Les Émeraudes du Chaos sont de nouveau réparties à travers l'espace alors qu'une grande menace attend Sonic et ses amis. Cosmo, une plante humanoïde, atterrit sur la planète et fait la rencontre des amis de Sonic. Sur Terre, Chris, qui a maintenant 18 ans, tente d'améliorer le portail le menant au monde de Sonic. Blessé dans son combat contre Dark Oak, Sonic est recueilli et soigné par Robotnik, mais s'en va après l'avoir remercié. Un Métarex attaque l'île de Knuckles et l'échidné engage le combat contre celui-ci, aidé de Tails et Cosmo. Sonic arrive en renfort, mais leurs attaques sont inefficaces contre le robot. Volant le cœur de la planète, celui-ci s'enfuit. Cosmo se présente à Sonic et ses camarades et sollicite leur aide. Chris se téléporte dans le monde de Sonic, grâce à l'énergie de l'Émeraude Mère et au portail, mais retrouve son apparence d'adolescent.

Sonic et ses compagnons sont surpris et ravis de revoir Chris. Après cela, le hérisson s'évanouit à cause de sa blessure. Chris explique à Tails et Amy comment il est arrivé dans leur monde et leur apprend que 6 ans se sont écoulés sur Terre depuis leur départ, ayant eu 18 ans. Cosmo explique tout à nos héros, ainsi que la menace que représentent les Métarex. Tails ayant construit le Typhon, Chris l'aide à travailler dessus, ses connaissances technologiques n'ayant pas disparu malgré son apparence. Décidés à retrouver les Émeraudes, Ils empruntent l'Émeraude mère de Knuckles et contraignent l'échidné au voyage, malgré lui. Un Métarex attaque la planète, mais Sonic le met hors d'état de nuire grâce au canon du Typhon.

Après le décollage du Typhon, ses occupants atterrissent sur une planète où ils ont repéré la première Émeraude. Sonic se fait capturer par les Métarex, mais Amy vient le délivrer plus tard. Chris créé pour Sonic des chaussures lui permettant de marcher sur l'eau et les lui envoie lorsque celui-ci allait tomber dans l'océan. Les ennemis vaincus, en plus d'avoir trouvé l'Émeraude, la planète est sauvée et son cœur est remis à sa place.

Pour remercier les combattants de la liberté d'avoir sauvé leur planète, les habitants organisent une fête en leur honneur. Pendant ce temps, Robotnik fait son retour et échafaude un plan pour voler l'Émeraude trouvée par Sonic et ses amis. Il tente de se jouer de la naïveté de Knuckles, mais un Métarex crapaud vient perturber son plan. Sonic s'en débarrasse à l'aide du canon principal du Typhon.

Nos héros se rendent sur une planète de glace, mais les Métarex les y attendent.

Des Métarex attaquent le Typhon. Sonic parvient à s'en débarrasser mais se retrouve projeté sur une planète à la flore dense.

La mère de Cream contacte Vector afin d'acheminer quelques affaires pour Chris à bord du Typhon et d'obtenir des nouvelles de sa fille.

Rouge essaie de dérober l'Émeraude du Chaos de Robotnik mais elle découvre une capsule contenant le corps de Shadow.

Un énorme vaisseau Métarex croise celui de Robotnik. Mais Shadow reste impuissant face à lui.

Effectuant des recherches dans les décombres d'une cité avec Knuckles, Cosmo et Tails se perdent dans un gouffre.

Le vaisseau de Robotnik ainsi que le Typhon se retrouvent face à une base Métarex. Ils vont devoir s'allier pour l'infiltrer.

Sonic affronte seul une immense armée de Métarex. Seul Shadow et son contrôle du chaos pourront venir à son aide.

Perdus dans l'espace, Vector, Espio et Charmy retrouvent Tails et ses compagnons à bord du Typhon. Le jeune renard répare leur vaisseau et leur installe un pilote automatique. En voyant Tails et Cosmo en pleine discussion, Vector s'aperçoit que le jeune renard est amoureux de la plante. Il va tenter par tous les moyens de les rapprocher, mais tous ses plans imaginés tombent sans cesse à l'eau. Cosmo décide d'organiser une fête, histoire que ses amis se détendent, et Tails se propose pour l'aider (ayant presque fini les réparations). Vector frappe accidentellement la boule lumineuse et alors qu'elle allait tomber sur Cosmo, Tails intervient à temps pour la sauver, permettant au crocodile de réussir son plan de les rapprocher. Knuckles, vexé d'avoir été maquillé, s'attaque aux trois détectives et saccage l'organisation de la fête. Malgré le désordre, celle-ci se déroule dans la joie et la bonne humeur. À la fin de l'épisode, Tails avoue à Cosmo qu'il la trouve belle.

