Sonic schleudert die Chaos Emeralds in einem Kamp in die Tiefe des Universums. Zur gleichen Zeit beobachten Amy, Cream, Cheese und Tails Sternschnuppen. Doch eine saust an ihnen vorbei und landet mit einem Knall auf dem Boden. Es ist ein kleines Raumschiff, neben dem ein grünes Mädchen liegt. Als das Mädchen aufwacht, sagt sie nichts anderes, als dass sie mit Sonic sprechen muss. Sie müssen ohnmächtig zusehen, denn Sonic hat die Chaos Emeralds nicht mehr. Als sie gerade alle Hoffnung verloren hatten, reagiert der Master Emerald und aus dem gleißenden Licht erscheint Chris.

Sonic fällt nach seinem anstrengenden Kampf mit dem Metarex in Ohnmacht. Allen ist klar, dass sie ohne die Chaos Emeralds keine Chance gegen die Metarex haben werden. Tails hat ein Raumschiff gebaut, mit dem sie in den All fliegen wollen. Kurz vor dem Start kommt ein Metarex und will ihren Flug verhindern. Doch es gelingt ihnen mit der nagelneuen Sonic-Power-Kanone den Feind auszuschalten. Ihre Reise ins All beginnt.

Alle sind im Universum auf der Suche nach den Chaos Emeralds unterwegs. Knuckles stellt eine Veränderung am Master Emerald fest. Es muß ein Chaos Emerald in der Nähe sein. Sie finden den Planeten Secco. Doch zum Entsetzen von Sonic besteht die Oberfläche hauptsächlich aus Wasser. Knuckles macht sich zusammen mit Cream, Amy, Cheese und Cosmo an Land auf die Suche. Sonic und Chris wollen ihr Glück im U-Boot unter Wasser versuchen. Doch fischartige Metarex überfallen sie. Amy kann Sonic rettet. Es gelingt auch den Emerald zu finden.

Die Bewohner des Planeten Secco feiern unsere Freunde als Helden. Doch Dr. Eggman ist immer dicht hinter ihnen. Rouge, die als blinde Passagierin bei Eggman mitreist, gelingt es, Bokkun allerdings unfreiwillig auf ihre Seite zu bringen. Eggman spielt einen Raumschiffbrüchigen und versucht Knuckles zu überzeugen, ihm den Emerald zu leihen, damit er von dem Planeten wiederwegkommt. Schließlich schluckt ein Froschmetarex den Emerald.

Mit einem von Chris entwickelten Programm können ab sofort überall im All Chaos Emeralds aufgespürt werden – ein voller Erfolg! Der erste Emerald wird auf dem Planeten Luftig ausgemacht, einem Himmelskörper, dessen gesamte Oberfläche aus Schnee und Eis besteht. Es gelingt den Freunden trotz dieser Schwierigkeit, den Chaos Emerald an sich zu bringen – vor allem Knuckles ist überglücklich …

Sonic und seine Freunde treffen auf zwei Metarex, die bereits die Zelle des Planeten entwendet haben. Sofort nehmen sie den Kampf mit der Sonic-Power-Kanone auf. Sonic schießt im Wirbel beschleunigt durch die Kanone ins All und durchschlägt den Metarex. Doch bei der Aktion wird Sonic geradewegs auf den Planeten geschossen. Die Freunde starten eine Rettungsaktion.

Auf der Erde ist es Chuck gelungen, das Dimensionstor von Chris so zu nutzen, dass sie Gegenstände in Sonics Welt schicken können. Creams Mutter bittet Vector, Espio und Charmy einige Sachen zu Chris zu bringen und mal nach Cream zu sehen. Zur gleichen Zeit rutscht Sonic aus Versehen von Bord des Blauen Taifun. Knuckles versucht, ihn zu retten. Ausgerechenet in diesem Moment werden sie von Metarex angegriffen.

Die Freunde entdecken einen Wüstenplaneten, auf dem sie Chaos Emeralds vermuten. Dort müssen die Metarex schon vor sehr langer Zeit die Zelle entwendet haben. Bei ihrer Suche werden die Freunde von einem Metarex getäuscht. Er besteht aus Sand und nimmt jede nur erdenkliche Form an. Der Kampf scheint aussichtslos.

