天竺高僧菩提达摩因与教众教理不合，不见容于故国，受佛陀所指向中土弘法。只身来到正值南北朝的中国，恰遇众人追杀一患麻疯病的女子高小婵，他施展奇功鼎力相救，并通过他在集市上感化的小偷小四，辗转找到神医小宝医治小婵。

小四小宝小婵深感达摩大师的高尚人品和奇绝武功，诚心追随，达摩在危难中救起小四更得众人信任，他的声名在南梁广为传扬。流支感到达摩对他地位的威胁，蒙蔽粱武帝，更以除灭妖们之名围追达摩。

流支三奘不甘有人位居其上，利用与梁武帝接近之机，劝谏武帝修金陵玉带河以固帝业。武帝关心张家村灾情，派肖刺史前往救助，巧遇路过的达摩一行，他们已发现张家村灾情的根源乃水源污染，及时解救了一方黎民。

小婵因拥有舍利子多次遭歹人迫害，幸遇达摩相救，她满怀感激之心将舍利子赠予达摩，达摩坚辞不受。

山岭间，飞天与达摩初遇交手，双方互有异感，飞天不忍伤害达摩。衍空暗中监视，发现飞天与达摩似有隐情，报告流支。衍空为得到小婵，暗中给她服下“聪明丹”欲行强暴，小婵却意乱情迷地向达摩表明心迹， 愿他还俗两人永结同心。

飞天问达摩为何与她七世姻缘才刚三世就弃她而去，流支深悔让身陷情网的飞天担此重任。他趁达摩在飞天三试他时魂魄尚未回返出手袭击、令达摩身负重伤，飞天也罹受杖责。

流支为取得袈裟，让衍空告诉飞天琴娘，达摩在吟松台上滔滔不绝，琴娘怒起欲杀达摩。达摩全不知敝他们背后的阴谋，他把袈裟交予小婵，决意冒险与流支论法救出飞天。衍空以救达摩为名诱小婵交出袈裟，小蝉借机怂恿衍空争夺园师之位与流支抗衡。

达摩虽面见武帝，但言不投机，小婵未获释放，武帝更明令达摩一日内离开袈裟换取飞天的自由，飞天为助达摩弘法执意要保住袈裟，其诚意终于感动琴娘。

胡姬在与达摩的相处中感受到他博大宽容的胸怀，决定救达摩。正巧被寻至的小婵撞见达摩和胡姬在一起，流支乘机迷惑小婵令她对达摩误会更深，小婵极度失望伤心。

流支为动摇小婵对达摩的信任，做法使其麻疯病复发，而又亲自将其治愈，他让手下艳艳照料小婵，以“迷魂丹”令小婵脆弱多疑，轻信流支本是正人君子，无意与达摩争锋。

小婵服食迷魂丹后，嫉妒心加重，竟起报复心害胡姬气尽现出狐形。达摩以舍利子并内力救胡姬醒过来。

达摩带小宝寻到猎户家探望胡姬，流支继续利用被蒙蔽的小婵搜寻达摩的踪迹，并派黑羽武士围剿达摩，达摩令小宝引胡姬藏入深山，自己却与小婵不期而遇，小婵再次表白她期盼达摩还俗与之结好的心愿，武士突从天降围捕达摩，达摩展轻功离去。

流支派黑羽武士在荒林中遍寻达摩及众人，却不见一人的踪影。他十分蹊跷胡姬屡遭劫难却连连避过，必是舍利子为其护佑。流支决定大开杀戒，生擒胡姬夺取舍利子。

胡姬失去舍利子，生命系若游丝，白狐大仙幻形将她带走。小婵亲眼目睹胡姬的变故，心中愧疚。达摩得佛祖指引，寻到有两株嫩桂的北魏少林寺。达磨小婵在行程中救起被流支追杀的龟兹国王，与他们失散的小四小宝则邂逅了受伤昏迷的侠女阿蛮。

流支先行将小婵从达摩身边悄然带走，再次以迷魂丹迷惑她，她想利用小婵的善良本性来制伏达摩以求得佛祖之位。阿蛮本是流支的义女，流支命她将达摩带至京城与小婵巧遇。

阿蛮得知自己的师傅原来是生身母亲隐娘，她们是龟兹皇族的后裔，为了完成复国大业，要利用达摩与流支的矛盾削弱对方，自己坐收渔利。此时达摩、小四得“镇国十八式”珍本，苦心习练，武功精进。

隐娘为达到复国目的扮装成平民女子也来到佃户家借住，编造谎言向达摩求助。阿蛮面对野心勃勃的母亲，不知如何才能不伤害别人。

隐娘百般巧言求达摩收她为弟子，达摩言其佛缘未到，不能强求。隐娘为阻止达摩与永宁寺僧论佛。多次易容出击，流支为身边连续出现的怪事更添疑惧，不知暗藏的对手为何人。

达摩历波折终至少林寺，少林方丈光依照流支吩咐让达摩在菜草棚安身，并以火烧草棚欲达摩，黑龙降雨救达摩化险夷。

隐娘暗中作法，借巫婆之口陷达摩于不利之境，百姓纷纷欲将达摩从少林寺驱逐。流支见舆论不利达摩，更蛊惑小蝉，达摩不宜出家，可以做居士修行。

小宝寻找失散的达摩和小四，遭流支手下追杀，九死一生中幸遇依依母女搭救。隐娘欲以苦肉计获取达摩的信任，得到“镇国十八式”武功秘笈复国中兴。阿蛮按隐娘的意旨，向流支慌称那些被她们杀死的武士是因为争夺天竺叶兰而失踪。

