Der finstere Dr. Eggman will mit Hilfe der Chaos Emeralds seine Macht ausweiten, indem er einen von ihm konstruierten Energieverstärker mit ihrer Energie antreibt. Sonic versucht gemeinsam mit Amy und Tails, ihn mit allen Mitteln davon abzuhalten – doch dabei wird etwas von der ungeheuren Energie des Verstärkers freigesetzt, und Sonic wird in eine andere Galaxie geschleudert…

Nachdem Sonic X in eine andere Galaxie geschleudert wurde, landet er in einem Swimmingpool, aus dem ihn ein kleiner Junge namens Chris rettet. Chris ist es auch, der Sonic erklärt, dass er sich nun auf der Erde befindet. Gemeinsam mit seinem Opa will Chris alles tun, um Sonic zu helfen. Das bedeutet, dass sie zunächst Sonics Freunde Cream und Cheese aus der Militärbasis befreien müssen…

Dr. Eggman will die Weltherrschaft mittels des Roboters E-023 an sich reißen. E-023 greift die Stadt an und trampelt in der Hauptstadt alles nieder, was sich ihm in den Weg stellt. Die Polizei ist machtlos, nur Sonic kann noch helfen…

Diesmal müssen sich Sonic und seine Freunde um einen so genannten „Chaos Emerald“ kümmern, einen Edelstein, der großes Chaos in seiner Umgebung verursacht. Natürlich versucht der finstere Dr. Eggman, als er von der Existenz eines solchen Steines erfährt, ihn in seinen Besitz zu bringen…

Dr. Eggman täuscht den leichtgläubigen Knuckles mit einer gemeinen List, sodass dieser sich gegen Sonic wendet. Der getäuschte Knuckles versucht, Eggman den „Chaos Emerald“ zu verschaffen, einen Stein, der um sich herum Chaos erzeugt…

Der gemeine Dr. Eggman ist es leid, Sonic und seinen Freunden immer zu unterliegen, und so beschließt er, den Roboter E-51 zu konstruieren. Dieser soll die Schule von Chris vollständig zerstören! Doch die Sache nimmt eine ganz andere Wendung, als E-51 seinen Auftrag vergisst, weil er so viel Spaß mit den Kindern hat…

Chris Mutter organisiert für ihren Sohn eine Party. Nur wie sollen sich seine Freunde in einem Haus voller Gäste verstecken?Chris und Chuck gelingt es immer gerade noch im letzten Moment zu verhindern, dass die Besucher entdeckt werden. Einer der Gäste ist Chris Onkel Sam, der seiner Zeit Sonic nicht einholen konnte, was er bis heute nicht überwunden hat. Als er Sonic auf einem Baum in Garten sitzen sieht, traut er seinen Augen nicht. Doch da fordert sie Mr. Tanaka auf, sie mögen doch auch Ella in ihr Geheimnis einweihen, das würde vieles einfacher im Haus machen.

Dr. Eggman hat einen Roboter entwickelt, der in der Umlaufbahn der Erde alle Satelliten einsammelt, die er für neue Projekte umbauen will. Das gesamte Informationssystem bricht auf der Erde zusammen und natürlich kann kein Fernsehsender mehr senden. Eggman startet nun seine eigene Show. Tails beschließt daher, den Tornado umzubauen und entwickelt den X-Tornado. Mit diesem gelingt es ihnen dann, Eggmans Roboter im All aufzuhalten und dessen Pläne zu vereiteln….

Amy möchte das neu eröffnete Emerald-Coast Resort besuchen. Chris soll dort bei der Eröffnung seine Eltern vertreten. Amy beobachtet ein junges Liebespaar und stellt sich ein paar romantische Stunden mit Sonic vor. Um es dem Liebespaar gleich zu tun, bastelt sie ihrem Sonic ein Glücksarmband. Mittlerweile ist in dem Resort Dr. Eggman mit einem seiner neuen Roboter aufgetaucht und zerstört alles. Sonic versucht, Eggman aufzuhalten und Amy eilt zu Hilfe.

Tails macht einen kleinen Ausflug mit seinem X-Tornado, als sein Emeraldplötzlich zu leuchten beginnt. Er landet im Diamond-Baseball-Stadion. Dort begegnet er dem Platzwart, der einen Chaos Emerald gefunden hatte. Die beiden Emeralds zusammen erzeugen einen gigantischen Lichtturm. Das bleibt natürlich nicht unentdeckt. Da Eggman die Emeralds haben will, überredet er alle, ein Baseballspiel um die Emeralds zu machen. Auch Die Presse wird aufmerksam und das Stadion füllt sich…

Eine Juwelendiebin plant, den „Chaos Emerald“ zu stehlen, ein Stein mit der Gabe, alles um sich herum ins Chaos zu stürzen. Sie geht dabei sehr geschickt vor: Zunächst gibt sie nämlich vor, der Regierung zu helfen, indem sie die Festung von Eggman ausspioniert – in Wahrheit will sie auf diese Weise jedoch nur an den „Chaos Emerald“ gelangen…

Der Präsident der Vereinigten Staaten erklärt seine Absicht, Eggman zu besiegen. Unterdessen versucht auch Knuckles, in Eggmans Basis einzudringen. Doch Eggman hat eine wirksame Waffe, gegen die keiner so leicht ankommt: einen riesigen Windroboter!

