외무부 장관 일행이 일본 기생 로봇에게 인질로 붙잡히는 사건이 발생한다. 현장에 급히 출동한 공안 9과 쿠사나기 모토코 일행은 억류된 외교관을 무사히 구하는 데는 성공하지만, 과장인 아라마키는 이 사건에 군의 기밀 정보가 포함된 중요한 서류인, “1의賴” 리포트를 둘러싼 커다란 음모가 소용돌이치고 있음을 발견한다. 공안 9과는 이 서류가 해외로 유출되는 것을 막을 수 있을 것인가?

중국에서 온 킬러 펨이 개인 투자가로 성공한 대부호 요코세를 노린다는 정보를 입수한 9과는 요코세 보호 작전을 펼친다. 그러나 요코세는 호화 저택의 위치 외에는 모든 게 베일에 가려진 인물이었다. 과연 9과 대원들은 암살을 막을 수 있을까? 그리고 베일에 싸인 인물 요코세의 정체란?

스스로를 「개별 11인」이라고 밝힌 테러 집단이 중국대사관을 점거했다. 비밀리에 출동한 공안 9과 멤버들은 무기한 대기명령 해제를 기다린다. 총리는 희생자 없이 15분 내에 테러리스트를 진압하라는 조건으로 돌입을 허가하지만.

3대 네트워크 JBNN 카타쿠라 회장의 전속 파일럿을 담당한 기노. 흠모하고 있던 고급창부 "힐라라"를 기만과 부정으로 가득한 세상에서 구해내고 싶다. 의협심에 휩싸인 기노는 그들의 정의에 철퇴를 내리기 위해 행동을 개시한다!

합동 군사훈련 중에 AI 헬기가 폭주한다. 각지에 있는 무인 헬기가 그 뒤를 따르고, 모이기 시작했다. 그리고 대응에 나서려는 9과 앞에 홀연히 등장한 내각정보청의 "고다". 쿠사나기 일행은 그의 진의를 모른 채 다치코마를 데리고 출격하나.

「개별 11인」이 카야부키 수상에게 암살예고문을 보냈다. 9과는 경비에 나서지만, 참배에 틈타 암살이 실행된다. 카야부키 앞에 나타난 전신의체의 사내, 「쿠제」. 과연 쿠사나기는 저지할 수 있을까!

에너지 성을 협박하던 사내가 의문사 했다. 토그사는 그의 행적을 쫓기 위해 초위난민거주구 「도쿄」로 간다. 하지만 도쿄 지하 깊은 곳에는 있을 리 없는 물건이 나오려 하고 있었다.

신주쿠 지하 원전에서 발견한 연료봉의 해상운반계획이 「개별 11인」에게 유출되었다. 9과는 고다의 지휘에 따라 운반임무를 맡게 되나, 지나가게 될 육로는 불온한 공기가 감도는 난민거주구였다!

「개별 11인」용의자 카와시마를 구속하기 위해 분주한 9과. 하지만 허구가 현실로 변환되는 순간, 허구는 진실이 된다. 그는 진정 「개별 11인」인가, 아니면 다른 목적을 가진 가짜인가.

삶에서 희망을 찾지 못한 자들이 저지르는 「자폭 테러」. 그리고, 그걸 저지하기 위해 분투하는 9과. 한편에서 혼자 내각정보청에 잠입한 쿠사나기는 고다의 가상인격과 대치하게 된다.

진짜인지 가짜인지 구별할 수 없는 거리에, 사람의 기억을 맡아준다는 가게가 있었다. 거기서 쿠사나기는 주인 없는 소년과 소녀의 의체를 만난다. 아무 말 없는 그들 사이에 존재한 이야기는...

거짓된 진실로 유도당하고 있는 「개별 11인」. 그리고 바이러스의 인자를 파악하기 시작하는 9과. 하지만 진실을 더 알기 위해 행동하려는 순간, 모든 것을 뒤집는 「칼날」이 뽑혔다!

