外交大臣及其秘书、后援会长、两名北美产业振兴会客人被艺妓机器人拘为人质，久保回代表军方表示要介入，与不愿放权的警方发生争执，最后此事交由9课处理。突击救出人质后定位了病毒释放者，博马、巴特等人抓住嫌犯，但后者烧毁电子脑中的记忆。久保回告诉荒卷外交大臣的秘书是情报人员，正在调查大臣突然对 “一之濑报告书”感兴趣一事，这是一份在非常时期生效的外交军事计划，认为她的死有隐情，9课介入调查。陀古萨发现大臣被换脑，对方利用大臣的躯体接触到了那份报告书并准备逃往美帝，在机场被及时拦截，大臣的电子脑也被取回。

巴特给自己的塔奇克马使用天然机油。播磨研究学园剑菱重工一台新型战车在调试中失控，九课出动阻止。经调查得知同事根据战车设计者之一加护武的遗愿在他死后将大脑接入战车，取代原先的AI，加护武由于天生体质差对父母有怨恨，由于宗教的原因他无法进行义体化，他认为死后精神摆脱了宗教的束缚便作出这一举动，九课认为他是想向父母报仇。同时荒卷与剑菱高层进行交涉以获得战车的数据并得到应对方法，剑菱方面出于商业利益不愿透露，荒卷指出若此战车造成重大破坏，军队是不会采购它的，最终剑菱妥协，九课用他们提供的专用黏胶阻止了战车前进，素子正要取出加护武的大脑时，加护武的父母突然出现，为防万一素子烧毁了他的大脑，但在向它注入病毒的瞬间，素子感到加护武的大脑处在复杂的情绪下，只是这已无法再获悉了。

发生同一型号的机器人相继自杀事件，调查发现是因为病毒的缘故所造成，九课依据病毒内所留下的线索追缉凶手。

某个下雨的夜晚，德古沙任职于总厅时的旧友山口，为“笑面男事件特别搜查本部”的成员，发觉警察内部有不寻常的举动，便与德古沙联络，希望找他商量这件事，但山口却在开车前往德古沙所在的途中，死于离奇车祸，德古沙于报纸上得知消息，感到此事可能不寻常，便前往参加山口的悼祭，希望能得到点蛛丝马迹，后来从山口的妻子手中拿到一份山口死前寄回家的包裹，里面只有一叠看似无关的照片，德古沙调查后发现这些照片的古怪之处，原来这些照片都是由一种称为“拦截者”的装置所拍摄，为一种设置于眼球内的隐密型摄影机，这种装置的植入需被植入者的同意，但警察内部却不当使用，未经当事人同意，便擅自将特别搜查部的相关职员在进行身体检查时，偷偷植入拦截者，为了不让事情被秘密掩盖掉，素子故意将情报泄漏给媒体，后来因为媒体的批露，引起社会极大的震憾，警视总监为此举行了说明记者会，但为了掩盖这件事背后更大的阴谋，总监在私底下又做了其它的安排，在记者会途中，消失六年的“笑面男”再次以惊人的手法出现，并宣告了警视总监的暗杀预告，为此，沉寂六年的“笑面男事件”再度浮上台面。

