L'inquiétude est grande. En dépit des recherches ordonnées par le président, le Dr Robotnik reste introuvable. En réalité, il prépare un nouveau plan de conquête de la Terre, et envisage déjà le commencement du désastre pour les humains. Après avoir libéré le Chaos, enfermé dans l'Émeraude Mère, il le fait attaquer Station Square en lui donnant deux émeraudes. Mais Sonic et Knuckles contrarient ses plans.

Le Dr Robotnik a recommencé à faire des siennes et nos amis ont dû lutter contre une mystérieuse créature liquide. Sonic va avoir beaucoup de mal à l'empêcher de s'emparer des 7 Émeraudes du Chaos.

Amy a été capturée par un robot de Robotnik. Tails, qui a été durement secoué lors de la chute du X Tornado, se sent mieux. Il effectue quelques travaux pour le rendre plus performant, et emmène Sonic pour rechercher Amy. Cette dernière fait la rencontre de Gamma, un robot de la série E-100 créé par Robotnik, venu pour l'oiseau, mais libère la hérissonne.

Knuckles vient prêter main-forte à Sonic dans son combat contre le Dr Robotnik, mais son but est de rassembler les fragments de l'Émeraude Mère, pas de libérer Amy. Robotnik oblige Gamma à affronter Sonic, mais Amy s'interpose. Tails embarque Amy pendant que Sonic se charge de Robotnik. Affrontant le Chaos 4, et en difficulté, Knuckles vient aider Sonic dans son combat.

Tails a sauvé la ville en désamorçant la tête explosive du missile engagé par Robotnik. À la suite de cet exploit, les médias le harcèlent et l'empêchent d'avoir une vie normale. Pendant ce temps, Gamma se retourne contre son créateur.

Le monstre liquide se retourne contre Robotnik et n'obéit plus à ses ordres. Le Chaos, comme l'a baptisé le savant fou, devient de plus en plus fort et redoutable pour la survie des humains. Devenu Perfect Chaos grâce au pouvoir des sept émeraudes, le hérisson se transforme en Super Sonic et bat ce dernier sans difficulté. Chaos redevient normal, mais perd sa férocité.

Après le combat mené contre le Chaos, la ville n'est plus qu'un champ de ruines. C'est pourquoi nos amis décident de se séparer le temps de mener des travaux de réfection dans la maison. De son côté, le Dr Robotnik découvre, en fouillant dans l'ordinateur des forces spéciales, que son grand-père a créé un projet intitulé « Shadow ». Il infiltre la base de ces mêmes forces pour le libérer.

Le président a fait arrêter Sonic, car il est suspecté d'avoir volé une émeraude du Chaos dans le musée. Mais la réalité est tout autre, car le voleur n'est autre que Shadow, le hérisson noir qui ressemble trait pour trait à Sonic. Ayant réussi à s'échapper de l'hélicoptère et détruit des robots du GUN, Sonic rencontre Shadow et les deux hérissons s'affrontent. La police rattrape Sonic, obligeant Shadow à prendre la fuite. Sonic est alors enfermé dans une prison de haute sécurité, située sur une île au beau milieu de l'océan.

La prison dans laquelle se trouvait enfermé Sonic a été détruite. Chris a disparu et ses amis sont inquiets. Le jeune garçon se trouve en réalité dans l'espace à bord d'une station secrète, avec Shadow et Rouge. Le Dr Robotnik fait une démonstration de la puissance du Canon à Éclipse aux habitants de la Terre et menace de détruire la planète dans les 24h à suivre.

Nos amis apprennent la vérité sur le projet Shadow. Des savants auraient voulu créer un être supérieur, mais ont été brutalement interrompus dans leurs expériences par les forces secrètes du gouvernement. Shadow, qui était la créature concernée, a pu s'échapper. Pour empêcher la destruction de la Terre, Sonic, qui a échappé à la mort grâce au contrôle du chaos, s'attaque au Canon à Éclipse. De son côté, Shadow découvre que Rouge est une espionne du gouvernement et part à la rencontre de Sonic pour l'empêcher de détruire le canon. Après avoir alimenté en énergie le canon avec les sept émeraudes, le professeur Gérald Robotnik adresse un message à la Terre et un compte à rebours se déclenche…

Le grand-père du Dr Robotnik, un savant encore plus fou et génial que lui, avait préparé un plan qui devait mener à la destruction de la Terre en précipitant sur elle, la station spatiale nommée « l'Arche ». Pour empêcher la station de détruire la Terre, le savant fait équipe avec Sonic et ses camarades. Pendant ce temps, Chris tente de convaincre Shadow d'aider les autres, mais le hérisson noir refuse catégoriquement et s'attaque au jeune garçon. Se souvenant de la promesse faite à Maria, il finit par entendre raison et rattrape Chris évanoui. Le Biolizard fait son apparition, Shadow l'affronte pendant que Sonic et Knuckles se chargent de neutraliser les émeraudes. Super Sonic et Super Shadow font ensuite équipe pour combattre le monstre et réussissent à le détruire. Les deux hérissons utilisent le contrôle du chaos pour stopper l'Arche et sauvent la Terre. Sonic revient sur l'Arche sans Shadow, donnant un des anneaux à Chris.

