Zwei Jahre sind vergangen, seitdem Sektion 9 mit Gewalt von den Umibozu aufgelöst wurde. In der Zwischenzeit haben sich Mitglieder von Sektion 9 neu organisiert, ihre Stützpunkte wiederaufgebaut und ihre alte Rolle als Spezialeinheit zur Bekämpfung des Cyberkriegs übernommen. Doch das Team ist wie in einem Machtvakuum gefangen, denn obwohl die Gruppe neuformiert wurde, operiert sie ohne Zustimmung der japanischen Regierung, da diese auf das „Gesetz zur Beschränkung von Sondereinheiten“ zurückgriff.

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Nach dem nuklearen Dritten Weltkrieg und dem nicht-nuklearen Vierten Weltkrieg (auch Zweiter Vietnamkrieg genannt) verabschiedete Japan ein Gesetz, bekannt als Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik, das Flüchtlinge aus ganz Asien einlädt, nach Japan zu kommen. Hunderte asiatischer Flüchtlinge nahmen Japans Angebot an, kamen ins Land und übernahmen schlecht bezahlte Jobs verschiedener Firmen, welche so ihren Bedarf an Niedriglohnarbeitskräften deckten.

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Ein förmliches Prüfverfahren von Tadokoro ergibt, dass er möglicherweise Schwarzgelder des ehemaligen Generalsekretärs Yakushima verwaltet. Dies veranlasst die Regierung, ihre eigenen Ermittlungen zu den Anschuldigungen anzustellen. Aber es gibt zwei Probleme: Tadokoros Tresor ist hochmodern. Nur er hat Zugriff auf das Vermögen im Tresor. Eine weitere, unmittelbarere Sorge ist der Plan des Hackerdiebs „Cash Eye“, während einer exklusiven High Society-Party in den Tresor einzudringen.

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Im Vorfeld der geplanten Ankündigung der Premierministerin, die Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik aufzuheben, ist gerade die größte je durchgeführte Gefechtsübung der Japanischen Selbstverteidigungsstreitkräfte im Gange. Als Teil dieses Manövers hat eine Gruppe von Soldaten der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte um 5:30 Uhr morgens einen Überraschungsangriff auf ein Gebäude inszeniert, in dem eine simulierte Flüchtlingsterroristengruppe einen „Think-Tank“, einen intelligenten Kampfpanzer, versteckt haben soll.

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Premierministerin Kayabuki hat offiziell die Flüchtlingssondermaßnahmenpolitik annulliert, ein Schritt, der von vielen Flüchtlingen in ganz Japan kritisiert wird. Bei einer Tour auf der Insel Dejima, einem riesigen Ballungszentrum von Flüchtlingen, erhält die Premierministerin eine Morddrohung, und Aramaki wird zurate gezogen. Das Kabinett möchte, dass Sektion 9 die Premierministerin beschützt, eine Aufgabe, die das Team nur zögernd übernimmt.

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Der Hauptverdächtige hinter einem Erpressungsversuch des Energieministers wird tot in der Stadt Nihima aufgefunden. Zunächst glaubt man, er sei Opfer eines tragischen Unfalls. Eine genauere Untersuchung der Leiche ergibt jedoch, dass es sich um Mord handelt. Togusa geht dem Todesfall des Verdächtigen weiter nach und stößt auf „fotografische Beweise“, die der Mann gegen den Energieminister hatte nutzen wollen. Unglücklicherweise muss Togusa feststellen, dass der Film Licht ausgesetzt und dadurch völlig schwarz wurde.

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Aramaki wird ins Büro der Premierministerin gerufen, nachdem Pläne, Plutonium aus dem Uchikon 7-Distrikt durch den Shonjuku-Flüchtlingsdistrikt zu transportieren, an Terroristen durchsickerten. Trotz einer Razzia der Küstenwache, die den Verkauf von Waffen an Terroristen beenden konnte, hält die Sorge an, dass die Flüchtlingsterroristen immer noch versuchen könnten, das Plutonium abzufangen. Um das zu verhindern, erhält Sektion 9 die Aufgabe, das Material aus dem Flüchtlingsdistrikt hinauszubegleiten.

