Rebecca Bluegarden besucht das nahezu verlassene Königreich Granbell. Dort begegnet sie dem einzigen menschlichen Bewohner Shiki, der ihr Freund werden möchte.

Auf ihrem Weg nach Blue Garden ermutigt Rebecca Shiki dazu, sich als Abenteurer zu registrieren. Außerdem bittet sie ihn, sie und Happy als Leibwächter zu beschützen.

Shiki verliert die Fassung, als die berühmte B-Cuberin Labilia sich über Rebeccas schwächeren B-Cube-Kanal lustig macht. Dann bekommt er seine offizielle Abenteurerkarte.

Auf dem Planeten Norma, der 50 Jahre in der Vergangenheit steckt, begegnen Happy und Rebecca dem jungen Professor Weisz, der Happy vor langer Zeit das Leben gerettet hat.

Shiki und Freunde brechen in Sibirs Versteck ein, um Pino zurückzubekommen, aber Weisz nutzt das Chaos, um sich Pino selbst zu schnappen.

Während Shiki und das Team Probleme haben, auf Aqua Wing Norma hinter sich zu lassen, taucht plötzlich Weisz auf und bietet seine Hilfe an. Er fordert dafür aber etwas.

An Bord des Piratenschiffs Skull Fairy macht sich Shiki auf den Weg zur Brücke, um mit Elsie Crimson um das Schiff zu kämpfen.

Witch informiert Shiki, dass er jetzt der neue Herr von Edens Zero ist. Sie erklärt auch, dass das Schiff noch nicht zu vollen Kräften zurückgekehrt ist.

Während Shiki und die anderen zu Rebeccas Rettung eilen, kehrt Weisz mit einer Frau namens Homura auf die Edens Zero zurück.

Homura verteidigt sich mit ihren Soul-Blade-Kräften gegen die Männer von Sister Ivry. Rebecca plant indes die Flucht aus dem Illega-Turm.

Während sich der Zeitschlund dem Planeten Guilst nähert, muss Shiki schockiert mitansehen, wie Sister Ivry Jinn als Schild benutzt. Dann taucht eine weitere Sister auf.

Witch und Sister Ivry sehen sich endlich wieder und Homura enthüllt die wahren Gründe, aus denen sie an Bord der Edens Zero gekommen ist.

Der Anblick Hermits auf dem Iron Hill lässt die Gruppe vermuten, dass sie als Folge ihres gebrochenen Herzens in einen ungewöhnlichen Schlafmodus gerutscht ist.

Auf der Suche nach Hermit betritt die Crew den virtuellen Planeten Digitalis. Doch als sie sie endlich finden, weigert sie sich stur, auf die Edens Zero zurückzukehren.

Homura verkündet, dass sie Drakken Joe beitreten werde. Shiki und die Crew sind schockiert, als plötzlich ein weiterer Homura auftaucht.

Spider hackt sich in das System der Edens Zero, um das Schiff von innen zu zerstören. Die einzige Person, die ihn jetzt noch aufhalten kann, ist Hermit.

Auf der Suche nach dem vierten Mitglied der Vier Funkelnden Sterne des Dämonenkönigs macht sich Shiki mit der Crew auf zum Planeten der Zeit – Mildian.

Im Kolosseum lässt Xiaomei Shiki und Co. wissen, dass sie ihnen die gewünschten Informationen nur dann geben wird, wenn sie ihre Gegner ausschalten.

Nachdem sie von Xiaomei die Informationen bekommt, die sie brauchte, nimmt die Besatzung der Edens Zero Kurs auf Sun Jewel, um Homura mit ihrer Meisterin zu vereinen.

Shiki und Homura finden sich in einem Arbeitsviertel wieder, wo sie für eine Gestalt namens Madame Kurenai wertvolle Steine sammeln müssen.

Nino führt Rebecca, Pino und Happy in das Arbeitsviertel, wo sie auf einen Mann namens Paul treffen, der behauptet, Valkyries Anhänger zu sein.

Valkyrie nahm einst Homura auf dem vom Krieg zerrütteten Planeten unter ihre Fittiche und zog sie wie ihr eigenes Kind auf.