Le Typhon doit traverser un espace inter-dimensionnel et se retrouve paralysé à l'intérieur subissant l'assaut d'un des 4 rois des Métarex.

Le roi Noir prépare un piège à Sonic et ses amis alors que Cosmo s'enfuit mystérieusement du Typhon. Chris décide de l'accompagner, mais le jeune garçon et la plante sont faits prisonniers par le roi Noir des Métarex. Sonic part à leur rescousse, et voit des fausses Émeraudes fabriquées par l'ennemi. En voyant Chris évanoui et Cosmo apeurée, Sonic devient fou de rage et, grâce au pouvoir des fausses Émeraudes, se transforme en Dark Sonic, libérant son côté obscur. Il détruit facilement les Métarex d'Or et d'Argent, puis est calmé par l'arrivée de Robotnik, retrouvant son apparence normale, et libère Chris et Cosmo. Decoe et Bocoe neutralisent le roi Noir, permettant à Bokkun, le messager, de lui porter un coup de pied dévastateur.

Un groupe de résistants dirigé par Molly fait face à une escadrille Métarex. Le Dr Robotnik, Shadow et Rouge leur portent secours. Le hérisson noir se lie d'amitié avec la jeune fille. Léon envoie Molly lui chercher une disquette, mais la piège en tentant de la tuer avec des explosifs reliés au coffre auquel il lui a confié la clé. Molly comprend alors que Léon a passé un marché avec les Métarex : s'il élimine Molly et leur livre Robotnik, les résistants seront épargnés. Molly essaye de raisonner ses camarades, mais en vain, car ces derniers en ont assez de se battre pour sauver leur planète. Molly décide d'affronter seule les Métarex, mais la jeune fille se fait tuer sous les yeux de Shadow qui se débarrasse des ennemis. Le hérisson noir donne les émeraudes à Rouge et s'isole sur la planète pour rendre hommage à Molly. De son côté, le savant reçoit un appel du roi Blanc…

Sonic et ses compagnons poursuivent un vaisseau, dans lequel se trouve une émeraude du Chaos. Celui-ci est occupé par trois Marmolins. Ces derniers leur expliquent que leur planète est tombée malade, et qu'ils ont cherché vainement le héros qui la guérira. Après avoir refusé de donner la pierre précieuse, ils acceptent, à condition que les premiers les ramènent chez eux. Une fois sur place, Amy oblige Sonic à aller voir un voyant, et détruit seule un rocher que les deux hérissons sont censés faire ensemble. Cosmo s'isole après s'en être prise à Tails, mais Cream la réconforte. Avec l'aide du canon du Typhon, Sonic réussit à détruire le virus et sauve la planète. Tails et Cosmo tombent dans le piège d'Amy, destiné à Sonic, et tombent amoureux l'un de l'autre. Enragée, la hérissonne explose de colère...

Sonic et ses amis se retrouvent coincés dans un tourbillon de plasma alors qu'ils tentent d'aider un vaisseau en détresse.

Les Métarex, aidés par Robotnik, recherchent Sonic et ses amis. Une course s'engage entre eux qui veulent les trouver en premier.

Le roi Jaune attaque le Typhon. Knuckles le combat seul, pendant que Sonic et ses compagnons tentent de trouver un moyen de détruire son écran de protection. Avec de l'acharnement, l'échidné réussit à briser le genou de son adversaire. Sonic utilise le Spin Dash pour attirer la foudre vers lui jusqu'au relais et le câble enroulé autour du Métarex, provoquant ainsi une surcharge électrique sur ce dernier, détruisant son écran de protection et son armure. Mais celui-ci s'avère... être un représentant du peuple de Cosmo. Knuckles le fait tomber dans la lave, mais il s'accroche. Alors que l'échidné tente de le sauver, ce dernier se laisse mourir. Sur l'ancienne planète de Molly, la végétation y règne, n'y laissant aucun survivant. Shadow et Rouge retrouvent Léon et ses camarades, dévorés de l'intérieur par les arbres. Avant de mourir, le jeune homme demande au hérisson de prendre une disquette dans sa poche, contenant des informations sur les Métarex et Cosmo.

