外交大臣及其秘書、後援會長、兩名北美產業振興會客人被藝妓機器人拘為人質，久保回代表軍方表示要介入，與不願放權的警方發生爭執，最後此事交由9課處理。突擊救出人質後定位了病毒釋放者，博馬、巴特等人抓住嫌犯，但後者燒燬電子腦中的記憶。久保回告訴荒卷外交大臣的秘書是情報人員，正在調查大臣突然對 「一之瀨報告書」感興趣一事，這是一份在非常時期生效的外交軍事計劃，認為她的死有隱情，9課介入調查。陀古薩發現大臣被換腦，對方利用大臣的軀體接觸到了那份報告書並準備逃往美國，在機場被及時攔截，大臣的電子腦也被取回。

巴特給自己的塔奇克馬使用天然機油。播磨研究學園劍菱重工一台新型戰車在調試中失控，九課出動阻止。經調查得知同事根據戰車設計者之一加護武的遺願在他死後將大腦接入戰車，取代原先的AI，加護武由於天生體質差對父母有怨恨，由於宗教的原因他無法進行義體化，他認為死後精神擺脫了宗教的束縛便作出這一舉動，九課認為他是想向父母報仇。同時荒卷與劍菱高層進行交涉以獲得戰車的數據並得到應對方法，劍菱方面出於商業利益不願透露，荒卷指出若此戰車造成重大破壞，軍隊是不會採購它的，最終劍菱妥協，九課用他們提供的專用黏膠阻止了戰車前進，素子正要取出加護武的大腦時，加護武的父母突然出現，為防萬一素子燒燬了他的大腦，但在向它注入病毒的瞬間，素子感到加護武的大腦處在複雜的情緒下，只是這已無法再獲悉了。

發生同一型號的機器人相繼自殺事件，調查發現是因為病毒的緣故所造成，九課依據病毒內所留下的線索追緝兇手。

某個下雨的夜晚，德古沙任職於總廳時的舊友山口，為「笑面男事件特別搜查本部」的成員，發覺警察內部有不尋常的舉動，便與德古沙聯絡，希望找他商量這件事，但山口卻在開車前往德古沙所在的途中，死於離奇車禍，德古沙於報紙上得知消息，感到此事可能不尋常，便前往參加山口的悼祭，希望能得到點蛛絲馬跡，後來從山口的妻子手中拿到一份山口死前寄回家的包裹，裡面只有一疊看似無關的照片，德古沙調查後發現這些照片的古怪之處，原來這些照片都是由一種稱為「攔截者」的裝置所拍攝，為一種設置於眼球內的隱密型攝影機，這種裝置的植入需被植入者的同意，但警察內部卻不當使用，未經當事人同意，便擅自將特別搜查部的相關職員在進行身體檢查時，偷偷植入攔截者，為了不讓事情被秘密掩蓋掉，素子故意將情報洩漏給媒體，後來因為媒體的批露，引起社會極大的震憾，警視總監為此舉行了說明記者會，但為了掩蓋這件事背後更大的陰謀，總監在私底下又做了其它的安排，在記者會途中，消失六年的「笑面男」再次以驚人的手法出現，並宣告了警視總監的暗殺預告，為此，沉寂六年的「笑面男事件」再度浮上檯面。

荒卷課長猜測記者會上發生的事為警方自導自演，為了得到證據，九課針對目前笑面事件特別搜查部所鎖定的重點人物「七尾」，重新進行調查，另一方面，素子因為六年前在笑面男事件時期，不在國內，所以對此事件的瞭解並不深入，為此素子重新讀閱當時的相關記錄及報道。六年前的某天，在一個現場直播的節目中，出現一名歹徒，持槍威脅著瀨良野基因科技公司社長，要求社長說明某件事實真相，但瀨良野社長不從，最後這名歹徒不得已只好放棄，並逃離現場，但整個過程最奇妙的地方在於，所有目擊者、包含攝影機畫面，都看不到這名歹徒的臉，只看到這名歹徒的臉上被一笑面圖案所覆蓋，全程目擊歹徒面孔的人只有兩名未經電子腦化的流浪漢，但他們並沒有仔細記住歹徒的特徵，這名歹徒也因這笑面圖案而被稱為「笑面男」，其後發生多起笑面男恐嚇企業的案件，很多公司因為這事件而股價大跌，其中受害最深的公司便是「瀨良野基因科技公司」，但就在笑面男事件正鬧的風風雨雨的時候，這名被評為特 A 級黑客的歹徒卻突然消失無蹤，瀨良野等被恐嚇公司也因此股價回穩，雖然警方在這件事的搜查上沒有多少進展，但因為這件事鬧的滿城風雨，在眾多的壓力下，警方不得已只好成立「笑面男事件特別搜查本部」持續搜查，這個機關一直到六年後的現在仍在運作。來到暗殺預告的當天，素子向課長提案擔任警視總監的護衛，獲得許可，便前往總監所在的會場，而另一邊巴特等人持續監視著七尾的一舉一動，在這期間，七尾並沒有任何特殊的舉動，只是一直在發送著無意義的電子信件，信件經過檢查，並沒有發現任何奇怪的地方或病毒存在，但就在七尾發送最後一封信件時，才發現這些信件為遲效性分割型病毒，但為時已晚，巴特與德古沙得知後立即衝進七尾所在的房間……

