Es sind nicht alle auf Sonics Heimatplaneten. Die fliegende Insel schwebt über dem Meer. Es sind noch zwei Gestalten mit auf die Erde gekommen, Big und Froggy. Amy ist ausgezogen und will mit ihrem Kummer allein sein. Ausserdem ist Sonic verschwunden. Chris’ Mutter hat ein ganz besonderes Geschenk. Es ist ein Emerald! Draußen treffen sie eine große Figur namens Big. Der hat sich auf die Suche nach seinem verschwundenen Freund gemacht. Eggman verfüttert den Emerald an eine Glibbergestalt, die daraufhin sofort größer wird und alles zerstört.

Knuckles erzählt, dass diese seltsame Gestalt von Eggman wohl den Master Emerald zerstört hatte. Big erzählt, dass Froggy verschwunden ist. Sonic und Tails begeben sich wieder auf Emeraldsuche. Doch Eggman stellt sie mit seiner Chaos-Kreatur. Beim Gefecht fällt ein kleiner Vogel mit einem Amulett um den Hals Amy auf den Kopf. Sie tauft ihn Lilly. Als sie auf dem Heimweg sind, werden sie von einem der Eggmanroboter gestellt. Der vermißt nämlich seinen kleinen Vogel. Kurzerhand entführt er Roboter Amy.

Sonic und Tails wollen versuchen auf Eggmans Schiff zu gelangen. Chris will Big helfen, Froggy zu suchen. Eggman hat nun endlich seine neue Generation Roboter fertig gestellt. Sie sollen runter auf die Erde und Froggy suchen. Chris und Big können heimlich mit auf das Schiff gelangen. Während die anderen Roboter verschrottet werden sollen, soll E-102 Amy und den Vogel herbringen. Als er dann niedergeschlagen bei Amy ankommt, verwickelt sie ihn auch noch in ein Gespräch. Seine Gedanken kreisen um seine Kameraden und um das kleine Mädchen mit dem Vogel. Dann lässt er Amy frei.

Knuckles will nach den Resten des Master-Emeralds, Sonic und Tails nach Amy suchen. Amy wird von Eggman gestellt. Zu aller Erstaunen befindet sich in dem Amulett ein Chaos Emerald. Eggman kann sich auch noch Froggy bemächtigen und zu aller Erstaunen hatte Froggy einen Chaos-Emerald verschluckt, woraufhin ihm der Schweif gewachsen war. Eggman verfüttert nun die beiden Chaos Emeralds an seine Chaos-Kreatur, die daraufhin sofort gigantsich wächst. Als Eggman Froggy an die Kreatur verfüttert, dreht Big durch und greift die Kreatur an. Doch sie verschluckt alle drei. Amy und Tails können entkommen.

Sonic ist ein blauer Igel, der schneller laufen kann als der Schall. Er kämpft gegen Dr. Eggman, der mit seinen Robotern sein eigenes Imperium errichten will. Während eines Kampfes aktiviert Sonic versehentlich eine Maschine, die einen Riss im Gefüge von Raum und Zeit bewirkt und alle in eine alternative Dimension transportiert. Sonic trifft Chris, der ihn vor dem Ertrinken rettet. Eggman beginnt sofort neue Pläne zu schmieden und versucht die Chaos Emeralds zu finden, deren Macht dem Besitzer hilft die Welt zu erobern. Sonic versucht sie mit seinen Freunden zu stoppen.

Knuckles und Sonic erfahren, dass Chaos nur noch einen Emerald braucht, um unbesiegbar zu werden. Als sie auf Tikal treffen, erzählt diese den beiden das Geheimnis des Master Emeralds und warum Chaos überhaupt freigesetzt wurde.

Auch das Haus der Thorndyks wurde vom Chaos nicht verschont. Bis alles wieder aufgebaut ist, soll Chris zusammen mit Mr. Tanaka und Ella in die Nachbarstadt ziehen. Währenddessen baut die Regierung neue Roboter, um in Zukunft besser gegen die Angriffe von Dr. Eggman gewappnet zu sein.

Sonic wird von der Regierung verhaftet. Angeblich soll er auf Prison Island eingedrungen sein und dort schwere Verwüstungen angerichtet haben. Sonic kann fliehen, aber er wird von den neuen Regierungsrobotern verfolgt.

Sonic ist unter schärfster Bewachung auf Prison Island eingesperrt worden. Seine Freunde beschließen, ihn herauszuholen. Dr. Eggman will in der Zwischenzeit mit Shadow und Rouge die Emeralds von der Insel holen und die Insel danach zerstören.

Aus den Nachrichten erfahren die Freunde, dass auf Prison Island niemand zu Schaden gekommen ist. Obwohl das Rettungsteam die ganze Insel abgesucht hat, ist Chris immer noch verschwunden. Sonic und seine Crew machen sich auf, ihn zu suchen.

