In einer Gefängniskolonie im Delta Quadranten, träumt der junge Gefangene Dal von seiner Flucht. Nach einem missglückten Ausbruchsversuch, wird er von Gwyn verhört, der Tochter des Leiters der Kolonie. Sie schickt Dal gemeinsam mit anderem anderen Gefangenen Brikar unter Tage, um den berüchtigten Gefangenen Zero aufzuspüren. Doch stattdessen finden die beiden das verschüttete und verlassene Föderations-Raumschiff U.S.S. Protostar. Die beiden bleiben nicht die einzigen an Bord und wagen schließlich einen neuen Fluchtversuch. Zu Hilfe kommt ihnen bei ihren weiteren Abenteuern auch ein Trainings-Hologramm von niemand Geringerem als Captain Kathryn Janeway.

Auf der waghalsigen Flucht vor dem Diviner gerät die Crew trotz der Unterstützung ihrer Hologramm-Mentorin Janeway beim Flug durch einen sterbenden Stern in eine lebensbedrohliche Lage.

Die Crew hat ihren ersten Außeneinsatz auf einem unentdeckten Planeten, der ihre tiefsten Sehnsüchte offenbart. Doch schon bald stellen sie fest, dass auch der Planet etwas begehrt: sie selbst!

Auf dem Killerplaneten gestrandet, muss die Crew mit ihrer Gefangenen Gwyn zusammenarbeiten, um am Leben zu bleiben. Aber nicht nur der Planet hat es auf sie abgesehen…

Während Gwyn darum ringt, ihre Rolle an Bord der Protostar zu finden, testet Dal seine Führungsqualitäten auf dem neu entdeckten Holodeck.

Als Dal auf seine frühere Ziehmutter trifft überredet sie ihn, das Föderationsschiff für den eigenen Vorteil zu nutzen. So muss die Crew schmerzhaft begreifen, dass die Sternenflotte nicht ohne Grund an strenge Richtlinien gebunden ist.

Nachdem eine Zeit-Anomalie die Protostar beschädigt hat, liegt es an der Hologramm-Mentorin Janeway, die zersprengte Crew wieder zu synchronisieren und die Protostar vor der Zerstörung zu bewahren.

Der Diviner stellt der Crew der Protostar ein Ultimatum: Bringen sie das Schiff nicht nach Tars Lamora zurück, werden alle Gefangenen dort sterben. Trotz der aussichtslosen Situation begraben sie ihren Traum von der Sternenflotte.

Als ihr Plan schiefläuft, muss die Crew improvisieren. Währenddessen sieht sich Gwyn mit einer verhängnisvollen Wahrheit konfrontiert, die ihre gemeinsame Mission, die Protostar an die Sternenflotte zurückzubringen, von jetzt an in Frage stellt.

Am Rand des Föderations-Raumes versucht die Mannschaft, auf Deep Space 13 Asyl zu bekommen. Dabei enthüllt ihr Raumschiff allerdings seinen - schockierenden - wahren Zweck.

Als die Mannschaft einen schlafenden Borg-Würfel entdeckt, riskiert Zero alles, um ihr Schiff zu retten.

Die Mannschaft antwortet auf einen Notruf - und findet eine Kolonie, die in der Vergangenheit der Sternenflotte gefangen ist.

Als die Crew versucht, den Transport zur Föderation zu sichern, kreuzt sie unabsichtlich ihren Weg mit dem Vizeadmiral, der sie jagt.

Die Crew ist in der Neutralen Zone gefangen. Dort trifft sie auf eine Genetiker-Wissenschaftlerin, die Dal etwas über seine Herkunft verrät.

Ein Admiral der Sternenflotte schnüffelt in der Vergangenheit der Protostar-Crew herum. Derweil erinnert sich der Diviner an seine Lebensmission.

Als die Crew durch eine mysteriöse Fehlfunktion im Holodeck gefangen gehalten wird, ist sie sich unsicher, was Schein und was Trug ist.

Verzweifelt darüber, die Föderation nicht warnen zu können, geht ein gewagtes Experiment schief, bei dem Dal seine Gedanken mit Vizeadmiralin Janeway der Sternenflotte austauschen will.

Während die Crew von der Flotte der Föderation umzingelt wird, versucht diese verzweifelt, ihr Schiff daran zu hindern, dass die Sternenflotte sich komplett selbst zerstört.

Als das Überleben der Föderation am Seidenen Faden hängt, muss die Crew ein ultimatives Opfer bringen, um die Zukunft der Sternenflotte zu sichern.