當巴特與德古沙衝入七尾所在房間後，發現原來打從一開始七尾就不在那裡，那不過是用來發送病毒的中繼站，巴特得知病毒的發送源後，立即與德古沙前往追捕，而此時，七尾卻在病毒發送源的所在地好以整暇的等待被緝捕，但在巴特他們前來之前，另一名男子卻進入了七尾的房間，並槍殺了七尾，巴特他們來到現場時已晚了一步，七尾這條線索便這樣斷了。而在警視總監所在會場，因為總監的其中一名護衛感染了七尾所發送的病毒，而發作襲擊總監，但被素子成功制止，其後素子護送總監離開，但護送過程中不斷發生對總監的襲擊事件，所幸最後還是成功安全護送總監離開，於其後對襲擊總監的相關犯人進行盤問，卻發現除了一開始的護衛是因感染病毒而襲擊總監外，其餘犯人卻都是自發性的個別行為，並無被入侵、感染的跡像，案情依舊陷入膠著。

捷諾馬的民主革命指導者、不死的英雄、南美的毒品大王"馬賽羅‧賈提" 近五年來頻繁出入日本境內，但負責相關事務的外事第一課無法掌握馬賽羅在日內境內的大部分活動，因此請求九課調查馬賽羅頻繁出入境內的原因。九課於新濱郊外山區附近追查到馬賽羅的行蹤，九課前往該處捉捕馬賽羅，但卻遭到多位馬賽羅的襲擊，於制服多位馬賽羅後，最後發現馬賽羅於此處以靈魂複製裝置進行靈魂複製，來量產馬賽羅替身，但本人早已死亡，為了讓世人相信馬賽羅還活在世上，替身的個體間就不能出現差異，以避免被人發覺，因此馬賽羅每隔一段時間便會來到日本進行記憶同步。

發生進行義體化手術後的病患其原器官被偷偷轉賣的事件，九課懷疑與在地下通路販賣電子腦裝置及器官的海外黑幫有關，因而進行調查，當調查至當時負責此案件但後來發生意外而住院的刑警，遇上兩名行跡可疑的男子出現在刑警病房，兩名男子見狀立即與另一位同伴會合逃逸，九課成功緝捕後，發現原來犯人為新濱醫科齒科大學的學生，犯人將進行義體化手術後取出的器官，未經原擁有者同意，擅自重貼器官儲存瓶上的標籤後，將其非法販賣牟利。

素子為了尋找笑面男的相關情報，而參加了一個名為笑面男聊天室的網絡聊天室。討論中，參與討論的成員「貝比魯斯」，在暗殺警視總監行動的當時，正在侵入現場的網絡，之後並在網絡上找到由七尾親手竄改並以七尾為名的認證服務器，從中發現到殘留了好幾個模擬過的計劃，例如再度恐嚇大型微機械企業、或鎖定改造人食品企業之類的計劃，但所有計劃都有一個共通點，計劃的成功關鍵都在於遲效性分割型病毒，但暗殺警視總監，卻不在原先的計劃中，貝比魯斯更大膽推測，這全是警方自導自演，但當時出現在暗殺現場的攻性防壁卻與警方布設的不同，未曾見過，推測這個攻性防壁是笑面男布下的。之後素子從貝比魯斯的手中得到暗殺總監當時攻擊素子替身防壁的攻性防壁。