荒卷课长猜测记者会上发生的事为警方自导自演，为了得到证据，九课针对目前笑面事件特别搜查部所锁定的重点人物“七尾”，重新进行调查，另一方面，素子因为六年前在笑面男事件时期，不在国内，所以对此事件的了解并不深入，为此素子重新读阅当时的相关记录及报道。六年前的某天，在一个现场直播的节目中，出现一名歹徒，持枪威胁著濑良野基因科技公司社长，要求社长说明某件事实真相，但濑良野社长不从，最后这名歹徒不得已只好放弃，并逃离现场，但整个过程最奇妙的地方在于，所有目击者、包含摄影机画面，都看不到这名歹徒的脸，只看到这名歹徒的脸上被一笑面图案所覆盖，全程目击歹徒面孔的人只有两名未经电子脑化的流浪汉，但他们并没有仔细记住歹徒的特征，这名歹徒也因这笑面图案而被称为“笑面男”，其后发生多起笑面男恐吓企业的案件，很多公司因为这事件而股价大跌，其中受害最深的公司便是“濑良野基因科技公司”，但就在笑面男事件正闹的风风雨雨的时候，这名被评为特 A 级黑客的歹徒却突然消失无踪，濑良野等被恐吓公司也因此股价回稳，虽然警方在这件事的搜查上没有多少进展，但因为这件事闹的满城风雨，在众多的压力下，警方不得已只好成立“笑面男事件特别搜查本部”持续搜查，这个机关一直到六年后的现在仍在运作。来到暗杀预告的当天，素子向课长提案担任警视总监的护卫，获得许可，便前往总监所在的会场，而另一边巴特等人持续监视著七尾的一举一动，在这期间，七尾并没有任何特殊的举动，只是一直在发送著无意义的电子信件，信件经过检查，并没有发现任何奇怪的地方或病毒存在，但就在七尾发送最后一封信件时，才发现这些信件为迟效性分割型病毒，但为时已晚，巴特与德古沙得知后立即冲进七尾所在的房间……

当巴特与德古沙冲入七尾所在房间后，发现原来打从一开始七尾就不在那里，那不过是用来发送病毒的中继站，巴特得知病毒的发送源后，立即与德古沙前往追捕，而此时，七尾却在病毒发送源的所在地好以整暇的等待被缉捕，但在巴特他们前来之前，另一名男子却进入了七尾的房间，并枪杀了七尾，巴特他们来到现场时已晚了一步，七尾这条线索便这样断了。而在警视总监所在会场，因为总监的其中一名护卫感染了七尾所发送的病毒，而发作袭击总监，但被素子成功制止，其后素子护送总监离开，但护送过程中不断发生对总监的袭击事件，所幸最后还是成功安全护送总监离开，于其后对袭击总监的相关犯人进行盘问，却发现除了一开始的护卫是因感染病毒而袭击总监外，其余犯人却都是自发性的个别行为，并无被入侵、感染的迹像，案情依旧陷入胶着。

捷诺马的民主革命指导者、不死的英雄、南美的毒品大王"马赛罗‧贾提" 近五年来频繁出入日本境内，但负责相关事务的外事第一课无法掌握马赛罗在日内境内的大部分活动，因此请求九课调查马赛罗频繁出入境内的原因。九课于新滨郊外山区附近追查到马赛罗的行踪，九课前往该处捉捕马赛罗，但却遭到多位马赛罗的袭击，于制服多位马赛罗后，最后发现马赛罗于此处以灵魂复制装置进行灵魂复制，来量产马赛罗替身，但本人早已死亡，为了让世人相信马赛罗还活在世上，替身的个体间就不能出现差异，以避免被人发觉，因此马赛罗每隔一段时间便会来到日本进行记忆同步。

发生进行义体化手术后的病患其原器官被偷偷转卖的事件，九课怀疑与在地下通路贩卖电子脑装置及器官的海外黑帮有关，因而进行调查，当调查至当时负责此案件但后来发生意外而住院的刑警，遇上两名行迹可疑的男子出现在刑警病房，两名男子见状立即与另一位同伴会合逃逸，九课成功缉捕后，发现原来犯人为新滨医科齿科大学的学生，犯人将进行义体化手术后取出的器官，未经原拥有者同意，擅自重贴器官储存瓶上的标签后，将其非法贩卖牟利。

素子为了寻找笑面男的相关情报，而参加了一个名为笑面男聊天室的网络聊天室。讨论中，参与讨论的成员“贝比鲁斯”，在暗杀警视总监行动的当时，正在侵入现场的网络，之后并在网络上找到由七尾亲手窜改并以七尾为名的认证服务器，从中发现到残留了好几个模拟过的计划，例如再度恐吓大型微机械企业、或锁定改造人食品企业之类的计划，但所有计划都有一个共通点，计划的成功关键都在于迟效性分割型病毒，但暗杀警视总监，却不在原先的计划中，贝比鲁斯更大胆推测，这全是警方自导自演，但当时出现在暗杀现场的攻性防壁却与警方布设的不同，未曾见过，推测这个攻性防壁是笑面男布下的。之后素子从贝比鲁斯的手中得到暗杀总监当时攻击素子替身防壁的攻性防壁。

