无职浪人无幻在小茶馆中以20个馒头的代价救了被地方官儿子欺辱的茶馆女侍风，同是无职浪人的仁为地方官欺压的百姓打抱不平,杀死了地方官身边的"高手 "，后来两人因乱斗被捕，也因为这场误会结识。在风的帮助下他们从刑场逃了出来，风更要求他们当自己的保镖，一同去寻找"带有向日葵味道的武士"！

在第一集中被无幻砍断手臂的代官走狗雇了武艺高强的武士、力大无穷的怪人鬼若丸以及美艳女子在路上伏击无幻一行，结果鬼若丸被风的善良感化，在关键时刻帮助了因为贪恋美色中毒，差点被独臂人干掉的无幻，还故意露出破绽，让无幻终结了自己孤独的一生。

无幻和仁因为受不了风的唠唠叨叨，撇下风跑了！三人分开后不久又不约而同来到同一个市镇，并在互不知情的情况下一起卷入了当地两大势力瓦帮和永富组的恩怨中，无幻和仁因为分别结识了瓦帮少主宗介和永富组当家并在因缘际会下成为他们的保镖而站在了敌对的立场上。

为了因为父亲欠债而被抓去当妓女的铃，宗介袭击了永福组组员。为解决这件纠纷，瓦帮老大，也就是宗介的父亲赔上了自己的性命，虽然被永福组嘲笑为"不合时宜的壮烈"，但父亲的信念从此根植宗介心中，他决心要成为像父亲那样的有良知的黑道中人。风、仁和无幻经过一番折腾终于又一起上路了。

为了赚到渡河的船费，无幻四处打劫流氓，仁和在路边遇到的下将棋的老伯拉开赌局，而风则自愿成为了浮世绘的模特，并被卷入了以绘画浮世绘为名，贩卖人口为实的案件中。最后以风逃离魔爪，仁赚到赌金了结。

几经周折三人终于来到了江户，为填饱肚子，无幻和仁以自己的佩刀为抵押参加了大食比赛，结果三人都败下阵来。为了将刀弄回来，三人不得不答应冠军得主，一个 "南蛮人"的要求，当他在江户的导游。南蛮人表示，因为自己是同性恋，所以把将男色与武士道精神联系起来的日本当作了天堂。分别之际他告诉风，到长崎一定能找到"向日葵武士"。于是三人向着长崎出发了。

风他们好不容易从赌场上赢了饭钱，没想到却被小偷给偷了！怒不可遏的无幻和仁四处寻找扒手的下落，却被他们发现原来扒手新辅之所以行窃，也是为了替卧病在床的母亲买药。风很同情新辅，在新辅被围捕时帮助他脱离险境，无奈最后，新辅还是死在了官兵手中的剑下。

在小镇上风遇到了追求者，一个名叫永光的男人。此人虽然没什么真才实学，却把打倒"天下第一的仁"作为人生目标。原来仁原是无住心剑道场的弟子，却因为杀死了师傅被逐出师门。虽然不知道原因，但风相信仁不是坏人。

就要离开江户了，但在通过箱根关所时，三人却因为误买了黄牛的假手印被捕。而后，作为交换条件，无幻要在日落之前将箱根关所犯人的首级送到官衙，否则风和仁就会被处死。去官衙的路上会经过天狗的森林，据说从来没有人能从那里全身而退。无幻进入森林后才发现所谓的天狗原来是僧兵。他没能打败僧兵及时赶回关所，但恰巧当晚发动了为期一夜的“所有人、所有动物相亲相爱”的“革命”，托革命的福，三人终于通过了箱根关所……

三人为生计再次滞留在某镇寺院中做苦力，恰巧镇上出现了连续杀人犯，无幻和仁追查之下才知道此人名叫升龙，原来是寺院住持的弟子，偶然修得气功成为武术强人，但却迷失在武术的强大中，错将杀人当成习武的唯一目的，因此走上邪道，为世间不容。无幻很高兴遇到了强劲的对手，在满月之夜，两人开打，无幻胜。升龙亦用生命实践了他的信念。

在不断为生计打工的路途中，仁遇上了一个气质沉稳的女人紫乃并深深为其吸引，但紫乃因为丈夫滥赌欠下巨额赌债被卖到了妓院。仁鼓动紫乃从妓院出逃到缘切寺去摆脱不成材的丈夫，在无幻和风的协助下，紫乃终于搭上了前往缘切寺的船……

为找出风进行这次旅行的真正原因以及"向日葵武士"的真面目，仁和无幻偷看了风的日记，但日记中只记载了三人结伴以来发生的事和风的心情，并没有提及向日葵武士……

三人抄近道来到海边，却意外的遇到了无幻的儿时伙伴小座和她的哥哥骸。三人同在琉球一个用来流放犯人的宛如地狱般的小岛上长大，无幻因为截官船被判死刑却大难不死。而骸和小座则一直靠海盗维生至今。无幻和他们相遇后禁不住骸的挑唆答应和他一起干一笔大生意，没想到骸却和官府勾结陷害无幻要置他于死地。