Alors que Tails vérifie le système de sécurité du Typhon, l'alarme se déclenche : quelqu'un s'est introduit à bord de l'appareil. Il s'agit de Shadow qui, sans donner d'explication, décide d'éliminer Cosmo. Sonic et Knuckles tentent par tous les moyens de le retarder, mais en vain. Knuckles découvre que c'est Rouge qui est responsable de cette attaque en manipulant le hérisson noir. Tails fait à Cosmo la promesse de la protéger, au péril de sa vie s'il le faut. Alors que Shadow s'apprête à la tuer, Dark Oak parle à travers l'esprit de Cosmo et la félicite pour avoir accompli sa mission.

Tails et les autres découvrent que Dark Oak voit et entend tout ce qui se passe autour de Cosmo et sont choqués par cette nouvelle. Amy et Rouge découvrent que la planète sur laquelle Sonic et les autres ont atterri est l'ancienne planète verte, là où vivaient les semblables de Cosmo. À cette époque, les galaxies étaient en guerre. Lorsque les mâles passaient au stade final, ils moururent aussitôt après leur évolution. La mère de Cosmo suggère à ses compères d'abandonner leur planète, mais Luchs s'y oppose. Ce dernier vole le cœur de la planète en le cristallisant afin de permettre à ses congénères de pouvoir utiliser le stade final comme bon leur semble. Cependant, la mère de Cosmo décide tout de même de quitter la planète avec quelques semblables, laissant Luchs et les autres derrière eux. Luchs n'est autre que Dark Oak, le maître des Métarex. Malgré le fait que Sonic et les autres soient au courant du sujet de Cosmo, ils lui accordent malgré tout leur confiance.

Sonic et ses compagnons reçoivent un message de Robotnik, par le biais de Bokkun, qui leur transmet les informations qu'il a récoltées sur les véritables objectifs des Métarex avant d'être fait prisonnier par ces derniers. Ils quittent la planète perdue pour l'affrontement final, laissant Shadow derrière eux, mais le hérisson noir s'y rend également, accompagné des Chaotix. Sonic affronte le roi Blanc, pendant que Knuckles et Rouge se chargent du roi Noir. Chris part à la rescousse de Robotnik, mais le savant se libère avec l'aide de ses deux robots. Dark Oak et les deux rois des Métarex se transforment en dragons, puis se lient à une sphère électromagnétique. Ils utilisent la végétation pour riposter et Sonic sauve Amy à temps de la destruction du vaisseau de la hérissonne. Malheureusement, le hérisson bleu se fait prendre en otage par ses ennemis...

Robotnik va apporter la puissance de son vaisseau au Typhon. Sonic et Shadow affrontent Dark Oak dans un combat désespéré. Robotnik va apporter la puissance de son vaisseau au Typhon. Sonic et Shadow affrontent Dark Oak dans un combat désespéré.

L'épisode débute avec un flashback sur la naissance de Cosmo et son passé. Alors que Sonic et Shadow sont en difficulté face au monstre, Cosmo décide de prendre les choses en main : en effet, elle brise son cristal et se transforme, passant au stade final et devenant une adulte. Elle traverse la barrière magnétique et fusionne avec Dark Oak. Ne formant plus qu'un avec lui, Cosmo invite ses compagnons à la tuer pour anéantir Dark Oak. Attristés par cette situation, les amis de Sonic laissent Tails seul, contraint d'affronter ce cruel dilemme qui lui est imposé (car il est amoureux de Cosmo). D'abord réticent à l'idée de tuer celle qu'il aime, le jeune renard est finalement convaincu par cette dernière et après lui avoir avoué son amour, les larmes aux yeux, il ouvre le feu et les deux hérissons éliminent Cosmo ainsi que Dark Oak. Cosmo et Tails se disent adieu et la plante lui dit qu'elle l'aimera toujours, avant de rejoindre l'autre monde.

La paix est revenue dans l'univers. Robotnik est désireux d'aider Chris à retourner chez lui.