Der Anführer der Metarex, Dark Oak, hat nur ein Ziel: Er will seine größten Gegner, Dr. Eggman und Sonic, auslöschen. Ein gewaltiges Metarex-Raumschiff, das bereits eine ganze Zivilisation vernichtet hat, soll ihm dabei als Werkzeug dienen. Zunächst stellt es Dr. Eggman – er scheint verloren. Obwohl Sonic und seine Freunde Eggman nicht leiden können, sind sie entsetzt über das Geschehen …

Cosmo, Tails und Knuckles suchen auf einem verlassenen Planeten nach einem Chaos Emerald. Plötzlich empfangen sie Signale aus dem Untergrund, klettern in eine Felsspalte und entdecken eine Höhle. Cosmo und Tails erkunden sie, als unerwartet eine Steinlawine herunter donnert und sie verschüttet. Zum Glück, denn hier unter der Erde entdecken Cosmo und Tails ein Produktionslabor der Metarex.

Eggman entdeckt eine Metarex-Festung im All, auf der sich die beiden letzten Emeralds befinden. Noch bevor er sie entwenden kann, taucht der Blaue Taifun auf. Sonic ist erstaunt, dass Dr. Eggman eine Zusammenarbeit vorschlägt. Doch der Friede ist nur kurz. Heuschrecken-Metarex in unglaublicher Zahl bedrohen Sonic, Amy und Cosmo. Da zeigt sich der Anführer der Metarex: Dark Oak will seinen Kampf gegen Sonic fortsetzen.

Sonics Kampf gegen Dark Oak scheint aussichtlos. Aber der Anführer der Metarex hat nicht mit der vereinten Kraft der Freunde gerechnet. Chris organisiert mit Knuckles zusammen die Chaos Emeralds, zusammen mit Shadow erzeugt Sonic Chaos Control, die Metarex sind gegen diese Macht wehrlos. Ein gigantisches Gravitationsfeld entsteht und zieht alle Metarex mit sich. Auch Eggman und Rouge geraten in diesen Strudel.

Vector und seine Kumpels brauchen die Hilfe von Tails bei der Reparatur ihres Raumschiffs. Während Tails an Bord mit Reparaturarbeiten beschäftigt ist, beobachtet ihn Vector: Ihm fällt auf, dass Tails sich für Cosmo interessiert. Von nun an versucht er um jeden Preis, die beiden zu verkuppeln …

Sonic und seine Freunde haben den sogenannten intergalaktischen Kreuzgang erreicht. Sie können ihre Mission nicht fortsetzen, weil sie im Weltraummüll regelrecht festsitzen und immer neue Hindernisse auftauchen. Bald wird dem Team klar, dass Metarex ihren Weg blockiert. Als sich einer der führenden Commander, Yellow Zelkova, ihnen auch noch in den Weg stellt, kommt es zu einem erbitterten Kampf zwischen Metarex, Sonic und Knuckles.

In einem anderen Teil der Galaxie setzen sich ein paar Widerstandskämpfer seit Jahren gegen die Metarex zur Wehr. Dr. Eggman gerät zufällig in diesen Krieg und wehrt die Angriffe der Metarex erfolgreich ab. Aus Dankbarkeit wollen die Widerstandskämpfer ihm einen Chaos Emerald schenken. Allerdings befindet sich der auf ihrem verwüsteten Heimatplaneten Cascade. Molly will zusammen mit Shadow und Rouge den Emerald holen. Dabei geraten sie in einen Hinterhalt.

Auf einem Asteroiden haben Sonic X und sein Team einen Chaos Emerald erblickt. Als sie sich dem Objekt nähern, entpuppt sich der Asteroid jedoch als Raumschiff, an dessen Bord sich drei Marmolianer namens Lue, Lylim und Momo befinden. Sie berichten, dass sie sich sehr weit von ihrem Heimatplaneten, dessen Zelle erkrankt ist, entfernt haben. Sonic und die Freunde möchten den Marmolianern helfen …

Sonic und seine Freunde entdecken ein kleines Raumschiff, das von den Metarex schwer unter Beschuß genommen wird. Sie starten eine Hilfaktion, bei der sie direkt in die Falle der Metarex geraten. Sonic ist geschockt, als er sieht, dass Eggmann sich mit den Metarex verbündet hat. Ein brutaler Kampf entbrennt, bei dem Sonic und Knuckles schwer verletzt werden. Gelingt es den Freunden, der Gefahr dennoch zu entrinnen?