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Aramaki will sich nicht länger von Gouda manipulieren lassen und beschließt, seine eigenen Ermittlungen im Fall der „Unabhängigen Elf“ anzustellen. Gleichzeitig nimmt er den Geheimdienst des Kabinetts ins Visier. Sektion 9 wird in zwei Teams aufgeteilt. Eines konzentriert sich auf die Beschaffung zusätzlicher Informationen im Zusammenhang mit den zwei zuvor genannten Fällen. Das andere Team erhält die Aufgabe, einen EX-Offizier der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte aufzuspüren, der sich bei einer Reihe von Aufnahmen in einem lokalen TV-Sender als wichtige Person herausstellte.

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Der fehlgeschlagene Versuch, das Leben des EX-Offiziers der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte zu retten, um ihn befragen zu können, bringt das Fass zum Überlaufen. Majorin Kusanagi beschließt, direkt auf die Datenbank des Kabinettgeheimdienstes zuzugreifen, um ohne komplizierte Umwege herauszufinden, was Gouda vorhat. Mit Hilfe von Tachikomas, die einen Angriff auf die Sicherheitsanlage des Gebäudes vortäuschen, kann sich die Majorin (als Chroma) in den Server des Kabinettgeheimdienstes hacken und Goudas Beweggründe aufdecken.

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Auf seinem Weg zur Arbeit wird Togusa in einen häuslichen Streit zwischen Yukadi Shisharow und ihrem Freund verwickelt: Die Frau läuft Togusa plötzlich vor das Auto und schreit um Hilfe. Bei dem Versuch, die Frau zu schützen, schießt Togusa mehrere Male in die Prothesenarme und -beine des Mannes. Trotzdem kann er den Tod der jungen Frau nicht verhindern. Da die Schüsse außerhalb seiner Dienstzeit fielen, wird eine Vorverhandlung einberufen, um den Fakten in dem Fall auf den Grund zu gehen.

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Batou und Togusa testen acht potentielle neue Rekruten für Sektion 9. Sie werden in Zweiergruppen aufgeteilt, so dass vier verschiedene Teams entstehen. Jedes Team bekommt die Aufgabe, die Majorin zu verfolgen. Die Majorin erweist sich jedoch als schwieriges Verfolgungsobjekt, und schließlich kann sie die Verfolger aller vier Teams abschütteln. Kurz nachdem das letzte Team von ihrer Fährte abkommt, wird Kusanagi unerwartet gehackt, und findet sich in einer scheinbar verlassenen Straße ohne Kommunikationsverbindung wieder.

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Die Tachikomas machen ein verborgenes Tor ausfindig, auf das man nur durch das europäische Satellitensystem Zugriff hat. Nachdem Boma durchs Tor gelangt ist, entdeckt er eine verdächtige Datei, die er für den Virus hält, von dem die „Unabhängigen Elf“ befallen sind. Ishikawa und Boma versuchen herauszufinden, wie der Virus in der Datei auf seine Opfer wirkt, indem sie die externen Erinnerungen eines infizierten Mitglieds der „Unabhängigen Elf“ nutzen.

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Aramaki beruft eine Lagebesprechung ein, um die Ereignisse rund um das plötzliche Auftauchen und den Mord/ Selbstmord von Mitgliedern der „Unabhängigen Elf“ zu erörtern. Die Techniker, die das Team informieren, glauben, dass der einzige Überlebende der Gruppe möglicherweise eine Gesichtsprothese nutzt, die einzigartig ist und von einem Künstler angefertigt wurde. Nur zwei Leute auf dem Gebiet haben die Fähigkeiten, ein Gesicht von dieser Qualität anzufertigen, was den Job von Sektion 9 ein wenig einfacher macht.

