찻집에서 아르바이트하던 후우는 무겐 진의 두 사람을 만난다. 무겐과 진은 찻집에서 난동을 부리다가 대관에 붙잡혀 처형되려 하고 있었다. 후우는 둘을 도와주는 대신 어떤 약속을 둘에게 시키게 되고 그 약속이란것은 해바라기향이 나는 사무라이를 찾으러 후우와 함께 여행을 떠난다는 것이었다.

무겐에게 한쪽 팔을 베인 류지로는 복수심에 불타 두 사람에게 자객을 보낸다. 후우는 류지로에게 노출되고, 무겐진은 각각 류지로가 보낸 자객들과 싸우게 된다.

후우의 잔소리가 심해서 질린 무겐과 진은 후우를 버려두고 도망 간다. 도망 친 마을을 관리하고 있는 두 야쿠에게, 무겐과 진은 각각의 경호원으로 고용되게 되었다. 한편, 뒤늦게 같은 마을에 후우도 도착한다.

각자 다른 입장에서 재회하는 무겐·진·후우. 진을 고용한 야쿠자의 아들 소스케의 잘못으로 두 야쿠자들의 항쟁도 격화되고 이를 수습하기 위해 도박으로 승부를 보기로 한다. 하지만 거기에 나타난 주사위잡이는 후우였다.

나룻배의 배삯을 내지 못해 갈팡질팡하는 세 사람. 배삯을 벌기 위해 각자 마을로 흩어진다. 후우는 풍속화의 모델이 되달라고 하는 예술가 청년에 의해 모델이 되기로 하지만 그 모델 일은 함정이었다.

드디어 에도에 도착한 무겐들. 조속히 "해바라기 사무라이" 탐문 조사를 하려고 생각했는데, 웬일인지 많이먹기 대회에 출장하고 있었다. 거기서 만나게 된 이상한 일본인? 조지와 함께 에도관광을 시작해 버리는 세 명. 그러나 그 4명의 뒤를 수수께끼의 사람들이 쫓아오고 있었다.

오랫만에 포식을 하려고 한 무겐들, 그러나 한순간의 틈을 타서 소매치기범인 신스케에게 소중한 지갑을 소매치기 당하고 만다. 온 동네를 뒤지며 신스케를 찾는 무겐들. 하지만 무겐들 이외에도 야쿠자들이 신스케를 찾고 있었다. 거리에서 만나는 신스케·후우·야쿠자들, 순간적으로 신스케는 후우를 인질로 잡고 기름 도매상 안으로 도망치지만...

암표상으로부터 가짜 통행증을 샀다가 하코네의 관문에서 잡혀 버리는 무겐들. 이대로 끝나는 건가? 하고 생각하던 차에, 관문의 책임자인 기누마사가 산을 넘어 죄인의 목을 보내 일몰까지 이 관에 돌아오면 목숨을 구해주겠다고 한다. 인질로 남겨지는 진과 후우. 무겐은 죄인의 목을 들고 달려가는데...

어느 마을에서 사무라이만 노린 노상강도 사건이 빈번했다. 그 사건의 사체에는 외상은 없고, 온 몸에서 피를 내뿜어 죽어 있었다. 우연히 그 마을의 절에서 아르바이트를 하고 있던 후우들은, 사건의 범인을 잡은 사람에게 상금이 나오는 말을 듣고, 아르바이트를 제쳐놓고 범인 찾기를 시작한다.

비가 그치지 않아 거리에 꼼짝 못하는 후우들. 숙박비를 벌기 위해, 각각 아르바이트를 하기로 한다. 무겐은 도박장의 경호원. 후우는 찻집 알바. 진은 장어포장마차의 판매원. 장어에 당황하는 진에게 한 여성이, 장어 잡는 법을 가르쳐준다.이름은 시노라 하고, 내일부터 유곽에서 일할 것이라고 한다.

오랜만에 숙소에 묵게 된 3명. 후우가 목욕을 하는 동안 진과 무겐 두 사람은 후우가 써놓은 일기를 발견하고 멋대로 훔쳐본다. 그 일기에는, 그동안에 있었던 일 등이, 적나라하게 쓰여져 있었다.

산기슭의 길을 헤매며 어슬렁어슬렁 걷던 무겐들. 갑자기 길이 열리더니 마침내 바다까지 나가버린다. 거기서 무겐은 옛 소꿉친구인 소녀 코자와 우연히 재회한다. 기뻐하는 코자에 비해 무겐의 표정은 심상치 않다. 거기에 나타나는 한 남자. 그 자는 무겐의 옛 동료, 무쿠로였다.

무쿠로에 의해, 조세운반선의 돈을 빼앗는 계획에 참가하는 무겐. 후우와 코자가 걱정하는 가운데, 마침내 계획이 움직이기 시작해 폭풍의 바다에 배를 젓기 시작하는 무겐. 계획은 순조롭게만 진행되어만 가는 것 같았다. 하지만, 그와 동시에 어떤 음모가 움직이기 시작했다는것은, 단 1명 이외, 아무도 알 수 없었다.