發生連續多起殘忍的兇殺案，被害者的上半身皮膚都被以T恤形狀剝離，根據「美利堅帝國」CIA 所提供的情報，前美國海軍中士「馬可．亞莫雷迪」涉嫌重大。對於這次事件，CIA 特別要求秘密逮捕並無條件引渡犯人，並派了「佐籐鈴木」、「渡邊田中」兩名專員過來協助調查，九課於調查中發現一個與此事件相關的「落日計劃」，在先前的大戰中，為使敵國喪失作戰意志，由 CIA 所想出的作戰計劃，計劃內容為先讓工作人員潛入敵方，與當地人熟悉之後，再用盡所有可能的殘酷手法，殺害女人和小孩。此外還發現 CIA 其實並不打算引渡犯人回去，而是要借由意外，讓犯人死於逮捕的行動中。其後由佐籐鈴木所提供的意見，發現犯人是以下水道作為移動途徑，以此線索展開搜查，最後活捉了犯人，交還 CIA。

厚生省的數據庫遭到黑客入侵，其中甚至被竊取了 A 級機密以上的資料，但厚生省卻反常的對此事件冷處理，當做沒發生過，而入侵的來源為隔離重度電子腦自閉症患者的職業訓練機構，但此機構內的線路是對外隔離的，種種不尋常的跡象，使九課決定派德古沙扮成研究生潛入機構內調查，進入機構內後，德古沙被所長瑪爾達指派照顧一位坐輪椅的少年葵，在潛入期間聽聞關於團長的事情，但卻得不到任何情報。在德古沙使用地下纜線對外聯絡時，發現有人曾經使用過相同的線路，在配線箱的蓋子上還留有一段文字「I thought what I'd do was. I'd pretend I was one of those deaf-mutes or should I?」。其後潛入所長室，但卻被所長發現，並遭到攻擊，而被打昏在地，素子及巴特立即趕往救援，但當素子趕到德古沙遭受攻擊的現場，卻沒有發現攻擊的痕跡。事後調查關於葵的情報，卻一無所獲，德古沙想用素描的方式畫出葵的臉，卻因被更改過記憶，而畫出笑面男的圖樣。

受到巴特特別照顧，使用天然潤滑油的攻殼車，在例行的記憶同步作業後，卻仍然保有自我意識，並離開九課跑到大街上，在一條巷子內遇到一名正在尋找走失小狗「洛基」的小女孩美樹，之後並與她一起前往「海見丘公園」，途中經過一個市場，攻殼車在那意外發現一個電子腦裝置，裡面居然還有靈魂。海見丘公園裡有一座洛基的墓，原來美樹早已知道洛基已經死亡，只是假裝不知道，而每天尋找著。攻殼車在送美樹回家後，回到九課，九課的人員因這件離家出走的突然狀況而對攻殼車進行檢查，發現可能是巴特給攻殼車使用的天然油造成了攻殼車的差異性，事後素子決定禁用天然油，並接著對攻殼車所帶回來的電子腦進行調查，電子腦一直保持在連線狀態，但一名鑒識人員潛入後，意識卻一直沒有回來，並失去了連繫，素子決定親自潛入，潛入後發現原來電子腦內是一座小劇場，裡面有許多因沉迷於劇場內放映的電影而不願回到現實世界的人們，包括先前潛入的鑒識人員，素子離開電子腦後，聽取石川的報告，原來這個電子腦裝置是一名叫神無月涉的不知名導演的電子腦，因在現實世界中受到資金及人才的影響而拍不出像樣的電影，所以希望在電子腦內完成自己心目中的電影，最後素子決定將電子腦從裝置中取出，換個容器來裝，使它無法上線，清查恢復意識的觀眾名單，並將販賣此裝置的老闆以販賣人口的罪嫌逮捕。

16年前被極端團體興國旅團綁架的戶久良電子公司社長之女重新出現，海上保安廳在距沖繩島200海里的一個廢棄的海上工廠中發現了她與一群興國旅團成員在一起，相貌非常接近當年，DNA結果也符合本人。但不久先遣偵查的SST成員與基地失去聯繫。九課奉命調查。素子、陀古薩，巴特、齊籐分成兩組潛入，九課的支援飛機也在不遠處盤旋。平台甲板上竟十分熱鬧，因為附近的船員將它當作貿易集散地，巴特、齊籐循GPS信號找到了一名倖存者，但他精神受到了很大刺激，巴特認為這也許與他曾與對像女孩有過電子腦連接有關，倖存者說女孩成了領袖。另一面，素子、陀古薩找到了女孩，她正在與一名老太爭吵，素子接入女孩的電子腦，卻發現她並非戶久良小姐。此時興國旅團發現了入侵者開始反攻，激烈戰鬥隨即打響，九課增援趕來順利完成突圍。在飛機上人們發現那個女孩是戶久良小姐的女兒，而26歲的小姐卻因為長年的殘酷經歷急速衰老，那名SST成員就是讀取了對象電子腦後因為無法忍受而精神失常。

