲に遭い、２人は瓦礫の中に閉じ込められてしまう。一方、幽閉されていた茅葺を救い出した荒巻は米帝の動きを阻止するため、政治的手段を行使しようとする。しかしすでに米海軍の原潜は最終兵器のカウントダウンを始めていた。果たして、9課と出島の運命は！？