Shiki et son équipage, désormais livrés à la vindicte de la foule, doivent trouver un moyen de passer inaperçus… Mais ils sont rapidement la cible des Element 4, les forces spéciales de Drakkhen Joe. Le reste de l'équipage, à bord de l'Edens Zero, doit faire face à trois intrus. Witch, le « bouclier d'Edens », va à leur rencontre afin de les arrêter...

Le combat se poursuit entre Laguna, l’élément de l’eau des Element 4, et Wise, qui s’est habilement joué de lui. Mais bientôt, un autre membre de ladite unité va intervenir à son tour. Un drame va obliger Rebecca, toujours à bord de l’Edens Zero, à se rendre sur Belial Gore, mais là encore, un autre membre des Element 4 va se mettre sur sa route…

Tandis que Shiki affronte Jin, le mercenaire qu'il a rencontré sur Guilst, Homura tente d'échapper à Sylphe, l'élément du vent. De son côté, Rebecca subit les tortures de Daichi, le dernier des Element 4. Mais c'est l'intervention de Drakkhen Joe qui va bouleverser, de façon tragique, toute l'aventure de l'équipage de l'Edens Zero…

Malgré les révélations de Rebecca, Shiki et ses compagnons lancent prennent d'assaut Belial Gore. Pendant que les Quatre Étoiles brillantes affrontent les Element 4, le reste de l'équipage fonce délivrer Laviria Christy, ils font la rencontre de Master Noa, le maître de la guilde de Blue Garden, qui vient de leur révéler une info cruciale sur Drakkhen Joe...

Les combats se poursuivent entre les Element 4 et les Quatre Étoiles brillantes. Ces dernières espérent suivre les traces d'Harmit victorieuse de Faye, l'élément de feu, mais la tâche ne s'annonce pas facile surtout pour Homura, opposer à Sylphe, l'élément du vent ayant remporté facilement leur combat dans le monde n°29...

Sur la planète Red Cave, Shiki et ses amis découvrent un temple sous-marin et sa gardienne, Nadia, qui leur confirme qu'il existe bien un indice qui leur permettra de trouver Mother. Mais pour acquérir cet indice, ils vont devoir surmonter une épreuve... Une épreuve plus difficile qu'il n'y paraît mais c'est sans compter une intervention extérieure...

La quête des reliques de Mother amène l'Edens Zero sur la planète Foresta. Mais arrivés sur place, Shiki et ses compagnons se rendent compte que la situation n'est pas normale entre les machines et les êtres humains… Pendant ce temps, Erzy découvre la raison pour laquelle l'armée gouvernementale parvient à la retrouver aussi facilement.

Le chaos qui règne sur Foresta est donc bien l'œuvre de Ziggy. Shiki et ses compagnons vont en plus devoir affronter les hommes de Poséidon Nero, l’empereur de Cosmos Aoi. D’autre part, Harmit se rend compte que ses trois camarades des Étoiles brillantes et elle risquent à leur tour de se détraquer. Une course contre la montre s’engage.

Shiki et ses compagnons ont été séparés et doivent chacun affronter un membre de Beast, le corps franc de l'empereur Poséidon Nero. Pendant ce temps, l'Edens Zero continue de repousser les assauts des robots tandis qu'Erzy découvre la situation dramatique sur Foresta, situation dont est responsable le Roi-Démon Ziggy...

Tandis que Rebecca apprend à mieux maîtriser son pouvoir du Cat Leap, Harmit, accompagnée de Wise, se rend sur le serveur qui diffuse le virus infectant les machines de Foresta… C'est là qu'elle va de nouveau croiser une vieille connaissance…

Le chaos continue de régner sur Foresta. Le conflit entre Justice et Erzy va en partie lever le voile sur la nature de leur relation. Sur le satellite-serveur qui diffuse le virus, Harmit et Wise sont toujours à la peine, cette peine est autant plus vive qu'Harmit fait face à son ancien bourreau. Au même moment, Shiki fait une rencontre étonnante...

La crise s'intensifie sur Foresta à cause de nouveaux ordres envoyés par le Pr Muller. Shiki rencontre le maître de Ziggy, Xenolith, qui parvient à stopper les conflits entre l'armée gouvernementale et les pirates d'Ezry. Mais les robots continuent de se déchaîner et seuls Harmit et Wise sont en mesure de les arrêter. Vont-ils réussir à les stopper à temps ?

Après leur départ de la planète verte, Shiki et son équipage s’apprêtent à suivre un entraînement avec Xenolith, l’inventeur des techniques de Mécanique démoniaque de gravité. De son côté, l’empereur Poséidon Nero réunit les Oceans 6 afin de décider des mesures à prendre après les événements de Foresta.

Sous la direction de Xenolith, Shiki et ses amis reçoivent un entraînement au bondage embarrassant afin d'améliorer la maîtrise de leur Ether Gear. Au cours de cet entraînement, un certain ennemi apparaît et blesse Rebecca, ce qui énerve Shiki... Pendant ce temps, le Roi-Démon poursuit son voyage dans le Cosmos Aoi.

Face au projet génocidaire de Shura, Laguna propose à l’équipage de l’Edens le concours d’un personnage qui vit sur la planète Sandra. Là-bas, Shiki et ses amis vont en savoir plus sur le passé de Laguna et ses anciennes fréquentations…

Sur la planète Sandra, le combat opposant les forces impériales à l'équipage de l'Edens Zero et l'armée rebelle de Goodwin se poursuit. Les enjeux prennent une autre dimension quand les hommes de Nero décident d'utiliser un dispositif capable de souffler la planète…