Ein mehrbeiniger Kampfpanzer, der von einem unbekannten Hacker gesteuert wird, gerät außer Kontrolle. Nach einer Amokfahrt auf dem Testgelände von Kenbishi Industries fährt der mehrbeinige Panzer Richtung Stadtzentrum von Niihama. Kusanagi erklärt ihrer Einheit im Hauptquartier von Sektion 9, dass Takeshi Kago, der Entwickler des Panzers, eine Woche zuvor verstorben ist und sich keine terroristische Organisation bisher für den Raubüberfall verantwortlich erklärt hat. Das Militär lehnt jegliche Unterstützung ab, da kein terroristisches Motiv vorliegt, und somit wird Sektion 9 damit beauftragt, den Panzer zu stoppen.

Nach dem Selbstmord mehrerer Androiden führt Sektion 9 Ermittlungen bei deren Hersteller durch. Während Sektionsleiter Daisuke Aramaki den Fabrikmanager befragt, hacken sich Kusanagi und Tachikoma heimlich in die Datenbank der Fabrik ein, um ein mögliches Fehlverhalten von Seiten des Herstellers aufzudecken.

Yamaguchi, ein alter Freund von Togusa, wird ermordet, nachdem er ihm Fotos zu einem ungelösten Fall geschickt hatte, an dem der als Lachender Mann bekannte Hacker beteiligt gewesen war. Togusas Ermittlungen ergeben, dass den für den Lachenden Mann zuständigen Ermittlern Cyberimplantate, so genannte Intercepter, ins Sehzentrum eingesetzt worden waren, die sämtliche ihrer Tätigkeiten aufzeichneten. Kurz darauf spielt Sektion 9 diese Information den Medien zu, worauf die Polizei eine Pressekonferenz einberuft, um ihre Erkenntnisse bezüglich der Intercepter zu verkünden. Während der Sendung taucht der als Lachender Mann bekannte Hacker wieder auf, dringt in das Cyberbrain eines Polizisten ein und bedroht den Generalinspektor.

Sektion 9 vermutet, dass die für den Fall des Lachenden Mannes zuständigen Ermittler ihren Hauptverdächtigen, einen früheren Programmierer bei Sernao Genomics mit einer dubiosen antikapitalistischen Vergangenheit, als Lockvogel einsetzen, um von der Korruption auf der Chefetage abzulenken. Aramaki ordnet an, dass Sektion 9 den Programmierer rund um die Uhr überwacht, um ihn auf frischer Tat zu schnappen.

Die Dinge laufen aus dem Ruder und Kusanagi vermutet, dass der Lachende Mann ein Virus bei den Polizeieinheiten, die den Generalinspektor bewachen, eingeschleust hat. Während die Mitglieder von Sektion 9 versuchen, den Generalinspektor in Sicherheit zu bringen, versucht das Antivirusteam im Hauptquartier, in aller Eile einen Gegenimpfstoff zu entwickeln. Als die unmittelbare Bedrohung abgewendet ist, ordnet Aramaki an, dass Sektion 9 eigene Nachforschungen im Fall des Lachenden Mannes anstellt.

Dem Innenminister ist bekannt geworden, dass Marcelo Jarti, der Anführer der Jenoma-Revolution, die letzten fünf Monate regelmäßig Japan besucht hat. Jarti ist einer der meistgesuchten Männer der Welt und war bereits Ziel mehrerer Attentate. Sechs Versuche wurden von Kommandos der US Delta Force und dem UK Special Air Service (SAS ) unternommen. Wie durch ein Wunder hat er alle überlebt. Als Jarti nach dem letzten fehlgeschlagenen Attentat nach Japan zurückkehrt, soll Sektion 9 ihm folgen und herausfinden, warum Jarti ihr Land besucht. Unerwartetes geschieht.

Kurutan, eine Freundin von Kusanagi, bittet den Major, in dem Krankenhaus, in dem sie arbeitet, die Herkunft eines Spenderherzens zu untersuchen, das einem jungen Mädchen eingepflanzt wurde. Das neue Herz wurde ihm wohl ohne Zustimmung der Eltern des Besitzers eingepflanzt. Die Ärzte des Mädchens befürchten, es könne in einen Cyborg umgewandelt werden. Dieser Gedanke ruft bei Kusanagi schmerzhafte Erinnerungen hervor. Aramaki glaubt, dass die Täter vielleicht mit einem großen Entführungsring zusammenarbeiten, und ordnet an, dass Sektion 9 untersucht, ob es Verbindungen zwischen den Organen, der sie vertreibenden Firma und der Yakuza gibt.

Kusanagi betritt einen Chatroom über den Lachenden Mann. Verschiedene verrückte (und einige wenige plausible) Verschwörungstheorien machen dort die Runde, und die Mitglieder im Chat diskutieren über verschiedene Beweise aus dem Fall des Lachenden Mannes. Kusanagi richtet ihrer Aufmerksamkeit auf einen älteren Mann, der mehr über den Lachenden Mann zu wissen scheint als die anderen Diskussionsteilnehmer im Chatroom. Kusanagi spricht ihn an und tauscht einige Informationen mit ihm aus, doch dann werden sie und ein weiterer Gesprächsteilnehmer aus dem Chatroom transferiert und sie stoßen auf unerwartete Erkenntnisse.