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Vertreter des Amerikanischen Imperiums sind in Japan angekommen, um ein neues Sicherheitsabkommen zu besprechen, und Sektion 9 ist eine der verschiedenen Gruppen, die das Verhandlungsgebäude schützen sollen. Außerhalb der Dienstzeit beginnen Mitglieder der Sicherheitsteams ein Pokerspiel. Aber bis jetzt hat Saito jedes Spiel gewonnen. Beschäftigt sie anfangs noch der Grund für das neue Sicherheitsabkommen, so wendet sich das Interesse der Tachikomas, die für die Sicherheitsfahrzeuge zuständig sind, schnell Saitos faszinierender Glückssträhne zu.

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Die Tachikoma-Flotte von Sektion 9 ist zur Routinewartung heruntergefahren. Während die Techniker die Flotte inspizieren, beginnen die intelligenten Kampfpanzer eine philosophische Diskussion über den Fall der „Unabhängigen Elf“ und die logischen Schlussfolgerungen und Beweggründe, die dahinterstecken. Allmählich schwenkt diese Unterhaltung um zum Thema des Selbst und der Frage, weshalb die Tachikomas plötzlich das Gefühl hatten, auf sich selbst herunterzuschauen. In der Zwischenzeit erstatten Togusa, Batou, dessen persönlicher Tachikoma und die Majorin SPring-8 Bericht, um Beweise zusammenzusetzen, die der Mitarbeiterstab von den 11 verstorbenen Mitgliedern der „Unabhängigen Elf“ gesammelt hat.

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Die Premierministerin beruft eine Versammlung ihres Kabinetts ein, um die Flüchtlingssituation zu diskutieren. Während der Versammlung versuchen mehrere Kabinettsmitglieder, ihre Verantwortung für das Problem von sich zu weisen. Hohe Militärs und lokale Exekutivorgane äußern jedoch ihre Sorge über den plötzlichen Flüchtlingszustrom zur Insel Dejima. Während einer Pause trifft sich die Premierministerin mit Aramaki und Kusanagi, die sie vor der Existenz von Cybergehirnzentralen warnen.

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Die Majorin stützt sich auf die Geheimdienstinformationen von Ishikawa und verfolgt eine Spur von Kuze, die sie nach Taiwan führt. Sie erfährt, dass er einen großen Einfluss auf die Flüchtlinge hatte und möglicherweise für den Aufbau eines Schmuggelrings von Drogen und Sprengstoff verantwortlich ist. Als sie dabei ist, die Polizeistation zu verlassen, teilt ihr der Kriminalbeamte mit, dass ihr Flugzeug nicht vor dem nächsten Tag abfliegen wird. So gewinnt Kusanagi dringend gebrauchte Zeit. Auf der Straße trifft Kusanagi ein Straßenkind, das in den Drogenhandel einsteigen will, um reich zu werden.

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Der Routineeingriff bei einem Patienten nimmt plötzlich einen unerwartet schlechten Verlauf, und das Ärzteteam muss großen Einsatz leisten, um ihn zu retten.

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Auf der Insel Dejima braut sich eine Krise zusammen. Die Flüchtlinge haben sich von Japan distanziert und wollen eine autonome Region schaffen, in der sie selbst verfügen können. Der Kabinettgeheimdienst nutzt die Situation aus, um Separatismus zu schüren. Da Dejima nun durch Polizisten in Schutzausrüstung abgeriegelt ist, beschließt Sektion 9 einen chirurgischen Schlag gegen die militanten Flüchtlinge durchzuführen, bei dem Kuze festgenommen werden soll.

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Sektion 9 reorganisiert sich nach dem Feuergefecht, und der Körper ihres toten Teamkollegen wird aus Dejima ausgeflogen. Aramaki sucht verzweifelt nach Informationen, wo am ehesten ein Plutoniumdeal mit dem Mob/ den Flüchtlingen stattfinden könnte. Er lässt ein paar Kontakte spielen und erfährt, dass die Insel Etorofu der wahrscheinlichste Ort dafür ist. Sektion 9 wird daher zur Insel geschickt, um diesen Deal zu stoppen. Gleichzeitig wird ein förmlicher Antrag an das Sicherheitsnetzwerk der Japanischen Maritimen Selbstverteidigungsstreitkräfte gestellt, Kuze zu jagen, falls es ihm gelingt, der Festnahme zu entgehen.

