シブヤのスクランブル交差点で目を覚ました主人公・ネク。

そこは、シブヤと重なりあう異なる次元、UG（アンダーグラウンド）だった。

突如スマートフォンに届いたミッションメール。

「104にたどりつけ。できなかったら消滅」

訳がわからず困惑するネクに、謎の敵・ノイズが襲いかかる。

7日間の死神ゲームの参加者としてパートナー契約をしたネクとシキは、

ミッションクリアのために向かったスペイン坂で、シキにそっくりな女子高生を目撃する。

彼女を見た瞬間、取り乱したシキは、その後も、憔悴した様子を見せる。

その理由を聞いたネクは、ゲームの参加者たちに共通する衝撃の真実を知ることになる。

ネクたちと同様、ゲームの参加者であるビイトとライムに会ったネクとシキは、

互いに協力してミッションをクリアしよう、と話し合う。

そんな4人に、「タワーレコードにたどりつけ」という、簡単なミッションメールが届く。

しかし、クリア直前の4人に、ヤシロとカリヤが放ったノイズが襲いかかり……。

2回目の死神ゲームに参加することになったネクは、謎の少年・ヨシュアとパートナー契約をすることになる。

ヨシュアはゲームに詳しく、シキのことも知っていた。

不信を抱いたネクは、正体の怪しいヨシュアに詰め寄るが、その体に触れた瞬間、何故か宇田川町の風景が見えた。参加者同士はスキャンできないはずだが……。

パートナーであるヨシュアに不信感を抱きつつも、7日間の死神ゲームを生き残り、シキを救うために耐えるネク。

ハネコマに改良してもらったスマートフォンの反応を追い、渋谷川を訪れた2人。

そんな2人に、禁断ノイズが襲いかかる。

その様子を観察していたカリヤは、あることに気づく。

死神ゲームの最終日を迎えたネクとヨシュア。

最後のミッションは、ゲームマスター・ミナミモトを倒すこと。

ヨシュアへの不信感をぬぐえないまま、決戦の舞台・マークシティへと向かうネク。

そこに、死神となったビイトが現れ……。

3回目のゲームに参加することになったネク。

今回が最後のゲームとなる。

必ずクリアして、全員を救うと心に誓うネクの元に届いたのは、

「参加者は1名」というミッションメール。

しかし、パートナーがいなければサイキックは使えない。

ノイズに囲まれるネクに、絶体絶命の危機がおとずれる。

ライムを取り返すため、ネクはビイトとともに、ヤシロ、カリヤと戦うことに。

そして、シブヤに起こりはじめる異変。

行き交う人々が皆、CATのデザインしたレッドスカルバッジをつけており、思考がスキャンできない。

そのデザインは、コンポーザーが作ったという参加者バッジとよく似ていた。

コンポーザーがCATである訳がない、そう信じたいネクだったが……。

死神ゲームの終わりまで、後3日。あせるビイトを、なだめるネク。

手持ちのキーバッジで行ける所をしらみつぶしに探そうとするが、ネクの体を通行人がすり抜けていった瞬間、謎の言葉が聞こえてくる。

「すなわちそこはすばらしきせかい」

渋谷川。そこはヨシュアが来たがっていた場所であり、

その先には、コンポーザーがいるという。覚悟を決めるネクとビイト。

先に進もうとする2人の行く手にいたのは、意外な人物だった。

そして、その人物の呼びかけに応じるように姿を現したのは……。

「ハネコマさん、いるんだろう！」

審判の部屋で叫ぶネクの前に、ついに姿を現す最後の敵・コンポーザー。

運命のカウントダウンがはじまる。