Sonic og Dr. Eggman sloss om å eie den 7. kaos-smaragden. Kaos-smaragden er en sagnomsust sten som kan gi sin eier kraft til å styre over hele verden! Sonic's venner Tails, Cream og cheese støtter ham. Sonic stormer inn i Dr. Eggmans base. i mellomtiden blir alle de 7 Kaos-smaragdene ført sammen, og dette skaper et superstort Kaos, en forstyrrelse i universet, og Sonic og vennene hans blir blåst bort!

Christophers far er sjefen for en kjempestort computerbedrift, og moren hans er en populær skuespiller. Derfor er foreldrene hans sjelden hjemme. den personen som alltid er ved christophers side er hans bestefar, forskeren chuck, som er en pussig skrue. Chuck kommer inn i rommet og der finner han Sonic! Han er sjokkert, men også opprømt, og prøver å spørre ut Sonic. I mens finner Sonic ut at Cream og Cheese blir holdt fanget på et militært forskningssenter i nærheten.

Knuckles og Amy gjemmer seg i kloakkrøret. De har rømt fra både politi og militære. Knuckles er sint, og beskylder Sonic for at hans uvørenhet har foråsaket kaos i kosmos. Amy liker Sonic, og prøver å overbevise Knuckles om at han tar feil. Dr Eggman tar med seg roboten E-23 (som har en rakett festet til armen) til byen, og der går han berserk!

Knuckles mener at de ble slengt inn i denne verden fordi Sonic var uforsiktig, men det er ikke sant. Det var Kaos-smaragden som hadde laget forstyrrelsen. Når Chuck spør om hva en Kaos-smaragd kan ingen svare. Ialle fall så tror Chuck at hvis de kom hit til denne verden på grunn av Kaos-smaragden, så kan de bruke dens kraft for å komme seg tilbake igjen. Christopher foreslår at de hjelper hverandre med å lete etter Kaos-smaragden.

Knuckles som gikk fra de andre for å være alene gjemmer seg i byen. Over hele byen ser han avisoverskriften: "Uidentifisert skapning oppdaget?" Han blir bitter hver gang han ser skryteartikler om Sonic og vennene hans.

Christophers mor foreslår at de skal invitere onkelen hans, og holde en fest! christopher er svært glad for det, men han har ikke fortalt noen andre en Chuck om Sonic og vennene hans. Derfor ber han dem om å holde seg skjult.

Dr. Eggman som er sint fordi satellittene holder basen hans under oppsikt, sender ut en robot for å bli kvitt dem. Robotens store munn svelger satellittene, en etter en. på skjermene hos militærets overvåkningssentral forsvinner signalene også en etter en. alle på sentralen får panikk!

Det kommer en invitasjon i posten hjem til Chritopher om å delta i en åpningsseremoni for en ny familieattraksjon ved sjøen. Christopher går i stedet for foreldrene. Amy er glad, men får jo ikke lov til å gå der hvor det er så mange mennesker. likevel følger hun og de andre med til Torndikes private strand. Sonic har som alltid dratt ut på eventyr.

Tails prøveflyr Tornado 2, men må lande på en baseballbane. Kaos-Smaragden reagerer på den Smaragden som vaktmesteren der fant dagen før. Det danner en regnbue, som Dr. Eggman ser, og forstår at er et resultat av kaos-Smaragden. Dr. Eggman prøver å presse Tails til å gi fra seg Smaragden, men akkurat da kommer Sonic og de andre. For å vinne smaragden må Dr. Eggman vinne en baseballkamp, men han prøver å lure Sonic og vennene hans.

Rouge gjør et innbrudd i en smykkeforretning, stjeler alt hun vil ha, men vil egentlig bare ha Kaos-Smaragden. Samtidig vil presidenten at militære skal gå til angrep mot Dr. Eggman, men de vil ikke fordi de mener at våpnene deres ikke er gode nok. De ønsker hjelp av Sonic, men da må de lure ham i en felle først. De fanger ikke ham, men Rouge. Rouge slipper å sone straffen for smykketyveriet mot at hun blir en hemmelig agent som skal hjelpe dem å fange Dr. Eggman.