九課在破獲一件報復案，主嫌為華南省出身的暴力團團員時；發現該案的報復清單原應只有金融機構，卻有位個人投資家橫瀨兼元的資料也在上面。此時華南省公安局來電，發現疑為團員顧用黑社會殺手的跡象。於是九課為以防萬一，開始加強橫瀨週遭的安全防護並嘗試聯絡橫瀨…

齊籐在測試新狙擊系統時感到機器對義體化較低的自己的發揮有干擾。由於塔奇克馬的AI過度發展，少佐找人研究對策。而塔奇克馬們則偷偷與那台狙擊輔助設備連接，發現它是想消除來自齊籐的影響，致使無法把自己的想法表達出來。塔奇克馬們開會討論素子最近對它們的態度，認為這樣下去它們可能被送回實驗室，並由之談到生與死的關係，又談起美紀（那個找Locky的女孩），並談起當時的監視者可能是素子的義體。塔奇克馬們發現儘管所有經驗都被共享，但似乎還是有個體差異存在，比如巴特的專用機總能意識到自己就是專用機。在射擊訓練場上，專用機問巴特它們會不會被處理掉，並問有Ghost的感覺是怎樣的。巴特也說它們變得奇怪了。回到塔奇克馬集體中，它們認為人類不喜歡機械過於接近人類，人類希望機械要有機械的樣子，它們決定作出機械的樣子來博取素子的好感。少佐來找巴特，塔奇克馬們用機械的樣子回答她的提問，但之後對素子突然找巴特產生疑問，決定對兩人的談話進行監聽。少佐由於一直在監視著塔奇克馬的舉動，所以早有對策。少佐嘴上講關於巴特不適合擔任訓練教官的問題以迷惑正在讀唇的塔奇克馬，暗地裡卻利用電子腦通訊告知巴特由於AI進化過快塔奇克馬將被送回實驗室，因為產生自我意識、可能會怕死的機械作為兵器是不適合的。

唱著民謠的塔奇克馬們被卸下裝備送往實驗室，巴特為此悶悶不樂。巴特奉命去調查一起間諜案，以航空隊員身份混入軍事基地，調查對像柴契夫是前拳擊冠軍，如今的格鬥教官，巴特與之較量，給他留下深刻印象，但最後巴特故意敗下陣來並向他討教，柴契夫很欣賞巴特，邀請他到家中。在那兒，柴契夫回憶唯一的一次拿銀牌的比賽改變了他的人生，從此他再未參加比賽。這時有人找他於是談話結束。次日柴契夫在基地辦公室內伺機盜取了情報，巴特則趁他不在自己辦公室的機會潛入觀察到他的盜取行為，但巴特的監視行為被察覺，柴契夫返回，所幸巴特及時隱藏了起來。但柴契夫產生了戒心，故意找巴特喝酒，藉機調查他的身份，但巴特的身份偽造做得很逼真，柴契夫並未看出問題。當晚他去交貨，巴特將他們一舉抓獲。巴特對柴契夫的利慾熏心感到憤怒，因為他曾是柴契夫的忠實愛好者。在巴特提議下，兩人又較量一番，這次巴特沒有再故意讓他，而是擊倒了長期疏於訓練的柴契夫。巴特完成了任務卻仍然悶悶不樂，既是為了柴契夫的墮落，也是為了塔奇克馬們。

荒卷與少佐一同出差至英國參加「國際恐怖對策會議」，會議後荒卷想拜訪一位經營「葡萄酒基金」公司的老朋友，於是先下車並交待少佐在兩小時後再回來找他。那老朋友是位美麗的女性，覺得公司似乎被黑手黨用來洗錢，希望荒卷能幫忙。荒卷表示此為英國，隨便行動會變越權行為，且老朋友也知道他「不因私情而行動」的原則。但同一時間，兩位來路不明的男子潛入了葡萄酒基金公司的大廳……