Marco Amereti, ein zum Serienmörder mutierter ehemaliger US-Marine, ist in Japan eingetroffen und hat in den letzten zwei Monaten mehrere Frauen ermordet, indem er ihnen die Haut vom Oberkörper in Form eines T-Shirts abgezogen hat. Beamte der CIA wurden nach Japan geschickt, um Sektion 9 dabei zu unterstützen, Marco aufzuspüren und festzunehmen, bevor er erneut zuschlagen kann. Die CIA-Beamten zeigen sich nicht überrascht angesichts dieser Entwicklungen, und daher hackt sich Ishikawa in die CIA-Datenbank ein, um den Grund dafür herauszufinden.

Das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Soziales wurde gehackt und geheime Daten aus dessen Datenbank gestohlen. Sektion 9 untersucht den Fall und stellt fest, dass der Einbruch in das System in einer Einrichtung erfolgt ist, die Personen mit dem Cyberbrain-Blockade-Syndrom hilft. Togusa ermittelt undercover und stellt fest, dass sich die Leiter der Einrichtung verdächtig verhalten.

Frühmorgens aktiviert sich Batous Tachikoma selbst und verlässt das Tachikoma-Lagerfach, um die Welt zu erkunden. Er durchstreift die Straßen der Stadt und begegnet dabei einem jungen Mädchen, das seinen Hund vermisst. Tachikoma beschließt, dem Mädchen zu helfen. Unterwegs findet er bei einem Händler in Akihabara ein Cyberbrain, das einen Ghost beherbergt, und bringt es zurück ins Lagerfach. Daraufhin beginnen Techniker von Sektion 9 umfangreiche Tests, um herauszufinden, warum sich der Panzer unerlaubt entfernte. Unterdessen wenden die Mitglieder von Sektion 9 ihre Aufmerksamkeit dem Cyberbrain zu, um herauszufinden, was es enthält.

Vor sechzehn Jahren war Aka Turkuro, die Tochter eines Managers einer Cyberfirma, von Gegnern der zunehmenden Cyborgisierung entführt worden. Sie blieb verschwunden, bis sie von der Küstenwache auf einer Insel mit einer Dekontaminierungsanlage vor Okinawa entdeckt wird. Sektion 9 wird heimlich mit zwei Aufträgen zur Insel geschickt: Überlebende Mitglieder der Küstenwache zu finden und sie zu evakuieren und das vermisste Mädchen zu retten.

Aufgrund eines Hinweises zerschlägt Sektion 9 eine Diebesbande, die wild entschlossen ist, ein japanisches Finanzunternehmen zu vernichten. Kurz nach der Razzia informiert ein Mitglied des chinesischen Geheimdienstes Sektion 9 über eine verdächtige Aktivität, die aus seiner Sicht auf ein Attentat chinesischer Sozialisten auf einen bekannten, doch zurückgezogen lebenden japanischen Multimillionär hindeutet. Sektion 9 erhält daher den Auftrag, den Millionär, einen 56-jährigen ehemaligen Mathematiker, der ein Vermögen mit Aktienhandel gemacht hat, zu schützen.

Kusanagis Bedenken bezüglich Tachikoma-Einheiten von Sektion 9 verstärken sich. Die Lage spitzt sich zu. Ihr Verhalten beunruhigt sie, da sich ihre künstliche Intelligenz zu schnell weiterentwickelt. Sie ist sich nicht sicher, ob sie sich noch als Waffen im Kampfeinsatz eignen. Die Tachikomas bemerken Kusanagis Bedenken und versuchen, ihre Deaktivierung zu verhindern, indem sie Kusanagi mit skurrilem Verhalten umstimmen wollen.

Von einem US-Navy-Stützpunkt wurden Geheiminformationen gestohlen. Der Hauptverdächtige ist ein ehemaliger Silbermedaillengewinner namens Zaitsev. Der Sicherheitsdienst beauftragt Batou, undercover gegen Zaitsev, zu ermitteln und herauszufinden, ob Zaitsev etwas mit den fehlenden Informationen zu tun hat. Batou hofft auf das Gegenteil und Zaitsevs Unschuld. Dieser Auftrag lässt an Batous Pflichtgefühl gegenüber Sektion 9 und die von ihm verlangte Ausführung von Entscheidungen zweifeln.

Major Kusanagi und Chief Aramaki besuchen eine Antiterror-Konferenz in London. Während ihres Aufenthalts dort besucht Aramaki eine alte Freundin in einer Weinhandlung. Sie bittet ihn um Unterstützung bei der Aufdeckung von Geldwäschevorgängen für die Mafia, die über die Weinhandlung und eine unbekannte weitere Person erfolgen. Bevor Aramaki gehen kann, brechen zwei Diebe ein und nehmen Geiseln.