发生连续多起残忍的凶杀案，被害者的上半身皮肤都被以T恤形状剥离，根据“美利坚帝国”CIA 所提供的情报，前美帝海军中士“马可．亚莫雷迪”涉嫌重大。对于这次事件，CIA 特别要求秘密逮捕并无条件引渡犯人，并派了“佐藤铃木”、“渡边田中”两名专员过来协助调查，九课于调查中发现一个与此事件相关的“落日计划”，在先前的大战中，为使敌国丧失作战意志，由 CIA 所想出的作战计划，计划内容为先让工作人员潜入敌方，与当地人熟悉之后，再用尽所有可能的残酷手法，杀害女人和小孩。此外还发现 CIA 其实并不打算引渡犯人回去，而是要借由意外，让犯人死于逮捕的行动中。其后由佐藤铃木所提供的意见，发现犯人是以下水道作为移动途径，以此线索展开搜查，最后活捉了犯人，交还 CIA。

厚生省的数据库遭到黑客入侵，其中甚至被窃取了 A 级机密以上的资料，但厚生省却反常的对此事件冷处理，当做没发生过，而入侵的来源为隔离重度电子脑自闭症患者的职业训练机构，但此机构内的线路是对外隔离的，种种不寻常的迹象，使九课决定派德古沙扮成研究生潜入机构内调查，进入机构内后，德古沙被所长玛尔达指派照顾一位坐轮椅的少年葵，在潜入期间听闻关于团长的事情，但却得不到任何情报。在德古沙使用地下缆线对外联络时，发现有人曾经使用过相同的线路，在配线箱的盖子上还留有一段文字“I thought what I'd do was. I'd pretend I was one of those deaf-mutes or should I?”。其后潜入所长室，但却被所长发现，并遭到攻击，而被打昏在地，素子及巴特立即赶往救援，但当素子赶到德古沙遭受攻击的现场，却没有发现攻击的痕迹。事后调查关于葵的情报，却一无所获，德古沙想用素描的方式画出葵的脸，却因被更改过记忆，而画出笑面男的图样。

受到巴特特别照顾，使用天然润滑油的攻壳车，在例行的记忆同步作业后，却仍然保有自我意识，并离开九课跑到大街上，在一条巷子内遇到一名正在寻找走失小狗“洛基”的小女孩美树，之后并与她一起前往“海见丘公园”，途中经过一个市场，攻壳车在那意外发现一个电子脑装置，里面居然还有灵魂。海见丘公园里有一座洛基的墓，原来美树早已知道洛基已经死亡，只是假装不知道，而每天寻找著。攻壳车在送美树回家后，回到九课，九课的人员因这件离家出走的突然状况而对攻壳车进行检查，发现可能是巴特给攻壳车使用的天然油造成了攻壳车的差异性，事后素子决定禁用天然油，并接着对攻壳车所带回来的电子脑进行调查，电子脑一直保持在连线状态，但一名鉴识人员潜入后，意识却一直没有回来，并失去了连系，素子决定亲自潜入，潜入后发现原来电子脑内是一座小剧场，里面有许多因沉迷于剧场内放映的电影而不愿回到现实世界的人们，包括先前潜入的鉴识人员，素子离开电子脑后，听取石川的报告，原来这个电子脑装置是一名叫神无月涉的不知名导演的电子脑，因在现实世界中受到资金及人才的影响而拍不出像样的电影，所以希望在电子脑内完成自己心目中的电影，最后素子决定将电子脑从装置中取出，换个容器来装，使它无法上线，清查恢复意识的观众名单，并将贩卖此装置的老板以贩卖人口的罪嫌逮捕。