无幻大难不死，在昏迷中他回想起了灰暗的少年时代和地狱般的童年生活。在没有希望的小岛上，无幻也曾试着去相信骸，但却被出卖，这次又是如此。两次出卖无幻的骸最后死在了仁的刀下，但此次的幕后黑手却是小座！她和官府中的内应勾结，先利用骸除掉无幻，再利用仁除掉骸。只是她没想到，不但没有杀死无幻，还被仁识穿了她的伎俩。对童年伙伴彻底死心的无幻杀死了和小座勾结的内应，放绝对无法一个人生活下去的小座自生自灭。

话说三人到了关西。仁在路上拣到一袋金子，两个男人立即丢下风跑去逛妓院！谁知他们用来享乐的金子就出自妓院地下的私窑，根来的僧兵残党为复僻一直隐藏在此，而被无幻点名的妓女竟是潜伏在此的幕府忍者，无幻被女忍者八叶的"色诱术"引诱"义务"帮助八叶除掉了根来残党。

三人在穿越关西的途中发生口角，最后终于闹到分道扬镳的地步。无幻和风先后与被藩镇追捕的男人雄侉相遇。掉下山崖险些被河水冲走的风更是被雄侉所救，心中对他充满了感激之情。而一直被追兵追捕的无幻这回却被错认成了雄侉……而仁此时，就遇上了为杀死他出人头地到处查访他下落的同门师弟雪丸，两人刀戎相见。

因为雄侉，无幻和风再次相遇了。无幻执意要和雄侉分个胜负，但和藩镇有着灭门只恨的雄侉完全没有和无幻认真的心思，在他的村子和家人被藩镇带来的传染病全灭的那天，他的心就死了，如今行动着的，不过是为了向藩镇复仇的丑陋灵魂。在被追兵逼到尽头的时刻，他掩护无幻全身而退，自己在熊熊烈火中陨身。另一方面，仁面对执意要杀死自己的雪丸，不得不出手了断了对方的生命。三人历经这番磨难，最后终于又走到了一起，继续向长崎前进。

三人经过的城中出现了涂鸦小子，专门在夜晚出没，在城内的建筑物上到处创造"艺术"和"时尚"，这回无幻必须用涂鸦和对方决一胜负。涂鸦小子原来是道场的继承人，但因为无心武学又醉心艺术，最后成了夜行涂鸦人，在涂鸦中寻找属于自己的乐趣。不识字的无幻在高楼上潇洒的乱涂战胜了涂鸦小子……

暂居路边草屋的风救了一个名叫百合，被流氓追捕的女孩，从百合口中得到了关于向日葵武士确实曾在长崎出没的线索。百合所在的村子受基督教影响人人信教，却因此被排外的幕府围剿几乎全村覆没，人们也对将基督教带到村子里的"向日葵武士"充满了愤恨之心。但在关西，基督教仍在暗地里流传，冒名教士的人企图利用教徒的虔诚心敛财，被风三人揭穿，最后死在自己搭建的十字架下。

旅途中三人邂逅了盲眼艺人沙罗，在帮助沙罗摆脱了流氓的纠缠后，他们之间的关系日渐亲密起来。但沙罗事实上是幕府派来的刺客，身手不凡的她为了已成为幕府人质的儿子，不得不向仁一行下杀手。因为仁他们寻找向日葵武士的行动已经引起了幕府的注意，担心他们与外国勾结的幕府开始行动了。

仁不敌沙罗，被砍成重伤随河漂流而下，被一位老人所救，其后与沙罗对战的无幻也不是沙罗的对手。从老人那里学到了武学精要的仁重新站到了沙罗面前，但仍然无法取胜，关键时刻，沙罗故意露出破绽死在了无幻剑下。原来她心里明白，自己的儿子恐怕早已不在人世，自己也不愿为无形的过去束缚做幕府的工具，既然如此，不如死在虽是萍水相逢却交浅缘深的无幻和仁手中。

风他们在路上遇到了一个怪人，怪人自称重，是流着平家血的人，为了挖掘宝藏一直隐居深山，他鼓动无幻三人留下来为他挖掘宝藏，允诺事成之后必有重赏，三人为财欣然应允。谁知在无日无夜的工作中他们发现身边的人全是早就应该被历史掩埋了的亡灵。发现真相的三人拼死逃了出来。

就要到长崎了，无幻又惹出了事端。他的怪力被村中的人相中，邀请他加入棒球队，以此来补偿他在饭店放肆造成的损失。原来此地被外国军舰侵犯，村民与外国将领谈判，要以棒球决出胜负，如果村民胜利，则军舰要驶出领海，反之村子就归外国人所有。无幻加入比赛后充分发挥了他打不死的怪力，最终帮助村子赢得了胜利。

为不连累仁和无幻，风独自乘船出发，和景时遭遇的仁在对峙中落败，被景时斩伤落海，无幻也在前往援助风的途中遭到袭击，所幸他武艺高强，将对手杀死。来到目的地的风没见着清藏，反而被向无幻报仇的三人之一给抓了起来。无幻及时赶到将风救下，自己却被砍得遍体鳞伤。

风终于见到了"向日葵武士"，也就是自己的父亲霞清藏。此时景时也一路追踪来到了小岛上，在向风说出了"我一直挂念着你们"之后，清藏死在了景时的刀下。拼死逃跑的风和无幻以及大难不死凭一股韧劲赶到的仁汇合了。仁以命相博击败了景时。最后，在小岛上，完成了旅途的三人微笑着走向了各自的方向。也许，在某处，他们又会相遇。