쿠제의 얼굴을 단서로 조안작가의 집으로 향하는 9과. 하지만 카메라에 찍힌 파즈의 범죄에 뒷덜미를 잡힌다. 이것도 쿠제의 소행인가, 아니면…

미제국의 특사를 맞아 엄중 경계태세가 깔린 가운데, 대기중인 대원들은 포커에 열중하고 있었다. 거기서 연전연승을 거듭하던 사이토는, 자신의 왼눈과 포커페이스에 대해 이야기 하는데…

「이 사람 본 적이 있는 것 같아요…」연구소 폭파사건 조사 중에 기묘한 기시감을 느끼는 다치코마. 사고 후 행방이 묘연한 아스다 박사와, 자신들의 주체에 관해 의문을 가진 다치코마를 이어주는 것이란.

국제연합 평화유지군으로서 싸우고, 임무를 마친뒤에 찾아온 갈등. 9과도 쿠사나기도, 이시카와가 가지고 온 쿠제의 과거를 이해할 수 없었다. 한편, 악화일로로 치닫는 국내 정세는 일미안보 체결에 박차를 가한다…

당국이 추적하고 있는 정체불명의 테러리스트 「천사의 깃털」. 대규모 감시망이 거리를 뒤덮은 가운데, 바트의 뇌리에 스치는 어떤 소녀의 존재. 그리고 소녀의 비밀 그 끝에 도달한 순간, 천사가 또 다시 강림하였다…

초위난민들의 동일화된 행동은 자치구 선언으로 확대되었다. 쿠사나기는 쿠제를 체포하기 위해서 허브 전뇌로 다이브한다. 하지만 쿠제의 잠복처를 급습한 9과 앞에 예기치 못한 사태가 기다리고 있었다!

북방 끝의 에토로후 그곳은 낡은 전뇌도시이자 혼돈의 소용돌이. 9과는 단편적인 정보를 가지고 쿠제의 목적을 예측한 뒤 구 러시아의 잠수함 기지로 간다. 하지만 거기엔 이미 난민들과 암 슈트가 전투를 벌이고 있었다!

쿠제와 9과 사이에 존재하는 작은 동기의 차이는 그에게 포위망을 뚫고 데지마로 가는 원동력이 된다. 하지만 사람들의 눈앞에 펼쳐진 광경은 제3의 의지가 존재함을 예견했다.

「개별 11인」이 최후를 맞이했던 큐슈 전파탑에 플루토늄 폭탄이 설치되었다. 해체 처리를 위해 사람들을 대피시켜 정적에 휩싸인 거리에서, 바트는 의연히 고다를 찾아간다. 쿠제가 자결하지 않았던 그 곳에서 두 사람이 주고 받는 이야기는…

이미 예정되어 있었던 초위 난민과 자위군의 대치상황. 하지만 물이 낮은 곳으로 흐르듯 사람들의 마음도 쉽게 낮은 곳으로 흐르고 만다. 일발의 총성이 상황을 급변시키고, 사태는 극도로 혼미해진다.

제공권을 장악당하여 짓눌리는 초위 난민들. 고다의 책략이 점점 더 모습을 드러내는 가운데, 9과는 데지마로 돌입한다. 한편, 쿠제는 사람들을 허브 전뇌에 유도하기 위해 다른 방책을 준비하고 있었다…

쿠제와 해후하는 쿠사나기, 그리고 카야부키를 구출하는 아라마키 사태가 수습되는 것만 같았다. 하지만 다치코마가 알아낸 정보는 9과의 행동이 아직도 고다의 손바닥 위에서 놀아나고 있다는 걸 알려주고 있었다.

종언은 수많은 통과점의 하나일 뿐이며, 또 다른 시작일 뿐이리라. 자기 희생으로 공격을 저지하는 다치코마. 혁명의 완성을 보지 못하고 눈을 감는 쿠제. 고다와의 인과를 청산하는 9과. 그리고…