Rouge, Topaz, Knuckles und die Regierung brechen in Eggmans Basis ein und versuchen, diese zu erobern. Unterdessen versuchen auch Sonic und seine Freunde, die Basis von Eggman einzunehmen und den Chaos Emerald zurückzubekommen. Aber Eggman hält eine große Überraschung für Sonic bereit…

Nachdem Sonic die Basis von Eggman zerstört hat, wird er eine berühmte Persönlichkeit, und der Präsident lädt ihn und seine Freunde zu einer Party ein. Doch Sonic kann nicht kommen, denn er hat seiner Freundin Helen versprochen, mit ihr einen Berg zu besteigen, weil ihr Vater nie eine Bergtour unternommen hat…

Ella möchte Amy, Tails, Chris, Cream und Cheese mit nach draußen ins Einkaufszentrum nehmen, als sie sehen, dass der gemeine Eggman zurückkehrt und einige Geschosse auf die Stadt schießt. Sonic kann diese schließlich abwehren. Es gelingt ihnen, Eggman und seinen Eierträger zu besiegen und im Ozean zu versenken…

Die Einsatztruppen der Regierung suchen mit U-Booten den Meeresgrund ab. Sonic, Amy, Tails, Cream und Cheese haben nun endlich Ausweise und sind Bürger des Landes. Tails hat sogar eine eigene Flugerlaubnis bekommen. Alle beschließen, das mit einem Ausflug an den See zu feiern. Dort machen sie einen Chaos Emerald aus. Sie besorgen sich Tauchausrüstungen und entdecken die Tiefen des Meeres. In einem alten Schiffswrack finden sie den Emerald. Doch da taucht Eggman auf.

Am anderen Ende des Planeten entdeckt Knuckles eine verlassene alte Tempelanlage, die ihn an seine Bestimmung, Wächter des Master Emeralds, erinnert. Als er sich die Anlage näher ansehen will, hört er Hilferufe. Er kommt gerade noch rechtzeitig, um Hawk das Leben zu retten. Der erzählt ihm von einem kostbaren Stein, den er gefunden hätte. In seinem Versteck zeigt Hawk seinen Schatz – einen Chaos Emerald. Aber sehr schnell bekommen sie Gesellschaft: Dr. Eggman!

Chris und Tails stoßen auf Emerald-Suche mit Eggman zusammen und müssen notlanden. So erkunden sie den großen Nationalpark. Dabei stoßen sie auf eine riesige Baustelle. Boris und Sergei, zwei obskure Gestalten, wollen mitten im Reservat einen Staudamm errichten. Chris und Tails organisieren eine Demonstration dagegen.

Um auszuspannen schippern die Freunde mit einer Yacht über den Ozean. Sonic wird sehr bald seekrank. Chris läßt mit seinem Hubschrauber von Tanaka einen Haufen alter Leute auf das Boot bringen, weil Nelson meint, dass ältere Menschen einem am besten vermitteln, wie man sich erholt. Eggman ist sauer, weil er keinen Urlaub hat und greift aus Rache an.

Chris’ Onkel Sam steht mit einem Wahnsinns-Rennwagen vor der Tür. Es soll ein Wettrennen veranstaltet werden: Sam gegen Sonic. Sonic nimmt aber die Herausforderung nicht an. Sam bittet den Berater des Präsidenten um Hilfe, welcher mit diesem Presseereignis die Wiederwahlchancen seines Chefs erhöhen wollte. Der wiederum sucht Hilfe bei Dr. Eggman. Eggman schickt also einen von ihm entwickelten Kussroboter los, der Sonic küssen soll, bis er die Herausforderung annimt. Der Plan geht auf.

Chris macht mit seinen Schulfreunden einen Ausflug in das Land, aus dem Mr. Tanaka stammt. Sonic ist vorgelaufen. Mr. Stewart ist als Aufpasser mitgekommen. Cheesewird von der Strömung des Flusses abgetrieben. Eine Suchaktion wird gestartet. Dr. Eggman macht ebenfalls einen Ausflug in die gleiche Gegend und verfolgt sie. Sie finden Cheese in Mitten einer Chaos-Kolonie wieder. Eggman’s Riesenroboter verursacht eine Schlammlawine in Richtung Chaos-Kolonie. Sofort machen sich unsere Freunde auf den Weg, um die Chaos zu retten.

Nelson, der Vater von Chris, kauft bei einem Juwelier einen teuren Ring für Chris’ Mama Lindsay, weil sie Hochzeitstag haben. Anschließend lädt er Sonic, Tails, Amy, Cream und Cheese zu einer Party ein, bei der er seiner Frau den Ring überreichen will. Er ahnt nicht, dass es sich bei dem Stein in dem Ring um einen Chaos Emerald handelt…

Bei einem Kampf mit Eggman gerät eine Art Computerchip versehentlich in Sonics Ohr, ohne dass er es merkt. Er spürt nur ein unangenehmes Gefühl und kratzt sich daraufhin ständig im Ohr, was Amy wütend macht, denn sie hält es einfach für schlechtes Benehmen. Doch dann merkt sie, dass etwas anderes dahintersteckt…

Sechs Chaos Emeralds wurden mittlerweile gefunden, doch einer davon ist noch im Besitz des finsteren Eggman, der außerdem plant, einen weiteren von seinem Roboter E-77 suchen zu lassen. Unterdessen sucht auch Knuckles nach dem letzten Chaos Emerald. Er glaubt, dass die einzige Möglichkeit, ihn zu erlangen, eine Partnerschaft mit Eggman ist – ein fataler Fehler…

Nachdem Dr. Eggman ihm eine Falle gestellt hat, ist Chris der Gefangene des fiesen Forschers. Sonic versucht unterdessen alles, um seinen Freund zu befreien – doch er wird im Kampf schwer getroffen. Chris kann den Anblick seines besiegten Freundes nicht ertragen und mobilisiert noch einmal alle Kräfte, um sich selbst zu befreien…