Un mystérieux phénomène se produit. De plus en plus de créatures venus du monde de Sonic apparaissent sur Terre. Le président fait venir Chris et Chuck pour essayer de savoir ce que ça veut dire. Tous les nouveaux arrivants sont regroupés dans les Ruines Mystiques.

Toute la bande fête le jour de l'an sur la mer, mais Sonic reste à l'écart et semble pensif. C'est alors qu'une mystérieuse lune cache soudainement le soleil et provoque une éclipse. Ceci est-il encore dû à une vile machination du Dr Robotnik ? Robotnik manipule le président et les habitants de la Terre en leur proposant d'installer des boules de soleil, grâce à des tours réceptrices. Sonic, ne supportant plus la naïveté des humains et la machination du savant, s'attaque à ces tours, se mettant la population à dos… Excédés, les habitants s'attaquent à la résidence des Thorndyke, voulant voir Sonic pour parler avec lui…

La Terre est toujours dans l'obscurité à cause de la lune de Robotnik et parce que Sonic détruit toutes les tours de lumière que ce dernier a construites. Les habitants s'attaquent à la résidence des Thorndyke, mais la Patrouille d'Intervention Rapide de Sam, l'oncle de Chris, arrive à temps pour calmer leurs ardeurs. L'intuition de Sonic s'avère juste : Robotnik utilise les boules de soleil pour envoûter les humains afin de gagner leur respect. Sonic continue de détruire les tours, mais Knuckles se met sur son chemin et provoque une bagarre avec celui-ci. Le chef du G.U.N intervient à son tour, mais Sonic explique la situation à ses amis. Le hérisson met fin aux noirs desseins du savant et ce dernier est arrêté par la police puis envoyé en prison.

Sonic a manqué son rendez-vous avec Amy et cette dernière est folle de rage, car il lui a posé un lapin. Sam arrive plus tôt chez les Thorndyke, croyant avoir rendez-vous plus tôt avec le hérisson et voulant tester sa nouvelle voiture hyper sophistiquée. Amy et Sam partent en promenade tous les deux, et le chef de la P.I.R se souvient que sa course avec Sonic était prévue au coucher du soleil. Pendant ce temps, Robotnik, Decoe et Bocoe, enfermés dans leur cellule, réfléchissent à un moyen de s'évader. Sonic combat une machine de Bokkun avec Emerl à l'intérieur. Il gagne le combat, mais la machine se dirige à la prison où Robotnik est enfermé. Sam et Amy croisent le chemin de celle-ci et Amy, d'un coup de marteau Piko-Piko, la détruit rapidement. Sonic arrive en retard à son rendez-vous avec Amy et fait la course avec Sam.

Sonic est devenu tellement populaire auprès des habitants de Station Square, que ces derniers ont décidé de le prendre pour exemple en vivant de la même manière que le hérisson. Une vague de pannes à répétition sévit chez les appareils ménagers de la ville et de nombreuses plaintes sont déposées à la société du père de Chris. Pendant ce temps-là, toujours en captivité, le Dr Robotnik doit réparer tous ces appareils défectueux. Mais le savant a plus d'un tour dans son sac : il place sur les appareils ménagers un petit dispositif leur permettant de se mouvoir comme des robots et grâce à Bokkun, réussit à s'évader de la prison. Aidés de ses amis, Sonic et Knuckles réussissent à neutraliser les appareils ménagers en les arrosant avec de l'eau.

Après l'évasion et la disparition de Robotnik, le président décide de faire appel à Topaze et Rouge pour le retrouver bien que les services secrets soient aussi sur le coup. M. Stewart finit par le trouver et le suit en espérant trouver son repaire.