Presidenten vil gjerne ha hjelp av Sonic for å overvinne Dr. Eggman, for uten Sonic tror han ikke at han klare det. Presidentens ambassadør får i ikke napp hos Sonic. I mellomtiden er Tails og vennene hans om bord i Tornado 2 og leter etter Kaos-Smaragden. De får et signal fra en maisåker, og bestemmers seg for å grave ut Smaragden. Dette observeres av Mr.Stewart som er spion for regjeringen. Det blir et voldsomt slag ute på maisåkeren. I mellomtiden trenger Rouge og hennes spioner seg inn i Dr. Eggmans base.

Dr. Eggmans roboter og Kampstyrkene slåss mot hverandre i basen, og hit kommer også Rouge og spionene hennes. Det blir mye spenning når Dr. Eggman kommer til basen og finner ut at militæret er der. Men der er også Sonic og vennene hans! Det blir en veldig kamp mellom Sonic og Dr. Eggman, men når Sonic får tak i den tredje Smaragden får han ekstra kraft, og med et superspinn-angrep klarer han å åpne nødlukene slik at alle får reddet seg ut i siste liten før basen eksploderer og kollapser.

Dr. Eggmans base er ødelagt, og Presidentens hjelper er henrykt. Presidentens hjelper blir bekymret for det neste valget, og planlegger å benytte sonics popularitet for å øke Presidentens muligheter. Sonic inviteres til Presidenten. Men Sonic har andre planer. Han er sammen med Helen, som sitter i rullestol, på en øy fordi hun ønsker seg en hvit blomst derfra. Presidenten hjelper blir så sint at han ber kommando-soldatene om å lete etter ham. De finner ham, og det blir en opplevelsesrik dag for Helen. Med et helikopter kommer de seg unna, og etter enda flere hindringer kommer de til Presidentens selskap med fallskjerm.

Sonic og hans venners gode gjerninger blir lagt merke til, så nå kan de bevege seg frit i byen. Men de blir forstyrret av nysgjerige folk. Militæret undersøker der hvor Dr. Eggmans base lå tidligere, men så reiser "Eggfortet", som var laget i alle hemmelighet, seg opp fra undergrunnen. Dr.Eggman skjuler "Eggfortet" bak byen, så militæret står hjelpeløse. Sonic må hjelpe, men har ikke Tornado 2. De har store problemer inntil Mr. Tanaka kommer med Tornado 2. Da går det bra, og folket i byen er lykkelige. men Sonic vet at Dr. Eggman ikke lar seg slå så lett.

Sonic og vennene hans får utlevert pass, og kan reise utenlands. Over skyene over et feriested reagerer Kaos-Smaragden om bord i Tornado 2. Den fjerde kaos-Smaragden er under havet. De må dykke etter den, og da oppdager de et vrak på bunnen. I mens har Dr. Eggman fått reparert "Eggfort" og de kommer etter Sonic og vennene hans, som blir overrasket inne i det sunkne skipet. Sonic fester "Eggfortet" med det sunkne skipets anker, og kan heve skatten og den fjerde Kaos-Smaragden.

Knuckles er i en butikk for å lete etter en skattejeger som heter Hawk. Han blir ført av gårde, og havner i kjelleren, og der er Hawk. De klarer å unnslippe, og Hawk tar med Knuckles dit hvor Kaos-Smaragden er gjemt. De blir lurt i en felle, og må slåss for livet. Smaragden blir begravet når taket raser sammen. Etter hvert får Knuckles beskjed om å levere Kaos-Smaragden i "New Town", den nye byen, som reiser seg i utkanten av byen.