Unsere Freunde haben die einst von Professor Robotnik gebaute Weltraumstation erreicht. Während sie beraten, wie sie Chris und den Emerald finden sollen, taucht auch schon Eggman auf.

Dr. Eggman entführt Chris und Sonic. Amy, Tails und Mr. Tanaka fliegen sofort zur Space Colony Arc, um ihren Freund zu retten. Doch als sie dort ankommen, wird plötzlich der Countdown ausgelöst, den Eggmans Großvater vorbereitet hat.

Das Chaos Control bringt neue Bewohner auf die Erde und natürlich herrscht große Aufregung, was mit den Wesen geschehen soll. Drei der Neuen sind Detektive, die den Auftrag haben, ein kleines Mädchen zu suchen. Sie haben schon eine heiße Spur, da das Mädchen zuletzt zusammen mit Sonic gesehen wurde.

Während Eggman notdürftig den Mond repariert, warten alle freudig auf die ersten Sonnenstrahlen des neuen Jahres. Doch da geschieht etwas Unglaubliches: Der von Eggman reparierte Mond schiebt sich vor die Sonne und es wird dunkel auf der Erde.

Sonic ist hinter das Geheimnis von Dr. Eggman gekommen: Der Eggmoon, der seinen Schatten auf die Erde wirft und damit den Planeten verdunkelt, dreht sich mit der Erde um die Sonne. Der Mond ist nicht, wie Eggman behauptete, außer Kontrolle geraten, sondern wird genau gesteuert, um die ständige Sonnenfinsternis zu erzeugen.

Sonic wird von allen als Held gefeiert, war er es doch, der den Sonnenschein wieder in die Stadt gebracht hat. Während Sonic seinen Ruhm genießt, entdecken Amy und Onkel Sam, dass Eggman einen Ausbruchsversuch plant

Auf einmal wollen alle so sein wie Sonic, machen Lauftraining, schlafen auf Dächern und versuchen einfach alles, um ihren Held zu kopieren. In dem Chaos spielen plötzlich sämtliche Haushaltsgeräte der Stadt verrückt und greifen die Bewohner an. Sonic und Knuckles nehmen den Kampf gegen die wild gewordenen Waschmaschinen, Mixer und Staubsauger auf.

Durch das von den Haushaltsgeräten verursachte Chaos hat es Dr. Eggman tatsächlich geschafft, aus dem Gefängnis auszubrechen. Chris, Helen, Danny und Francis machen sich auf die Suche nach Eggman und landen schließlich in der städtischen Kanalisation. Dort wartet bereits der miese Doktor auf die Freunde.

Dr. Eggman ist immer noch verschwunden. Der Präsident hat eine Idee: Er will einen Wettkampf ausrichten, zu dem sich jeder melden kann. Jeder muss gegen jeden kämpfen und die Gewinner aus den Vorrunden treten dann gegen Rouge, Knuckles und Sonic an.

Die Kämpfe im Stadion gehen weiter. Während Sonic die Verfolgung von Eggman aufnimmt, kämpfen alle gegeneinander. Schließlich kommt es zum Entscheidungskampf zwischen Knuckles und dem von Eggman geschmiedeten Roboter Emerl.

Topaz befindet sich mit einem Schiff der Regierung auf einer geheimen Mission. Als Chris und seine Freunde zu Hause erfahren, dass das Schiff angegriffen wird, steht natürlich sofort Eggman unter Verdacht. Zur gleichen Zeit wird im Museum der Archäologe Dr. Cadbury überfallen.

Alle Menschen genießen ihr Leben und wollen so leben wie ihr Held Sonic. Sogar Decoe und Bocoe haben nach der letzten Pleite ihres Bosses die Seiten gewechselt und leben jetzt bei Chris. Doch die Freunde bekommen neue Erkenntnisse über Sonics Heimatuniversum.

Tails und Chuck bauen fieberhaft an einem Transporter für die Rückkehr ins Paralleluniversum. Während ein Commander der Regierung durchdreht und als Erstes Dr. Eggman angreift, läuft den Freunden um Sonic die Zeit davon

Alle bis auf Sonic sind in ihre Welt zurückgekehrt. Als Sonic in den Transporter einsteigen soll, greift Chris nach Sonics Hand und läuft mit ihm davon. Alle sind zunächst wie erstarrt und entsetzt über Chris’ Verhalten, doch dann wird eine große Suchaktion gestartet.

Auch in der anderen Welt kann Eggman nicht von seinen Welteroberungsplänen lassen. Das interessiert jedoch keinen so richtig, denn die Freunde müssen feststellen, dass Sonic nicht mitgekommen ist. Doch nach einigen dramatischen Momenten hat der kleine Igel eine große Überraschung parat.