Der begabte Waisenjunge Reynie Muldoon nimmt an einem Stipendienwettbewerb für die renommierte Boatwright Academy teil. Während einer Reihe wunderlicher Tests schließt sich Reynie mit zwei anderen einzigartig begabten Waisenkindern zusammen, Sticky Washington und Kate Donnerwetter. Die drei bewältigen die Herausforderungen gemeinsam und lernen auf ihrem Weg ihr viertes Teammitglied kennen, die widerspenstige Constance Contraire. Und schließlich treffen sie auch den geheimnisvollen Mr. Benedict.

Mr. Benedict erklärt Reynie, Sticky, Kate und Constance, was hinter seinem streng geheimen Auftrag steckt: Die Notlage ist außer Kontrolle geraten und die einzige Möglichkeit, sie zu stoppen, ist die Infiltration des mysteriösen L.I.V.E.-Instituts auf Harbor Island. Die Kinder begeben sich als neue Schüler des Instituts auf eine verdeckte Mission und müssen lernen, mit unfreundlichen Mitschülern, bizarren, unsinnigen Unterrichtsfächern und einem erschreckend vertrauten Schulleiter umzugehen.

Die Mitglieder der Geheimen Benedict-Gesellschaft kommen zu einer düsteren Erkenntnis über Dr. Curtains Methoden, Geheimnisse zu bewahren. Sie lernen außerdem die harten Konsequenzen für ihre Mission kennen, wenn sie keine guten Noten bekommen: Sie müssten das Institut verlassen. Mr. Benedict und seine Mitarbeiterinnen untersuchen seine mögliche Verbindung zu Dr. Curtain. Die Kinder beschließen, mehr über das elitäre Botschafter-Programm der Schule zu erfahren.

Die Kinder suchen auf riskante Weise direkt vor Dr. Curtains Nase nach Hinweisen. Mr. Benedict und Milligan gehen in unwegsames Gelände, um selbst Erkundungen anzustellen. Rhonda und Nummer Zwei streiten sich darüber, wie die Notlage am besten zu bekämpfen sei. Sticky wird dabei erwischt, wie er Kate beim Schummeln hilft, und findet mehr über Dr. Curtains heimtückischen Plan heraus. Kate wird wegen ihrer schlechten Noten bestraft, wird aber von Martina Crowe und dem Tetherball-Team gerettet.

Reynie und Sticky kommen als Botschafter zum ersten Mal mit der Maschine in Berührung, die hinter den geheimen Übertragungen steckt: der Flüsterer. Nachdem ihr bisheriger Kommunikationsweg enttarnt wurde, schlägt Nummer Zwei eine Alternative vor, um die Kinder zu erreichen. Kate und Constance folgen einem Hinweis von Mr. Benedict und entdecken einen geheimen Eingang zu Dr. Curtains Labor - gerade als dieser die nächste Phase seines Plans vorantreibt: den Fortschritt.

Mr. Benedict enthüllt die Wahrheit über seine und Dr. Curtains Vergangenheit - und wie er mitverantwortlich für Dr. Curtains Untaten sein könnte. Die Erwachsenen sind sich einig, dass die Mission zu gefährlich geworden sei, um sie fortzusetzen. Sticky erhält während des Botschafter-Dienstes eine besondere Aufgabe und beginnt sich zu fragen, auf wessen Seite er stehen soll. Kate und Reynie vertiefen ihre Freundschaften mit Martina bzw. SQ, und nutzen sie, um die Mission voranzutreiben.

Kate begibt sich auf eine gefährliche Mission in das geheime Labor, welche in einer Katastrophe endet. Mr. Benedict, Nummer Zwei und Rhonda beschließen, die Sache selbst in die Hand zu nehmen. Reynie wirft Sticky vor, auf Dr. Curtain hereinzufallen, während Kates Täuschung Martina zur Zielscheibe macht. Reynie wird zum Verhör in Dr. Curtains Büro gerufen. Constances einzigartige Sensibilität gegenüber dem Flüsterer spitzt sich zu, und die Kinder erkennen, dass ihre Zeit abläuft.

Mr. Benedict, Rhonda und Nummer Zwei kommen im Institut an, um Dr. Curtain und seine Gehilfen zur Strecke zu bringen. Die Kinder schmieden einen Plan, um den Flüsterer ein für alle Mal zu vernichten. Milligans schockierende Verbindung zu Dr. Curtain wird enthüllt. Dieser bereitet inzwischen alles dafür vor, den Fortschritt voranzutreiben. Die Kinder, Mr. Benedicts Team und Dr. Curtain stehen sich in einem finalen Showdown gegenüber. Das Schicksal aller Menschen steht auf dem Spiel.