中國外交次長金到日本鹿兒島祭拜戰亡的英靈，有人放話將暗殺金，九課因而進入警戒狀態。荒卷要去老朋友過崎的七週年冥祭，暫且將指揮權交給巴特。過崎是個因電腦硬化症而死去的人之一，在冥祭上，荒卷遇見了他的女兒沙織。沙織對荒卷說最近她弟弟優很反常，越來越像她父親。優是過崎的兒子，可是優不僅只是樣貌像過崎，最近就連說話的口氣和種種行為也一模一樣。荒卷對沙織表示他不能因為個人的因素而濫用職權後，回到了九課。此時九課已掌握嫌疑最重的殺手資料，荒捲到達後少佐將嫌疑犯的相片交給他，荒卷看到相片上的人頓了一下，居然是過崎的兒子－優……

天空下著雨，在人來人往的大街上，有位文靜的少女在等待著什麼。突然間，少女消失了。九課的巴特與德古沙正在少女消失的街上搜索關於她的消息，有路人表示對該名少女有印象，但沒人看到她是如何消失的。有如此能力的團體只有一個，但該少女是神崎議員的女兒，對那團體是個大麻煩…

笑面男事件因德古沙的努力更進一步釐清，但德古沙因此受重傷。向日葵會大力讚揚村井疫苖對於電腦硬化症有非常良好的療效，但為何那麼好的藥卻鮮為人知～？

德古沙在急救室裡看到荒卷與少佐，指著自己的頭說腦並沒有受傷，請他們把自己這16小時的記憶取出。九課的人分別體驗德古沙受傷的感覺，巴特在感受後特別激動。荒卷課長前往厚生省詢問新見局長「向日葵的清掃命令」的理由，在荒卷離開後局長聯絡的人，正是弄傷德古沙的生化人～…

九課一行人來到厚生省拒捕新見局長，原因是懷疑局長與向日葵兇殺案及今來棲被殺事件有關。由於行兇的疑犯安岡奇魯班長一直都有記錄對話，局長也沒辦法再多做辯駁就被帶走了。荒卷離開局長辦公室，坐下樓的電梯時神崎議員出現同行，並透露幕後的黑手是野洲管理長官…

在野黨幹事長藥島薰議員是個在黨內佔有龍頭實力寶座的人物，而且在「笑面男事件」發生時亦為當時的省生大臣。ArmSuit（重裝甲）似乎也是從他那邊流出的…

德古沙回到九課報到，荒卷課長令他與自己一向前往首相官邸，在開車前內務大臣緊急聯絡荒卷並要他看新聞。新聞報道指九課涉嫌綁架瀨良野社長，雖然這並非事實，但消息走漏的消息仍讓九課有些不安。荒卷指示要大家別慌，照預定計劃走。荒卷與首相見面後，將藥島議員不法的資料交予首相，但首相卻決定施行特殊部隊的法案…會後荒卷與少佐通話，對於少佐的問題沒有正面回應，只交待少佐招集全體人員並且「不要死，一定要活下去。」另一方面，久不見的塔奇克馬登場，巴特專用機在老人院工作著，看到了九課的相關新聞…

巴特為了想幫素子（少佐）取回她的手錶，而到了她的住處附近。另一方面，荒卷找法務部官員以求保住九課成員生還，但因藥島勢力過於強大，該官員也無可奈何。塔奇克馬（巴特專用機）在老人院頂樓工作告一段落後望著遠處的九課建築，爺爺交給它一顆炮彈，讓它堅定救人的心意。塔奇克馬回到原是九課建築的廢墟之中，看到巴特留下來的天然機油，此時另外兩架塔奇克馬（一輛被漆成黃色，另一輛是灰色的）也到了，三台塔奇克馬決定合作去救巴特…

素子少佐的意識在肉體被破壞前就已進入網絡，經過一段日子審問的德古沙被釋放，渾渾噩噩的過日子。他不想相信九課是被荒卷課長所背叛，可是在九課成員都被抓，甚至少佐被宣告死亡的情況之下，課長居然完全無任何音訊。原本德古沙想再找另一份普通的上班工作，但發現自己無論如何都嚥不下這口氣。他拿起自己的左輪手槍，走到藥島議員所在的建築前，卻有人搶先一步用槍抵著他的背…