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Batou attackiert Kuze, um ihn daran zu hindern, mit dem Plutonium zu verschwinden. Aber Kuze erweist sich als besserer Kämpfer und schafft es, Batou gefechtsunfähig zu machen, indem er dessen rechtes Bein und linken Arm ausschaltet. Als Kusanagi am Schauplatz ankommt, zerstört sie mit den ihr zugewiesenen Tachikoma den anderen Kampfanzug der Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte. Es gelingt ihnen, Batou ausfindig zu machen, der sie über Kuzes Flucht informiert.

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Eine schmutzige Nuklearbombe wird im Kyushu-Funkturm der japanischen Hauptstadt Fukuoka gefunden. Daraufhin werden 35 Millionen Einwohner über einen Zeitraum von 5 Tagen evakuiert, damit die Bodenselbstverteidigungsstreitkräfte die Bombe sicher entschärfen und entfernen können. Militante Flüchtlinge sollen hinter dem Anschlagsversuch stecken. Aber Sektion 9 ist anderer Meinung. Mit Erlaubnis der Premierministerin betreten sie die Sperrzone, um die Bombe als er unter die Lupe nehmen zu können.

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Premierministerin Kayabuki trifft sich mit ihrem Kabinett, um über den Vorfall der Nuklearbombe in Fukuoka zu sprechen, aber das Kabinett hat schon beschlossen, die Armee einzusetzen, um das verbleibende Plutonium zurückzuerlangen, das auf der Insel Dejima versteckt sein soll. Zögernd stimmt Kayabuki dem Plan zu und kehrt in ihr Büro zurück, um Aramaki über den Beschluss zu unterrichten. Nach reiflicher Abwägung aller Optionen schlägt Aramaki vor, die Premierministerin einen Antrag bei den Vereinten Nationen stellen zu lassen, um für die Bergung des Plutoniums deren Nuklearinspektoren nach Dejima zu schicken.

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Wegen ihrer Entscheidung, die UN als Vermittler in der Dejimakrise hinzuzuziehen, enthebt der Kabinettssekretär die Premierministerin offiziell ihres Amtes. Zusammen mit Aramaki, Proto und Togusa wird die Premierministerin in einen verlassenen Raum des Gebäudes gebracht und unter Arrest gestellt. Obwohl Premierministerin und ihre Sektion 9-Eskorten getrennt werden, geben sie sich nicht geschlagen.

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Die Tachikoma-Einheiten haben mit Hilfe eines Satelliten ein U-Boot des Amerikanischen Imperiums entdeckt, das vor der Küste Okinawas Atomraketen transportiert. Die Tachikoma-Panzer sind besorgt über die Entdeckung, aber es gelingt ihnen nicht, sich in die computergesteuerte Ausrüstung des U-Boots zu hacken, um herauszufinden, welchen Auftrag das Schiff hat. Und zu allem Unglück sind die Raketen des U-Boots so konzipiert, dass sie zuerst in die Stratosphäre fliegen, bevor sie zur Erde zurückkehren.

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Die Japanischen Maritimen Selbstverteidigungsstreitkräfte feuern ein weiteres Artilleriefeuer und Raketen ab, als Flüchtlinge versuchen, auf behelfsmäßigen Flößen und Booten von der Insel Dejima zu fliehen. Um möglichst viele Flüchtlinge zu retten, befehlt Kusanagi den Tachikoma-Einheiten, jeden verfügbaren Platz im Netz zu sichern, um die Erinnerungen und Ghosts der Flüchtlinge speichern zu können. Unglücklicherweise ignorieren die Tachikoma-Einheiten dies und nehmen die Dinge selbst in die Hand.

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