Nach fünfjähriger Wartezeit wird dem chinesischen Außenminister Jin Zutritt zum Grabmal für Kriegsopfer in Kagashewa gestattet. Jin ist der erste chinesische Politiker, dem Zutritt zu dem Gelände gestattet wird, doch nicht alle freuen sich über diese Entscheidung, und schon bald wird eine Morddrohung gegen ihn ausgesprochen. Andernorts besuchen Aramaki und ein Freund das Grab eines verstorbenen Kameraden, einem Colonel der GSDF. Dort trifft Aramaki zufällig die Tochter des Colonels, die sich besorgt über die plötzliche Verhaltensänderung ihres Bruders Yu äußert.

Die Tochter des ehemaligen japanischen Premierministers Kanzaki wird entführt, und Sektion 9 wird beauftragt, ihr Verschwinden zu untersuchen. Der Hauptverdächtige ist „Augenbinden-Iwan“, eine Mafiaorganisation im Norden. Ihre Entführungen folgen einem einheitlichen Tatmuster: Innerhalb von drei Tagen werden reihenweise minderjährige Frauen entführt und in illegale Autowerkstätten gebracht. Dort tötet man sie und verkauft alle Organe und kybernetischen Teile auf dem Schwarzmarkt.

Nach den PORTRAITZ-Vorfällen nimmt Togusa J. D. Salingers „Der Fänger im Roggen“ als Ausgangspunkt für seine Theorie, dass der Lachende Mann auf der Suche nach einem Druckwerk ist. Togusa erhält die Genehmigung, ein Archiv des Ministeriums für Gesundheit, Arbeit und Soziales zu durchsuchen und stößt auf einen entscheidenden Hinweis: Eine Liste mit Cyberbrain-Sklerose-Patienten, die mit einem geheimen Impfstoff behandelt wurden, ist aus dem Ministeriumsgebäude verschwunden.

Togusa wurde angeschossen und erwacht im Krankenhaus. Er möchte unbedingt dem Rest der Gruppe mitteilen, was er erfahren hat. Durch die Erinnerungen Togusas erlebt Sektion 9 die Razzia der Drogenbehörde im „Sonnenblumen-Club“, und das löst Zorn und Wut bei ihnen aus. Andernorts haben hochrangige Mitglieder der japanischen Regierung eine eigene Kampagne gegen Sektion 9 gestartet, um die Wahrheit über den Lachenden Mann zu verschleiern, und unterstützen stattdessen den Nationalen Sicherheitsdienst. Wer wird die Oberhand gewinnen?

Der Leiter der Drogenbehörde wird wegen Mordes in Zusammenhang mit der Razzia im Sonnenblumen-Club verhaftet. Aramaki ordnet an, dass Sektion 9 alle Unterlagen der Behörde durchsieht, um festzustellen, wer der Drahtzieher hinter den Angriffen auf Sektion 9 ist und dafür verantwortlich ist, die Vorfälle mit dem Lachenden Mann inszeniert zu haben.

Der Lachende Mann taucht wieder auf und entführt erneut den Direktor von Serano Genomics, wie schon sechs Jahre zuvor. Sie kehren zu dem Café zurück, wo Serano zum ersten Mal entführt wurde, und sprechen über die Ereignisse von damals. Während des Gesprächs fragt der Lachende Mann Serano, warum er nie sein Versprechen gehalten habe, die Wahrheit zu sagen.

Sektion 9 hat die ganze Wahrheit hinter dem Vorfall mit dem Lachenden Mann von ihm selbst erfahren, und dies wurde von Mr. Serano auch so bestätigt. Nun ist Sektion 9 endlich in der Lage, gegen den Mann hinter dem Unternehmensterror vorzugehen: den amtierenden Generalsekretär Yakushima. Leider hat Yakushima von dem Plan von Sektion 9 erfahren und ließ Informationen über die Existenz der Gruppe an die Medien durchsickern, um die Organisation in ein schlechtes Licht zu rücken.

Aramaki wurde gegen Kaution freigelassen und trifft sich mit dem Justizminister. Er erklärt die Lage und bittet um Hilfe, um die Sicherheit seiner Teammitglieder zu gewähren. Doch der Justizminister sieht sich nicht in der Lage, mehr zu tun, als Yakushima zu verfolgen. Andernorts geraten Saito und Ishikawa in verschiedene Fallen der Umibozu-Teams.

Nach 15 Tage langen heftigen Kämpfen gelingt es der Umibozu, Sektion 9 aufzulösen, indem sie Kusanagi ermorden und Batou festnehmen. Die Auflösung von Sektion 9, die von den Medien als Präventivschlag des Verteidigungsministeriums gegen eine radikale Sicherheitstruppe dargestellt wird, verleiht dem Premierminister die nötige öffentliche Unterstützung, die seine Partei braucht, um die Unterhauswahlen zu gewinnen. Drei Monate vergehen, in denen Togusa versucht, das Schicksal von Sektion 9 in Erfahrung zu bringen.