かつて世界は魔族に蹂躙され、人類は滅亡の危機に瀕していた。その魔族を倒すため、人間の祈りから生まれた韋駄天と呼ばれる戦いの神。彼らは魔族を封印し、世界に平和をもたらした。それから約８００年――韋駄天のハヤトは師匠・リンの教えの下、魔族が復活した時に備えて修行に明け暮れていた。そんな中、北の大氷河地帯に帝国ゾブルの軍人が集まっているという情報を得たため、同じく韋駄天のイースリイ、ポーラとともに現地へ赴く。

魔族たちはハヤトたち韋駄天を早期に抹殺するべしと判断し、最高戦力であるニッケルを送り込む。そしてニッケルは修行を続けるリンとハヤト、イースリイ、ポーラの前に降り立つ。突然現れたニッケルにハヤトが挑みかかるもまるで歯が立たず、敗北を喫してしまう。そのニッケルに、今度はリンが立ち向かうが……。

コリーとの戦いに苦戦するハヤト。一方のプロンテアは圧倒的な強さでネプトを撃破する。研究所ではイースリイがピサラとの頭脳戦で勝利を収め、ハヤトもまた長時間の戦いの末コリーを倒す。同じ頃、ゾブル帝国では異常な洞察力をもつミクが、リンの守る旧世代魔族の封印の存在に気付く。

ゾブル帝国が崩壊した後、ホタエナとサラバエル二国間での戦争を禁止するとサラバエルの三代目大神官サギィシーに告げるイースリイとポーラ。二人は神の力を見せつけてサラバエルの説得に成功する。そうして戦いの準備が整った韋駄天たちは一気にゾブル帝国に攻め込む。

戦後処理をするイースリイ。新しい韋駄天・ギルは自分の無力さを痛感し、人を助ける強い力を求め、韋駄天の修行を始める。しかしリンはオオバミの姿を目にしてから気が抜けてしまい、ただ同じ場所に座り、涙を流すだけの日々を送っていた。同じ頃、逃げ出した魔族たちが再び活動を開始していて――。

街に姿を現したミクを追うプロンテアだったが、あえなく捕獲に失敗。それを踏まえてミクは韋駄天側の頭脳であるイースリイに狙いを定める。そしてミクとオオバミの作戦によってピサラとコリーの洗脳が解かれ、イースリイとポーラが拘束されてしまう。