Mr. Benedict lädt die Kinder zu einer Schnitzeljagd queer durch Europa ein. Als sie dort ankommen, werden sie jedoch mit beunruhigenden Neuigkeiten konfrontiert: Mr. Benedict und Nummer Zwei sind verschwunden. Da ihnen gesagt wird, es wäre zu gefährlich zu helfen, machen sie sich auf eigene Faust auf die Suche. Mr. Benedict und Nummer Zwei sind zwar unversehrt, wurden jedoch von Dr. Curtain entführt. Dieser ist nun tief in ein verdächtiges neues Vorhaben verstrickt – die Glückseeligkeit.

Als blinde Passagiere versuchen die Kinder, auf dem Schiff nicht aufzufallen und den nächsten Hinweis zu finden. Die Erwachsenen folgen ihnen mit einem Zeppelin. Mr. Benedict und Nummer Zwei hegen Misstrauen gegenüber Curtain, obwohl er sie zu beschwichtigen versucht. Nachdem sie das fröhliche Verhalten seiner Anhänger beobachtet haben, wird klar, dass Curtain Manipulationstechniken einsetzt, um künstliche Euphorie zu erzeugen. Auf See schleicht sich ein Wasserballteam in die Kabine der Kids.

Nachdem die Kinder nur knapp dem vermeintlichen Wasserballteam entkommen sind, wollen sie sich versteckt halten, doch ein Casino lenkt sie ab. Auf Curtains Gelände findet man einen seiner Anhänger völlig reglos vor – möglicherweise eine fatale Auswirkung seiner Methode. Währenddessen tüftelt Nummer Zwei an einem komplexen Fluchtplan. Nach Verhandlungen mit dem Kapitän kommen die Kinder in Lissabon an, sind aber sofort wieder auf der Flucht, als Curtains Sicherheitschef sie am Hafen entdeckt.

Auf dem Weg zum Bahnhof bemerken die Kids, dass Curtain mehrere Teams auf sie angesetzt hat. In einem Zustand unfreiwilliger Glückseligkeit lobt Benedict Curtain für seine Erfindung. Jackson und Jillson machen Curtains Stellvertreter auf die erstarrten Anhänger aufmerksam, doch der weist sie ab. Die Kids erwischen den Zug, doch auch das Wasserballteam geht an Bord. Wieder einmal gibt es keinen Ausweg. Während seiner Wache wird Sticky vom Schlaf übermannt und als sie aufwachen ist Constance weg.

Gemeinsam mit einer Freundin suchen die Kids nach Constance. Nachdem die Erwachsenen das nächste Ziel der Kinder ermittelt haben, folgt Rhonda einer Spur zum Aufenthaltsort von Mr. Benedict und Nummer Zwei. Constance wird von einer alten Bekannten gefangen gehalten, die hofft, Licht in ein altes Versagen zu bringen. Dr. Curtains Lakaien bemühen sich ein Heilmittel für die beunruhigenden Nebenwirkungen zu finden. Unterdessen zweifelt Nummer Zwei an Mr. Benedicts Willen zu fliehen.

Nachdem sie erfahren hat, wo sich Dr. Curtain aufhält, bereitet sich die Gesellschaft auf einen Angriff vor, wird aber von den Greys bedrängt und muss sich aufteilen, um zu entkommen. In der Zwischenzeit versucht Mr. Benedict, sich mit seinem Zwilling anzufreunden, um an Informationen zu gelangen, doch er wird ins Abseits gedrängt, als Dr. Curtain Zwietracht zwischen Mr. Benedict und Nummer Zwei sät. Auf einem Umweg findet Constance heraus, dass sie von Curtains TV-Special fasziniert ist. Nachdem er das Ausmaß der Katatonie unter seinen Gefolgsleuten entdeckt hat, ist Curtain entsetzt, lehnt aber die Verantwortung ab.

Mr. Benedict und Nummer Zwei beginnen mit dem Plan, Dr. Curtain außer Gefecht zu setzen, damit Mr. Benedict seine Identität annehmen kann, aber Mr. Benedict macht einen Rückzieher. Reynie, Kate, Milligan und Rhonda überwachen das Gelände.

Sie tun sich zusammen, um eine Katastrophe in einem Zufluchtsort aus der Vergangenheit von Nummer Zwei abzuwenden.