O Ministro dos Negócios Estrangeiros comporta-se estranhamente depois de uma situação de reféns num restaurante. A Secção 9 é enviada para investigar.

Um tanque de guerra está à solta. A Secção 9 deve investigar quem está por detrás de tudo isto. Os Tachikomas estão implantados para parar o tanque.

andróides tipo Jeri estão cometendo suicídio em massa. Um vírus parece ser a causa desta. Seção 9 deve procurar a pessoa responsável.

Um detetive da polícia faz descobertas sobre o homem Lançamento. Ele é assassinado antes que ele possa publicar suas descobertas. Seção 9 investiga o assunto.

Depois de seis anos de ausência, o Homem Sorridente irá atacar novamente. Desta vez, ele ameaça o comissário chefe da polícia.

Seção 9 ainda está à procura do homem de riso, que aparece em várias formas. Enquanto isso, o chefe comissário de polícia deve ser protegida.

Seção 9 mantém um olho sobre o famoso revolucionário Marcello Jarti, que está desconfiado visitando o Japão em uma base regular.

Uma jovem descobre que seu coração recém-transplantado pode ter vindo de uma fonte menos do que legítimo, estimulando Kusanagi para empreender uma cruzada pessoal.

Kusanagi escuta em uma sala de bate-papo futurista dedicado aos crimes cometidos pelo homem rindo, apenas para descobrir vários dos participantes da sala de bate-papo não são o que parecem ser.

Batou devem chegar a um acordo com um capítulo obscuro do seu próprio passado, quando ele é chamado para rastrear um serial killer brutal.

Togusa é enviado para investigar uma instalação do governo misterioso para o tratamento da síndrome do escudo fechado cybercérebro. ' O que ele encontra pode ser a chave para o mistério do homem de riso.

Um dos Tachikoma está agindo de forma estranha depois de estar fora durante todo o dia com uma menina. O conteúdo do cérebro cibernético que a Tachikoma encontrado, alarma Seção 9.

Uma menina que foi sequestrada há 16 anos, de repente aparece em público novamente. Enquanto isso, uma barcos sofisticados se perde. Será que a garota, uma das primeiras pessoas cybernized de sempre, tem algo a ver com isso?

O Tachikoma se questionam sobre a vida ea morte. Seção 9 está insatisfeito com o seu comportamento, que é cada vez mais individualista.

Batou está em uma missão para investigar um ex-campeão de boxe, que é suspeito de espionagem.

Aramaki vai visitar um velho amigo em Londres, que suspeita que a contabilidade secreta na empresa onde trabalha. O encontro toma um rumo inesperado.

O Ministro dos Negócios Estrangeiros chinês está ameaçado durante uma visita ao Japão. O principal suspeito é o filho de um velho amigo, falecido de Aramaki.

A filha do ex-primeiro-ministro é sequestrado por um grupo terrorista que ele sempre negou a existência.

Togusa faz novas descobertas sobre o Homem de riso. Ele investiga o assunto.

Seção 9 está buscando o médico fugitivo Imakurusu, no entanto, eles não são o único.

Maior Kusanagi fica em apuros quando ela é transferida para um novo corpo do hospedeiro. Aramaki investiga o sequestro de seu irmão.

O diretor de Serano Genomics é raptado novamente. As coisas ficam mais claras após a sua primeira abdução, anos atrás.

Seção 9 está comprometido, e as autoridades procura formas de desmantelar a Seção.

Com Batou e Motoko os únicos membros remanescentes da Seção 9, Batou compromete-se com uma manobra arriscada para o apartamento de Motoko para recuperar seu esconderijo de armas.

O episódio final da série completa sozinho primeira posição. Togusa é libertado da prisão, mas não tem ideia do que aconteceu com a secção 9 membros e ainda não consigo acreditar que o chefe abandonou. Episódio revela o que aconteceu com os membros da secção 9 e tem uma longa conversa com o homem rindo que envolve a série.