Sonic und seine Freunde warten auf einem versteckten Planeten, bis der Blaue Taifun repariert ist. In einer Kneipe vor Ort hängt Eggman eines Tages einen Steckbrief von Sonic aus. Und er gibt eine Warnung ab: Sonic soll sich in Acht nehmen, denn die Metarex ziehen alle verfügbaren Flotten zusammen, um ihn zu besiegen. Was Sonic nicht ahnt: Eggman versucht mit einem Trick, die Metarex von ihm abzulenken, damit dieser entkommen kann.

Eggman, der sich als unerwarteter Unterstützer von Sonic und seinen Freunden gezeigt hatte, konnte nicht verhindern, dass die Metarex den Blauen Taifun erneut angreifen. Unter den Kämpfern tut sich besonders Yellow Zelkova hervor, der Sonic hasst und ihn vernichten will. Mit seinem Energieschild führt er einen brutalen Kampf – können Sonic und seine Freunde sich dagegen wehren?

Shadow hat es geschafft, an Bord des Blauen Taifuns zu gelangen. Nachdem er in das Raumschiff eingedrungen ist, setzt er Cosmo, Sonic und Chris außer Gefecht. Vor allem Cosmo hasst er – er will sie vernichten und bezeichnet sie als Verräterin. Ist an den Beschuldigungen etwas dran, und ist Cosmo wirklich eine Spionin?

Sonic und seine Freunde sind entsetzt, dass Cosmo tatsächlich als Spionin der Metarex gearbeitet hat. Durch einen mikroskopischen Sender zwischen Auge und Ohr wussten die Metarex immer Sonics Standort. Als Rouge und Amy Cosmos Heimatplaneten erkunden, erfahren sie von Earthia in einer holografischen Aufzeichnungen, was damals auf dem Planeten wirklich geschehen ist.

Die Metarex führen Übles im Schilde: Sie planen, das gesamte Universum – wie sie es nennen – „aufzuräumen“. Darunter verstehen sie, dass alles tierische Leben vernichtet werden soll. Doch Eggman kommt ihnen auf die Schliche, indem er sich scheinbar mit ihnen verbündet und als Doppelagent tätig wird …

Chris ist es gelungen, Eggman von den Metarex zu befreien. Gleichzeitig hat Dark Oak Sonic gefangen genommen. Um Sonic befreien zu können, brauchen die Freunde neue Energie. Knuckles hat den rettenden Einfall, wie sie mehr Energie erzeugen können: es muss ihnen gelingen, den Master Emerald zu aktivieren. Dafür will Eggman die Energie seines Schiffes auf den Blauen Taifun übertragen. Es gelingt ihnen mit der Sonic Power Kanone ein Energiefeld zu erzeugen, durch das sie Sonic befreien können.

Von den Metarex geht eine Strahlung aus, die allen anderen die Lebensenergie entzieht. Nur Cosmo kann dieser Macht widerstehen, weil sie zum gleichen Pflanzenstamm wie Dark Oak gehört. Um ihre Freunde und Sonic zu retten, benutzt sie ihr Amulett mit den Geheimkräften. Und wirklich bekommen alle langsam ihre Energie wieder. Nun gehen sie gemeinsam den Kampf gegen Dark Oak an.

Cosmo ist ihrer wahren Bestimmung gefolgt und hat die Metarex vernichtet, doch dabei hat sie selbst ihr Leben gelassen. Die Freunde erfahren jedoch, dass es Hoffnung für die Zukunft gibt: Da sich ihr Samen durch die gesamte Galaxie verstreut, könnte ihr Clan so neu geboren werden. Unterdessen sind Sonic, Chris und die Freunde auf Sonics Planeten zurückgekehrt und spannen hier so richtig aus.