La șase luni de la apariția Ruinelor Mistice, Sonic și Eggman nu sunt de găsit. Se întâmplă ceva ciudat cu Broscuță, prietenul lui Big.

După ce schimbă opinii despre Haos, Sonic și Tails pleacă să recupereze smaraldul haosului. Knuckles are viziuni cu o echidnă de acum 4.000 de ani.

Knuckles jură că va continua căutarea fragmentelor din Marele Smarald. El se alătură lui Sonic și Tails în misiunea de salvare a lui Amy de pe nava lui Eggman.

Sonic, Tails și Knuckles se infiltrează pe nava lui Eggman. Chris și Big îl găsesc pe Broscuță, dar Eggman le stă în cale.

Tails salvează orașul Station Square de racheta lui Eggman și este aclamat ca un erou. Gamma se eliberează și face la fel cu ceilalți roboți și animalele lor.

Dorind ca smaraldele să fie doar ale lui, Haos îl trădează pe Eggman. Knuckles și Sonic sunt transportați înapoi în trecutul Insulei Îngerilor.

După ce sparge parolele de la computerele organizației GUN, Eggman găsește Proiectul Shadow: o operațiune strict secretă a bunicului său de elaborare a Creaturii Supreme.

Acuzat de furt, Sonic scapă din arestul organizației GUN. Câteva zile mai târziu, un arici negru fură dintr-un muzeu un smarald al haosului.

Sonic se predă și este închis pe Insula Temniței. Eggman vine cu propriul plan, iar Chris, Amy și Tails vor să-l scoată pe Sonic de-acolo.

Shadow îl duce pe Chris în Colonia Spațială construită de profesorul Robotnik. Eggman vrea să distrugă Pământul cu Tunul Eclipsei dacă planeta nu i se supune.

Knuckles o înfruntă pe Rouge pentru a prelua controlul asupra Marelui Smarald. Pentru a sabota Tunul Eclipsei, Tails propune înlocuirea smaraldului haosului cu unul fals.

Căutând să se răzbune, Dr. Robotnik plănuiește prăbușirea Coloniei Ark pe Pământ. Cei de la bord își lasă disputele la o parte, dar vor putea opri coborârea fatală?

Trei detectivi de pe planeta lui Sonic sosesc pe Pământ în căutarea lui Cream. Eggman se răzgândește și se oferă să repare Luna.

Luna lui Eggman întunecă soarele, aruncând planeta în beznă. El propune un înlocuitor artificial temporar, dar Sonic intră la bănuieli.

Sonic continuă să saboteze serviciul de aprovizionare cu lumină solară asigurat de Eggman, iar președintele îi pune pe cei de la GUN, pe Rouge și pe Topaz să-l împiedice.

Amy decide să iasă cu Sam Viteză, după ce Sonic n-a venit la întâlnirea cu ea. Bokkun reactivează robotul Emerl pentru a-l scoate pe Eggman din închisoare.

Pus să lucreze în închisoare, Eggman le întinde o capcană lui Sonic și celorlalți transformând niște aparate electrocasnice într-o hoardă de roboți letali.

Eliberat, Eggman își continuă planurile malefice. Dl Stewart, Chris și ceilalți îl urmăresc în canalizare, dar ajung toți prizonieri în bârlogul lui Eggman.

Sperând să-l scoată pe Eggman din ascunzătoare, președintele propune organizarea unui turneu de arte marțiale având drept marele premiu un smarald al haosului.

Emerl o ia razna după ce câștigă smaraldul. Sonic și ceilalți încearcă să-l oprească, dar abilitatea lui de a-și imita oponenții îl face un adversar redutabil.

Sonic și ceilalți pleacă pe mare pentru a găsi ultima bucată dintr-un continent pierdut. La sosire, ei dau peste Eggman, al cărui cuirasat reprezintă o nouă amenințare.

Sonic, Knuckles și Rouge îl urmăresc pe Eggman în adâncurile unui vulcan. Acolo dau peste o lume subterană și ruinele unui oraș pierdut.

Tails și Chuck continuă să lucreze la un dispozitiv care să-i ducă pe Sonic și pe ceilalți înapoi acasă. Sfidând ordinele, forțele militare îl atacă pe Eggman.

Chris preferă să întrerupă legătura între lumi decât să-i spună adio lui Sonic. Dacă ariciul nu se întoarce acasă, timpul se va opri pentru toți.

Prietenii lui Sonic îl așteaptă pe acesta să se întoarcă acasă... ba chiar și Eggman vrea asta. După șase ani, Chris rememorează numeroasele momente cu Sonic.