Shiki und die anderen stellen Madame Kurenai zur Rede. Homura ist von Trauer überwältigt, als sie Valkyrie sieht. Drakken Joe hackt sich indes in das Oculus Kurenai ein.

Dank Weisz’ Arsenal ist Baku schnell überwältigt. Während Shiki gegen Knight Gear kämpft, der von Madame Kurenai gesteuert wird, nimmt es Rebecca mit Nino auf.

Nachdem der Kampf zwischen Kurenai Dragoon und Shiki beendet ist, kehren Shiki und die anderen mit schlechten Neuigkeiten zur Edens Zero zurück.

Shiki und seine Crew, die von einem mysteriösen Riesenschiff verfolgt werden, beschließen, die Sache selbst in die Hand zu nehmen und es zu entern... Im Inneren entdecken sie einen ganzen Sektor des Planeten Guilst, der der Chronophage entkommen ist und dessen Herrscher ein gewisser Drakken Joe ist...

Shiki und seine Crew, die nun der Verfolgung durch die Menge ausgesetzt sind, müssen einen Weg finden, unbemerkt zu bleiben... Doch sie haben die Rechnung ohne die Element 4, Drakken Joes Spezialeinheit, gemacht. Der Rest der Crew an Bord der Edens Zero muss sich mit drei Eindringlingen auseinandersetzen... Und es ist Witch, der "Schild der Edens", die sich ihnen entgegenstellt.

Der Kampf zwischen Laguna, dem Wasserelement der Element 4, Drakken Joes Spezialeinheit, und Weisz, der ihn geschickt ausgetrickst hat, geht weiter. Doch bald greift auch ein anderes Mitglied der besagten Einheit ein... Eine Tragödie zwingt Rebecca, die sich immer noch an Bord der Edens Zero befindet, nach Belial Gore zu reisen, doch auch hier stellt sich ihr ein anderes Mitglied der Element 4 in den Weg...

Shiki, Pino und Homura versuchen, Rebecca zu finden, zu der sie den Kontakt verloren haben ... und stoßen dabei auf Sylphe, das Windelement der Element 4. Es ist wieder ein Kampf, der auf sie wartet. Rebecca lernt unterdessen den Meister von Belial Gore, Drakken Joe, kennen, der sie gefangen hält. Was sind seine wahren Absichten?

Während Shiki gegen Jinn kämpft, versucht Homura, vor Sylphe zu fliehen. Rebecca wird von Daichi, dem letzten der Element 4, gefoltert, doch erst Drakken Joe bringt das Abenteuer der Crew der Edens Zero auf tragische Weise durcheinander...

Das Abenteuer von Shiki und seinen Gefährten hat sich zu einer Tragödie entwickelt, da der junge Mann von Drakken Joe hingerichtet wurde. Die gesamte Besatzung der Edens Zero befindet sich nun in Gefangenschaft. In dieser ausweglosen Situation zieht sich Rebecca buchstäblich in sich selbst zurück. Doch die große Traurigkeit, die sie übermannt hat, setzt eine Macht frei, die sich jeder Vorstellungskraft entzieht...

Ein neuer Angriffsversuch auf Drakken Joe wird dank Rebeccas Cat gestartet. Shiki und ihre Gefährten müssen erneut gegen die Element 4 antreten, aber dieses Mal werden die Karten neu gemischt. Rebecca trifft auch wieder auf einen Charakter, der ihr das Prinzip ihrer besonderen Fähigkeit und die damit verbundenen Konsequenzen erklärt.

Während die Vier Leuchtenden Sterne gegen die Element 4 kämpfen, versuchen Shiki und seine Gefährten, Labilia zu finden, die von Drakken Joe gefangen gehalten wird. Dabei treffen sie auf Sibir, der ihnen mehr über die Identität von Drakken Joe erzählt...

Shiki und seine Gefährten haben es geschafft, Labilia zu finden, aber sie ist nicht genau das, was sie vorgibt zu sein. Nun ist es an der Zeit, sich Drakken Joe zu stellen, doch nach Sibirs Enthüllungen über seine Identität wartet Weisz nicht auf seine Kameraden, um sich auf den Weg zu machen und ihn zu töten...