隐娘和阿蛮力阻达摩前往少林，因流支的众武士正在四处搜捕达摩，情况万分危急。达摩躲进少林，慧光有感达摩大德以礼相待。流支欲以武力阻止达摩在少林寺做法事，双方针锋相对。

达摩将“镇国十八式”还给隐娘，隐娘却在跟达摩相处的日子里心爱感悟，毅然放弃复国的仇怨，一心向佛，从容为生。怎奈衍空力逼达摩去见流支，双方搏杀，隐娘为掩护达摩负伤。

达摩教诲小婵应抛却情念，才能真心悟道，小婵豁然开解。流支不肯放过声誉日隆的达摩，继而杀至少林，小婵亲眼目睹暴行，揭露流支放不下名位利禄。

达摩经多方考验，正式收小宝为徒，小宝依依暂别大师云游四方行医济世。小四继续追随大师修行。达摩为悟出真谛在火龙洞面壁修炼，于鹰蛇争斗间创立新的功夫套路。

流支弄妖法使皇帝神志昏迷，年幼的太子对他颇为警惕。流支为害太子诬陷庄太父纵使太子谋反，弄法以假太子要挟皇上即时加封他为王，皇帝气愤要废太子。

流支施邪法将皇上吓得神志昏乱，面壁的达摩分身抗流支。太子、庄浩、龙女和智武在小店暂住，以兄妹相称。探子发现踪迹报告流支，小店被众兵围困，流支欲杀人灭口，达摩分身青年侠士退敌。

丹波潜入小店以毒散击杀众人，他想借机得到龙女身上的丹丸，那正是他毒散的克星，达摩及时出手相救，向龙女言明她的身世因缘。衍空要在七月十五日围剿小店。

丹波一心想得到龙女的内丹，与他的毒散合而为一，他的功力即天下无敌，正可了却他觊觎北魏国师之位的野心。但他的多次出击连连被达摩挫败。流支为达摩篡国目的，不择手段地追杀太子，残害忠良，达摩化身武士恶斗流支，唤醒昏聩的皇上，命令流支专司佛法，不得过问政事。

龙女为救太子交出内丹火龙珠，丹波得意而去。太子、龙女、智武乔装乞丐四处寻找丹波。一晃九年光阴荏苒，失去了内丹的龙女迅速苍老，头发雪白，她为了不拖累太子圣毅然自尽。太子最终在火龙徒弟的帮助下取回了火龙珠，并送给达摩。

姬将军夫妇中年得子姬光，十分溺爱。姬光天资聪颖，文采出众，武艺过人，却生性放荡。失手伤人性命，使漪罗沦为寡妇。更寻衅与达摩比武，达摩慈悲相让，姬光反狂妄而去。达摩洞穿姬光狂妄背后灵性天成，决定收他为徒。

姬光为搭救被庞丞相公子轻薄的漪罗，误将他打死。为躲避惩罚，姬光无奈地逃到少林寺，但不愿剃度为僧，提出许多违背寺规的条件，并为自己起名神光，达摩一一答允，他相信虔诚的佛徒自会过朴实的生活。

姬将军夫妇坚决不允神光与漪罗的婚事，神光心中烦躁，无心修行，衍空乘机引诱他放荡行事，败坏少林寺名声，僧众气愤填膺。达摩知神光必有大难，多次教诲。

达摩率众徒从火中救出漪罗、神光，神光已双目失明，流支满意佰空的阴谋得逞。历经变故的漪罗心灰意冷，想了却余生，达摩慈悲为怀，终于感化漪罗，使她重寻生命的快乐，忏悔自己往昔的荒唐之举，在少林寺剃度为尼。

按神意所指，慧光终于来到少林寺。在达摩祖师面壁洞前，慧光虔诚忏悔，跪悟一天一夜，终悟出"我就是我"的惮理，达摩传十八式拳法助其强身健体。慧光让达摩收他为衣钵弟子，达摩言待到天降红雪的机缘方可，慧光在雪地里断臂感动达摩、遂赐法号慧可，收为传人。

丹桂与流支留有一女阿司，但流支以为她早不在人世。偏巧这日阿司与元纥人养父母也来到国都，他们沿街卖艺为生。本欲劫法场救达摩的智武被阿司母女骗走了大刀，纠葛中智武与阿司达成谅解。

阿司养母古兰姆在街上寻找走散的阿司，与邂遁的智武纠缠不休，正巧警见路过的丹桂衣袖中飘落的荷花手帕，那正是阿司身上的物品。阿司为寻食物闯到达摩居处，险些误食毒饭，达摩细心心呵护阿司，令她感到父爱般的温暖，她调皮地叫达摩“盘子老头”。

达摩苏醒口吐毒液，智武搀挟他步出惮房，令在院中率众做法事的流支大惊失色，无地自容。心气难平的流支在郊野狂怒疾行，遇落水的阿司将她救起，流支闻听她是达摩的朋友，想利用阿司再害达摩。达摩发现智武对阿司深怀好感、他让智武在机缘成熟时还俗与阿司相守。

流支在与阿司的相处中，被她的纯真善良所感动，将她认做干女儿。衍空将她认做干女儿。衍空将毒药交给古兰姆，要他们再次毒害达摩。丹桂与阿司相认，却很难说出他们的真实身份。慧可面君力陈流支的恶行，皇上忠好不分，竟把慧可关进监牢，智武赐死。

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