성왕력 767년 12월 5일. 오르텐시아 왕국에 대해 카멜리아 공국이 돌연 반란을 일으켰다. 반란으로부터 3년 후, 알프레드 영주는 종자인 마리우스와 전 왕국 기사 모리스와 함께 엘프 고원에서의 전투에 참전하지만, 카멜리아의 숙적 루기스의 오른팔인 로이를 상대로 고전을 면치 못한다. 첫 출전에서 자신의 부족함을 통감한 알프레드는 아버지인 페르난도와 가족들의 무덤 앞에서 마음을 굳게 다지는데.

어느 날, 알베르가를 섬기는 논노리아는 마을 아이인 코니를 구하기 위해 쿠와 함께 숲으로 들어갔다가 트론 동굴 속에서 길을 잃고 만다. 마물 퇴치에 힘쓰고 있던 알프레드 일행의 도움으로 목숨을 건지게 되지만, 그들의 앞에 나타난 것은 늑대인간의 모습을 한 마물이었다. 마고니아의 전설에 따르면, 그 마물은 찾아온 사람의 마음을 읽고, 그 사람이 '가장 싫어하는 것'의 모습으로 변한다고 하는데. 마리우스, 알프레드 그리고 각자의 마음속에서 되살아나는 기억은 과연.

오르텐시아 정교회 기사단 총장인 게오르크의 의뢰를 받아 페탈 마을 조사에 나서게 된 알프레드 일행은, 걸어 다니는 시체 마물 '언데드' 무리와 싸우고 있는 남성 데플로트와 만난다. 이 마을 출신인 그와 서로의 목적을 위해 손을 잡은 일행은 거대한 언데드와 싸우게 되고, 마고니아 전설에서 죽은 자를 흙으로 돌려보낸다고 전해지는 '레퀴엠꽃'을 찾아낸다. 가족과 동료들을 애도하기 위해 마을로 돌아온 데플로트의 마음을 깊이 울리는 아버지의 마지막 소원은.

데플로트가 합류하게 된 알프레드 일행은 페탈 마을에서의 일을 게오르크에게 보고하기 위해 왕도로 향한다. 왕도로 향하던 중, 마물에게 습격 받은 상인들의 짐마차에서 다이라 제국 백성인 쌍둥이를 만나 보호하게 된다. 왕도에 도착해 게오르크와 만난 알프레드와 모리스는 갑자기 출현한 마물들이 대성당을 습격하는 상황에 휘말린다. 교황 발데브론이 있는 곳으로 향하자 그들은 한층 더 혼란스러운 상황과 마주하는데.

왕도 습격으로부터 한 달 후, 알프레드 일행은 게오르크로부터 받은 편지를 전하기 위해 오르텐시아 왕국을 섬기는 2대 공국 중 하나였던 올리비에로 떠난다. 알프레드 일행은 현재는 사망한 레온 대공의 딸이자 올리비에령을 다스리는 아델하이트와 무사히 만나 편지를 전달하는 데 성공한다. 그런 가운데, 올리비에에 나타난 교회기사단이 '마녀사냥'을 시작했다. 거기에 더해 카멜리아군이 올리비에 침공을 개시. 아델하이트와 대치하자, 적장 로이는 여러 의미를 담고 있는 듯한 말을 남기며 부대를 철수시킨다. 이 충돌이 의미하는 것은 과연 무엇인가.

마고니아 전설 중 '왕녀와 거인'의 배경으로 전해지는 쥐앵섬에 알프레드 일행이 찾아왔다. 이 섬에 나타났다고 하는, 실종된 마리엘 왕녀를 자칭하는 소녀와 그곳에 집결한 의용군의 진상을 확인하기 위해서였다. 의용군의 리더 짐과 그의 소꿉친구이자 왕녀를 연기하는 마리. 그녀와 자신의 모습을 겹쳐본 마리우스는 마음이 흔들렸다. 알프레드 일행의 설득으로 마리는 진실을 밝히기로 약속하지만, 그곳에 갑자기 다이라의 쌍둥이와 마물이 나타났다. 위험에 처한 마리우스를 지킨 건 과연... 진실과 거짓이 교차하는 가운데, 마리우스는 무언가 결단을 내리는데.

약초 산지인 코콘 마을이 폐촌이 되었다는 소문의 진상을 확인하기 위해 알프레드 일행은 마을로 향했다. 이 마을은 2년 전부터 무언가를 꾸미고 있는 교회 기사단에게 점거된 상태라는 걸 알게 된 알프레드 일행은, 전 사제 아델의 협력을 얻어 지하수로를 통해 노르 병원으로 잠입힌다. 진실을 알아낸 그들을 궁지에 몰아넣은 것은.

코콘 숲에서의 소동으로 마녀로 의심받아 붙잡힌 마리우스와 함께 페르투르 감옥에 투옥된 알프레드와 데플로트. 그 둘은 모리스와 쿠의 도움으로 감옥을 탈출해서, 그들을 잡으려 하는 왕국기사 루컨을 따돌리고 이제 곧 처형되려 하는 마리우스를 구출하러 갔다. 흑기사 디디에 앞에서 절체절명의 위기에 처할 뻔도 하지만, 그곳에 모인 동료들과 함께 싸운다. 오르텐시아 왕국의 미래를 비출 불씨인 왕녀의 탈환을 위해서.

왕녀가 건재하단 소식이 순식간에 오르텐시아 왕국 전역에 퍼져나갔다. 그렇게 해서 역사의 전환점을 가져다줄 전쟁이 시작되려 하고 있었다. 마리엘 일행이 올리비에를 거점으로 순조롭게 거병 준비를 진행하고 있는 가운데, 어느 날 마리엘은 아델하이트의 안내에 따라 올리비에 안 어느 깊은 산속에 은거하고 있는 소녀 라크루아와 만나게 되었다. 라크루아는 마리엘 왕녀의 힘을 확인하고, 자신의 역할과 성유물, 그리고 마고니아의 힘에 대한 이야기를 꺼냈다. 그녀의 정체는 무려 교회가 쫓고 있던 마녀였는데.

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