산 깊은 숲속, 쫓기고 있는 한 남자. 쫓고 있는 것은 옷자락에 몸을 감싼, 그림자 군단. 쫓기고 있던 남자는, 도망치면서 가슴팍에서 주머니를 꺼내, 근처의 연못에 힘껏 던진다. 다음 날 그 연못에서 낚시를 하고 있는 무겐 일행은 거기서 진이 하나의 기묘한 포대를 발견한다. 그것은 어제 남자가 던진 주머니였다.

사소한 말다툼으로 인해 세 사람은 각자 다른 길을 가게 된다. 그 때 느닷없이 무겐을 노리고 날라온 화살. "누구냐!" 순간적으로 피해 화살을 쏜 인물을 뒤쫓는 무겐. 그리고 같은 시각 진은 무주심검도장에서 온 자객 유키마루를 상대로 싸우고 있었다. 격렬하게 전개하는 칼과 칼의 공방. 그 무렵 후우는 발이 미끄러져 강에 떨어지고...

착각에 의해 한 무리들에게 습격당하는 무겐. 남자들은 오쿠루라는 남자를 찾고 있었다. 달빛의 밤, 오쿠루가 연주하는 악기의 음색이 산에 울린다. 그 음색에 이끌리듯이 찾아오는 무겐. 보름달 아래 둘만의 싸움이 시작되려 하고 있었다.

건물이나 벽에 낙서 "태깅"가 빈발하는, 미하라까지 온 무겐들. 가게에서 무겐은 글자를 읽을 수 없는 사실이 판명되어, 서당에서 글씨 공부를 하기로 한다. 그 무렵 진은 신세를 진 사람의 쓸쓸해진 도장을 찾아가나 그 곳에서 검수행을 멈추고 태깅에 열중하는 두 바보 아들을 보게 된다.

혼자서, 무겐과 진의 귀가를 오두막에서 기다리는 후우. 그곳으로 달려오는 여자 유리. 그녀는 기독교 신자로 쫓기고 있다고 한다. 유리를 숨겨주는 후우였지만, 추격자에게 발견되어 끌려가고 만다.

어느날 비를 피해서 들른 선술집에서 장님인 가수 사라와 알게 되는 후우들. 의기투합한 사라와 후우들은 도중까지 함께 여행을 가기로 한다. 오랜만의 미인에 들뜬 무겐, 네 명의 여행은 즐겁고 순조롭게 진행되어 간다. 하지만 네 명의 여행 마지막 밤, 후우는 사라의 생각지도 못한 말을 듣고 놀란다.

사라가 말해준 것, 그것은 무겐이나 진 중 한분이 여행을 따라와 달라는 것이었다. 고민하는 후우였지만, 어느 아침, 진에게 "사라와 함께 여행을 해 주었으면 한다"라고 말해 버린다. 사라와 함께 여행을 떠나는 진. 두 사람을 배웅하는 무겐과 후우. 그러나 이것이 슬픈 속죄의 싸움의 시작이 될 줄은 이때 두 사람은 아직 알지 못했다.

산길을 걷던 후우들. 얼핏 보면 나무뿌리에 송이버섯 같은 버섯이 자라고 있다. 쏜살같이 달려가 먹는 무겐과 진. 후우가 둘을 다그치고 있을 때, 갑자기 길이 무너지고 세 사람은 떨어져 버린다. 전락한 곳은 거대한 발굴 현장에서, 타이라가의 후손 시게를 리더로 사람들이 타이라가의 매장금을 찾아 계속 구덩이를 파고 있는 장소였다.

우연한 일로 야구의 센스를 인정받은 무겐은, 미국 함대팀과 카게마루라는 남자가 인솔하는 야구팀과의 시합에 말려들어, 억지로 카게마루팀의 멤버가 된다. 진과 후우도 멤버에 포함되고 셋에게 야구의 맹훈련이 시작된다. 그리고 마침내 두 나라의 목숨을 건 대항전이 푸른 하늘 아래서 치러지려 하고 있었다.

목적지인 생월도까지의 여정이 얼마 남지 않았고, 무겐·진·후우의 힘들고도 즐거웠던 여행도 종반에 접어들고 있었다.어느 날 밤, 모닥불을 둘러싸고 무겐과 후우, 진은 지금까지 밝히지 않았던 자신의 과거를 이야기한다. 좁혀져 가는 세명의 거리. 그러나 배후에는 에도에서 온 최강의 적과 흉포한 삼형제가 다가오고 있었다.

후우는 무겐과 진을 남기고, 혼자서 이키츠키섬으로 건너간다. 그러나, 거기서 무겐에게 원한을 품은, 삼형제 후지베·우마노스케에게 붙잡히고 만다. 진은 무겐을 생월도로 보내기 위해 최강의 자객 카리야 카게토키를 상대로 홀로 싸우고 있었다. 배를 타고, 섬에 서두르는 무겐이었지만, 거기에 나타난 삼형제 중 한 명에게 습격당하고 만다.

후우를 돕기 위해 칼을 버리고, 삼형제에게 상처입히는 무겐. 카게토키에게 칼끝을 읽혀 공격을 당하는 진. 두 사람에게 이 여행의 가장 큰 위기가 찾아온다. 무겐과 진은 어떻게 이 위기를 벗어날 수 있을까? 해바라기 사무라이를 후우는 만날 수 있을까? 그리고 무겐과 진의 승부는?