I Tornado 2 kjemper Sonic, Tails og Chris mot Egg Fort som skades stygt. rester av "Egg Fort" treffer tornado 2, og de må krasjlande på savannen. Mens Tails reparerer tornado, reparerer Dr. Eggman "Egg Fort". Tornado 2 forandres til en robot med bein, og de går over savannen til de måter to menn som skal bygge en dam. Dette er ikke alle enige i, Samtidig reiser Konveks og Konkav ut for å lete etter Sonic, og kommer også dit.

Mor til Chris skal være med i en teaterforestilling i et gammelt befestet slott. Chris, Sonic og Amy er alle invitert til forestillingen. Men da Sonic og vennene hans spaserer gjennom slottet, suges de inn i veggen. Amy og Chris prøver å redde alle sammen og oppdager at steinene i slottsveggen besitter uvanlige krefter...

Etter uker med leting etter Kaosdiamantene er det tid for noe hvile. Nelson, far til Chris, inviterer hele gruppen med på cruise med yachten sin. Yachten er for liten til at Sonic kan løpe rundt i den, noe som er svært viktig for ham. Til slutt må han bli kvitt energien sin på en eller annen måte. Sonic ser ikke ut til å vite hva avslapping betyr. For å lære ham kunsten å slappe av, tar Tanaka med seg et par venner som uten sidestykke er mestre av denne disiplinen.

Sam, unkelen til Chris og ledren av S-teamet utforder Sonic til et race. Men Sonic er ikke interessert. Sam finner en underfundig måte å overtale Dr. Eggman til å få Sonic til å delta tross alt. Det kommer til å bli en spektakulær konkuranse med en fantastisk slutt. Til og med presidenten selv, som fulgte med på hele konkuransen, er fornøyd med resultatet til Sonic og han har ikke vanskelig for å vise det...

Sonic, Chris og vennene deres reiser på sommerleir i fjellene i Tanakas hjemland. Siden Cheese foretrekker å ikke være med på de faste aktivitetene, hopper han av får å ta seg en hyggelig svømmetur. Det han ikke innser er at han driver lengre og lengre bort fra gruppen, som snart sender et letemannskap etter ham. vil de være i stand til å finne Cheese? Og kan det være noen andre gjester på øya...

Rouge har en stund hatt et blikk på en praktfull diamantring. Hun har mistanke om at det er en Kaosdiamant i dette vakre snykket. En dag blir ringen solgt, og Rouge er fryktelig skuffet. Nesten nøyaktig på samme tid kjøper nelson, Chris sin far, en kostbar ring til Lindsay, Chris sin mor, til deres bryllupsdag. Kunne det være en sammenheng mellom de to handelsene? Og hva om Dr. Eggman finner ut at ringen virkelig inneholder en Kaosdiamant...

I dette spennende eventyret fører Sonic nok en gang krig mpt Dr. Eggman og hans roboter. Mens kampen foregår, havner en databrike i øret til Sonic. Det ingen vet er at brikken reagerer på en fjernkontrollen til garasjeporten til Chris. når noen trykker på fjernkontrollen, går Sonic berserk, og ingenting kan stoppe ham. Vil Sonic noen gang bli fri for denne lidelsen? Kan databrikken fjernes...

Sonic og vennene hans drar på leting etter den siste Kaosdiamanten. De er allerede i besittelse av 6 diamanter og vil ikke at den aller siste betydningsfulle Kaosdiamanten skal falle i hendene på Dr. Eggman. Den onde doktoren gjør sammen med sine roboter alt som står i hans makt for å beseire Sonics team. Vil han klare det denne gangen? Og hva er det med Chris nå som han stikker avgårde til skolen...

Sonic befinner seg nok en gang i en innbitt kamp mellom Dr. Eggmans roboter og Sonic-gjeng. Sonic selv er hardt skadd, og det hele ser ikke bra ut. Vennene Chris og Tails vet ikke hvordan de skal hjelpe sin raske venn. Knuckles, den barske reven, ankommer i grevens tid og redder dagen ved å forvandle Sonic til en Super Sonic. Dr. Eggman og hans roboter kan nå bare pakke sammen...