Während ein wütender Weisz und Shiki gegen Drakken Joe kämpfen, machen ihre Gefährten dessen lebenserhaltende Maschine ausfindig und versuchen, den Fluss der Lebensenergie umzukehren, der sie antreibt - die einzige Möglichkeit, eine Chance auf den Sieg zu haben.

Für die Crew der Edens Zero wird ein neues Kapitel aufgeschlagen, denn nun können sie sich wieder auf die Suche nach Mother im äußeren Kosmos machen. Doch zuvor möchte Shiki noch einmal nach Granbell zurückkehren, um ihren Großvater zu besuchen...

Shiki ist verblüfft, als er erfährt, dass sein Großvater noch am Leben ist, aber noch verblüffender ist er, als er dessen dunkle Machenschaften aufdeckt. Nun entbrennt ein intensiver Kampf zwischen den beiden Seiten...

Dank Elsies Eingreifen können Shiki und seine Gefährten entkommen. Nun ist es an der Zeit, den Sakura Cosmos zu verlassen und in den äußeren Kosmos zu wechseln, um Mother zu suchen! Doch dazu müssen sie erst einmal neue Hindernisse überwinden...

Shiki und Seinem Crew landen auf Red Cave, dem „Feuerplaneten“, wo sie seltsamerweise nur Wasser finden... Erst der Absturz eines Raumschiffs bringt ihren Tag durcheinander.

Auf dem Planeten Red Cave entdecken Shiki und ihre Freunde einen Unterwassertempel und seine Wächterin Nadia, die ihnen bestätigt, dass es tatsächlich einen Hinweis auf Mother gibt. Um diesen Hinweis zu erhalten, müssen sie jedoch eine Prüfung bestehen...

Die Suche nach den Reliquien von Mother führt die Crew der Edens Zero auf den Planeten Foresta. Dort angekommen, müssen Shiki und seine Gefährten jedoch feststellen, dass zwischen Maschinen und Menschen keine normale Situation herrscht...

Das Chaos, das auf Foresta herrscht, ist also tatsächlich Ziggys Werk. Shiki und seine Gefährten müssen sich außerdem mit den Männern von Poseidon Nero, dem Kaiser des Aoi Cosmos, auseinandersetzen. Andererseits wird Hermit klar, dass sie und ihre drei Kameraden von den Leuchtenden Sternen ebenfalls Gefahr laufen, aus den Fugen zu geraten. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Shiki und seine Gefährten wurden getrennt und müssen jeweils gegen ein Mitglied von Beast, dem Freikorps von Kaiser Poseidon Nero, antreten.

Während Rebecca lernt, ihre Cat-Leap-Kräfte besser zu beherrschen, begibt sich Hermit in Begleitung von Weisz auf den Server, der den Virus verbreitet und die Maschinen von Foresta infiziert... Dort trifft sie erneut auf einen alten Bekannten...

In Foresta herrscht weiterhin Chaos. Der Konflikt zwischen Justice und Erzy wird teilweise den Schleier über die Natur ihrer Beziehung lüften. Auf dem Server-Satelliten, der das Virus verbreitet, haben Harmit und Wise immer noch zu kämpfen...

Die Krise auf Foresta spitzt sich aufgrund neuer Befehle, die Professor Müller vom Satelliten-Server aus sendet, zu. Außerdem lernt Shiki eine bemerkenswerte Person kennen ... die ihr viel beibringen kann.

Dank des harten Trainings von Xenolith hat die Crew der Edens Zero Fortschritte bei der Beherrschung des Ether Gear gemacht. Die Suche nach den Reliquien muss nun fortgesetzt werden, um den Weg zu Mother zu finden.

Angesichts von Shuras völkermörderischem Plan bietet Laguna der Crew der Edens die Hilfe einer Person an, die auf dem Planeten Sandra lebt. Dort erfahren Shiki und seine Freunde mehr über Lagunas Vergangenheit und seine früheren Bekanntschaften...

Auf dem Planeten Sandra wird der Kampf zwischen den imperialen Streitkräften auf der einen Seite und der Besatzung der Edens Zero und Goodwins Rebellenarmee auf der anderen Seite fortgesetzt. Der Einsatz nimmt eine neue Dimension an, als Zeros Männer beschließen, ein Gerät einzusetzen, das den Planeten wegblasen kann...