16年前被极端团体兴国旅团绑架的户久良电子公司社长之女重新出现，海上保安厅在距冲绳岛200海里的一个废弃的海上工厂中发现了她与一群兴国旅团成员在一起，相貌非常接近当年，DNA结果也符合本人。但不久先遣侦查的SST成员与基地失去联系。九课奉命调查。素子、陀古萨，巴特、齐藤分成两组潜入，九课的支援飞机也在不远处盘旋。平台甲板上竟十分热闹，因为附近的船员将它当作贸易集散地，巴特、齐藤循GPS信号找到了一名幸存者，但他精神受到了很大刺激，巴特认为这也许与他曾与对象女孩有过电子脑连接有关，幸存者说女孩成了领袖。另一面，素子、陀古萨找到了女孩，她正在与一名老太争吵，素子接入女孩的电子脑，却发现她并非户久良小姐。此时兴国旅团发现了入侵者开始反攻，激烈战斗随即打响，九课增援赶来顺利完成突围。在飞机上人们发现那个女孩是户久良小姐的女儿，而26岁的小姐却因为长年的残酷经历急速衰老，那名SST成员就是读取了对象电子脑后因为无法忍受而精神失常。

九课在破获一件报复案，主嫌为华南省出身的暴力团团员时；发现该案的报复清单原应只有金融机构，却有位个人投资家横濑兼元的资料也在上面。此时华南省公安局来电，发现疑为团员顾用黑社会杀手的迹象。于是九课为以防万一，开始加强横濑周遭的安全防护并尝试联络横濑…

齐藤在测试新狙击系统时感到机器对义体化较低的自己的发挥有干扰。由于塔奇克马的AI过度发展，少佐找人研究对策。而塔奇克马们则偷偷与那台狙击辅助设备连接，发现它是想消除来自齐藤的影响，致使无法把自己的想法表达出来。塔奇克马们开会讨论素子最近对它们的态度，认为这样下去它们可能被送回实验室，并由之谈到生与死的关系，又谈起美纪（那个找Locky的女孩），并谈起当时的监视者可能是素子的义体。塔奇克马们发现尽管所有经验都被共享，但似乎还是有个体差异存在，比如巴特的专用机总能意识到自己就是专用机。在射击训练场上，专用机问巴特它们会不会被处理掉，并问有Ghost的感觉是怎样的。巴特也说它们变得奇怪了。回到塔奇克马集体中，它们认为人类不喜欢机械过于接近人类，人类希望机械要有机械的样子，它们决定作出机械的样子来博取素子的好感。少佐来找巴特，塔奇克马们用机械的样子回答她的提问，但之后对素子突然找巴特产生疑问，决定对两人的谈话进行监听。少佐由于一直在监视著塔奇克马的举动，所以早有对策。少佐嘴上讲关于巴特不适合担任训练教官的问题以迷惑正在读唇的塔奇克马，暗地里却利用电子脑通讯告知巴特由于AI进化过快塔奇克马将被送回实验室，因为产生自我意识、可能会怕死的机械作为兵器是不适合的。

唱着民谣的塔奇克马们被卸下装备送往实验室，巴特为此闷闷不乐。巴特奉命去调查一起间谍案，以航空队员身份混入军事基地，调查对象柴契夫是前拳击冠军，如今的格斗教官，巴特与之较量，给他留下深刻印象，但最后巴特故意败下阵来并向他讨教，柴契夫很欣赏巴特，邀请他到家中。在那儿，柴契夫回忆唯一的一次拿银牌的比赛改变了他的人生，从此他再未参加比赛。这时有人找他于是谈话结束。次日柴契夫在基地办公室内伺机盗取了情报，巴特则趁他不在自己办公室的机会潜入观察到他的盗取行为，但巴特的监视行为被察觉，柴契夫返回，所幸巴特及时隐藏了起来。但柴契夫产生了戒心，故意找巴特喝酒，借机调查他的身份，但巴特的身份伪造做得很逼真，柴契夫并未看出问题。当晚他去交货，巴特将他们一举抓获。巴特对柴契夫的利欲熏心感到愤怒，因为他曾是柴契夫的忠实爱好者。在巴特提议下，两人又较量一番，这次巴特没有再故意让他，而是击倒了长期疏于训练的柴契夫。巴特完成了任务却仍然闷闷不乐，既是为了柴契夫的堕落，也是为了塔奇克马们。

