L'histoire se déroule dans une version fictive de l'ère Edo au Japon. Une jeune fille, Fuu, recherche le samouraï qui sent le tournesol et se fait accompagner par deux individus originaux, Mugen l'extravagant, ancien pirate devenu vagabond, et Jin le samouraï (rōnin) impassible, à la suite d'un pari qu'elle a « gagné » contre ces deux derniers qui allaient s'entre-tuer.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen el vagabundo, Jin el samurái errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate, Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu les ayuda a escapar a cambio de que le ayuden a ella a encontrar al "samurái que huele como los girasoles". A pesar de acceder al trato, Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, en una rivalidad casi profesional. Ambos samuráis tienen un pasado borroso. Así, la historia narra sus viajes entre veredas y pasajes oscuros, y cómo arreglan los líos en los que se meten.