Le président appelle Sonic, Knuckles et Rouge et décide d'organiser un énorme tournoi de combats avec comme premier prix une Émeraude du Chaos. Bien entendu, Tails, Amy, Chris, Chuck, Ella et Édouard sont inscrits au tournoi, tout comme Nelson, le père de Chris, qui va également y participer. Nos amis se qualifient facilement pour le second tour, sauf Chuck, qui devait affronter Lucky mais a dû déclarer forfait à cause d'un lumbago. Lors de celui-ci, Tails est éliminé par Rouge, Chris bat son père, Ella abandonne son combat contre Emerl, M. Stewart gagne par forfait contre Sam et Édouard offre un collier à Topaze qui tombe dans ses bras. De son côté, Amy se retrouve confrontée à Sonic, mais gagne par forfait, après que le Dr. Robotnik lui ait tirée dessus, sauvée par Sonic.

Le tournoi continue et il ne reste que 8 concurrents : Knuckles, Chris, M. Stewart, E-77 Lucky, Emerl, Édouard, Amy et Rouge. Les quarts de finale sont très serrés et le spectacle est assuré. Pendant ce temps-là, Sonic poursuit le Dr Robotnik et ses 2 robots. Knuckles bat Chris par abandon, tout comme Lucky contre M. Stewart, Emerl contre Édouard et Rouge contre Amy. Emerl gagne contre Lucky sans bouger et Knuckles bat Rouge en un coup. Lors de la finale, Emerl bat Knuckles et gagne l'Émeraude. Malheureusement, Emerl absorbe la pierre et se laisse aller à une réaction destructrice, détruisant le stade puis attaquant les spectateurs ainsi que Sonic et ses compagnons. Sonic, Knuckles et Rouge tentent de l'arrêter, mais leurs efforts sont vains. Après avoir été sauvée par Sonic, malgré sa morale au robot, Cream est contrainte, avec Cheese, de combattre Emerl, bien que tourmentée par ses souvenirs.

Un bateau de recherche océanographique est attaqué en pleine mer par un mystérieux navire fantôme. Nos amis et le président s'intéressent naturellement à élucider ce mystère. Évidemment, Robotnik est à l'origine de cet incident.

Le Dr Robotnik a disparu et nos amis veulent partir à sa recherche pour éviter qu'il produise une fois de plus une catastrophe. C'est alors qu'Édouard trouve un objet fait d'un métal inconnu.

De plus en plus de monde admire Sonic et prend pour modèle son style de vie tout en liberté et en course à pied. Mais il se trouve que ce phénomène est la conséquence du processus du gel du temps qui menace la vie sur Terre.

Le président annonce la séparation des mondes des humains et de Sonic. Nos amis vont bientôt se séparer, ce qui les rend tristes. Craignant une attaque surprise de Robotnik, le chef de l'armée décide d'attaquer contre le gré du président. Le jour du départ, tout le monde dit au revoir à Sonic et ses amis, qui regagnent leur monde d'origine, mais Chris désactive le portail alors que Sonic s'apprête à le traverser.

L'épisode commence par un flashback sur l'enfance de Chris. Après avoir désactivé le portail, Chris s'enfuit avec Sonic, refusant de se séparer de lui. Accompagné du hérisson, il se rend d'abord à vélo, puis conduit par un inconnu, vers un vieux chalet où ses parents et lui passèrent souvent leurs vacances quand il était petit. Chuck, de son côté, fait la morale à Nelson et Lindsey, les parents de Chris, en leur reprochant de faire passer leur vie professionnelle avant leur devoir de parents. Chris décide de discuter sérieusement avec Sonic, et le hérisson est prêt à rester toute sa vie avec Chris, parce qu'il lui a sauvé la vie. Après une longue discussion, grâce aux émeraudes et au Contrôle du chaos, Sonic rentre chez lui, laissant Chris seul devant le chalet, là où ses parents le retrouvent.

De retour sur leur planète, les amis de Sonic profitent de la paix qui y règne. Mais un soir, Robotnik refait des siennes et provoque la colère d'Amy. Knuckles et Rouge discutent, puis se chamaillent et finissent par se battre. Tails, réveillé par le vacarme, attaque le savant, mais ce dernier lui envoie un missile à tête chercheuse. Mais Sonic, grâce au Contrôle du chaos, fait son apparition sous sa super forme, détruit le missile et l'appareil de Robotnik. Il retrouve Amy devant chez elle. Cette dernière le sermonne et décide de vider son sac. Après l'avoir supplié de lui dire qu'il l'aime, Sonic lui avoue son amour et elle se jette dans ses bras. Sur Terre, 6 ans se sont écoulés : Chris, Helen, Frances et Danny ont maintenant 18 ans. Alors qu'il travaille sur le portail, Chris et Helen ont rendez-vous avec Frances et Danny. En pleine discussion avec ses amis, Chris se remémore ses souvenirs passés.