荒卷与少佐一同出差至英国参加“国际恐怖对策会议”，会议后荒卷想拜访一位经营“葡萄酒基金”公司的老朋友，于是先下车并交待少佐在两小时后再回来找他。那老朋友是位美丽的女性，觉得公司似乎被黑手党用来洗钱，希望荒卷能帮忙。荒卷表示此为英国，随便行动会变越权行为，且老朋友也知道他“不因私情而行动”的原则。但同一时间，两位来路不明的男子潜入了葡萄酒基金公司的大厅……

中国外交次长金到日本鹿儿岛祭拜战亡的英灵，有人放话将暗杀金，九课因而进入警戒状态。荒卷要去老朋友过崎的七周年冥祭，暂且将指挥权交给巴特。过崎是个因电脑硬化症而死去的人之一，在冥祭上，荒卷遇见了他的女儿沙织。沙织对荒卷说最近她弟弟优很反常，越来越像她父亲。优是过崎的儿子，可是优不仅只是样貌像过崎，最近就连说话的口气和种种行为也一模一样。荒卷对沙织表示他不能因为个人的因素而滥用职权后，回到了九课。此时九课已掌握嫌疑最重的杀手资料，荒卷到达后少佐将嫌疑犯的相片交给他，荒卷看到相片上的人顿了一下，居然是过崎的儿子－优……

天空下著雨，在人来人往的大街上，有位文静的少女在等待着什么。突然间，少女消失了。九课的巴特与德古沙正在少女消失的街上搜索关于她的消息，有路人表示对该名少女有印象，但没人看到她是如何消失的。有如此能力的团体只有一个，但该少女是神崎议员的女儿，对那团体是个大麻烦…

笑面男事件因德古沙的努力更进一步厘清，但德古沙因此受重伤。向日葵会大力赞扬村井疫苖对于电脑硬化症有非常良好的疗效，但为何那么好的药却鲜为人知～？

德古沙在急救室里看到荒卷与少佐，指著自己的头说脑并没有受伤，请他们把自己这16小时的记忆取出。九课的人分别体验德古沙受伤的感觉，巴特在感受后特别激动。荒卷课长前往厚生省询问新见局长“向日葵的清扫命令”的理由，在荒卷离开后局长联络的人，正是弄伤德古沙的生化人～…

在野党干事长药岛薰议员是个在党内占有龙头实力宝座的人物，而且在“笑面男事件”发生时亦为当时的省生大臣。ArmSuit（重装甲）似乎也是从他那边流出的…

德古沙回到九课报到，荒卷课长令他与自己一向前往首相官邸，在开车前内务大臣紧急联络荒卷并要他看新闻。新闻报道指九课涉嫌绑架濑良野社长，虽然这并非事实，但消息走漏的消息仍让九课有些不安。荒卷指示要大家别慌，照预定计划走。荒卷与首相见面后，将药岛议员不法的资料交予首相，但首相却决定施行特殊部队的法案…会后荒卷与少佐通话，对于少佐的问题没有正面回应，只交待少佐招集全体人员并且“不要死，一定要活下去。”另一方面，久不见的塔奇克马登场，巴特专用机在老人院工作著，看到了九课的相关新闻…

巴特为了想帮素子（少佐）取回她的手表，而到了她的住处附近。另一方面，荒卷找法务部官员以求保住九课成员生还，但因药岛势力过于强大，该官员也无可奈何。塔奇克马（巴特专用机）在老人院顶楼工作告一段落后望着远处的九课建筑，爷爷交给它一颗炮弹，让它坚定救人的心意。塔奇克马回到原是九课建筑的废墟之中，看到巴特留下来的天然机油，此时另外两架塔奇克马（一辆被漆成黄色，另一辆是灰色的）也到了，三台塔奇克马决定合作去救巴特…

素子少佐的意识在肉体被破坏前就已进入网络，经过一段日子审问的德古沙被释放，浑浑噩噩的过日子。他不想相信九课是被荒卷课长所背叛，可是在九课成员都被抓，甚至少佐被宣告死亡的情况之下，课长居然完全无任何音讯。原本德古沙想再找另一份普通的上班工作，但发现自己无论如何都咽不下这口气。他拿起自己的左轮手枪，走到药岛议员所在的建筑前，却有人抢先一步用枪抵着他的背…