Utena Tenjou es una alumna de octavo grado de la Academia Ohtori. Tiene el extraño recuerdo de que, cuando era muy joven, conoció a un misterioso 'príncipe' y le regalaron un anillo con un sello de rosas. Un día, Utena descubre que los chicos se están burlando de una carta de amor que alguien publicó, y descubre que fue escrita por su mejor amiga, Wakaba, para el capitán del Kendo Club, Saionji. Por el bien de su mejor amiga, Utena desafía a Saionji a un duelo. Luego, Saionji le dice que vaya al bosque de la Arena de Duelo.

Al ganar el duelo con Saionji, Utena es ahora la vencedora del duelo y se 'comprometirá' con la novia rosa, que es Anthy. Al día siguiente, Utena y Anthy empiezan a vivir juntas en un dormitorio. Saionji, que en realidad está muy enamorado, le pide a Anthy que vuelva a estar en buenos términos con él, pero Anthy se niega. Luego, desafía a Utena a una revancha. Sintiendo que todo es una locura, Utena decide perder el Duelo a propósito.

Utena sin querer desató el Poder de Dios en el último Duelo con Saionji, lo que atrajo el interés de Touga en ella. Touga le envía a Utena un vestido para el próximo baile. Por otro lado, la hermana de Touga, Nanami, cree que a su hermano le gusta Anthy y, en un ataque de celos, le envía a Anthy un vestido que se disuelve en agua.

Utena y Miki están a punto de comenzar un duelo. El resto del episodio y el siguiente son flashback para mostrar qué ha provocado este duelo. Miki a menudo toca una melodía particular en el piano. Él dice que realmente no puede tocar la melodía como desea porque ha perdido un 'brillo'. Nanami cree que a Miki le gusta Anthy y, por celos, intenta burlarse de ella y excitarla. Aprovechando eso, Miki se hace un buen amigo de Anthy, y luego de Utena. Al descubrir que Anthy y Utena obtuvieron malas calificaciones en el examen de matemáticas anterior, Miki se ofrece a ser su tutora. Sin embargo, Nanami no los dejará solos.

En la melodía que Anthy acababa de tocar casualmente, Miki encontró un 'brillo' que había estado buscando. Tiene una hermana gemela, Kozue, que solía tocar una melodía con un 'brillo'. Sin embargo, ella ya no toca el piano porque (él piensa) en su culpa. Miki desea proteger el 'brillo' de Anthy en su melodía; sin embargo, Anthy le dice que, debido a que ella es la Novia Rosa, por el Código Sello Rosa, debe obedecer al Vencedor del Duelo, o Utena en este momento. Incluso dice que, si Utena le dijera que no tocara más el piano, no lo haría. Como cree que es su culpa haber perdido el 'brillo' de Kozue en el pasado, para no volver a perder un 'brillo', Miki desafía a Utena a un duelo e intenta liberar a Anthy y protegerla con sus propias manos.

Últimamente, alguien ha estado tratando de quitarle la vida a Nanami. Al escuchar una conversación entre Anthy y su hermano Touga, Nanami malinterpreta que Touga es quien está tratando de matarla. Después de eso, alguien salva a Nanami de un peligro y ella se enamora de él, quien resulta ser un niño. Nanami le pide que sea su novio, pero ella no parece saber la diferencia entre un amante y un secuaz.

Juri cree que no hay milagros. En el pasado, amaba a alguien en secreto, pero no podía ganarse el corazón de esa persona. Piensa que si hubiera milagros, podría haber logrado su amor. Un día, Juri habla con Utena y ella se enfurece por las palabras de Utena de que cree en los milagros para el destino entre su 'príncipe' y ella. Juri desafía a Utena a un duelo y le dice que demuestre que hay milagros al derrotar a Juri con un milagro.

De alguna manera, el curry y el arroz de Anthy explotan y ese impacto cambia las personalidades de Utena y Anthy. Ahora Utena es femenina mientras que Anthy es marimacho. La causa del incidente parece ser una broma pesada de Nanami, tratando de mezclar en el curry el 'Curry 100X, una especialidad india lo suficientemente picante como para hacerte respirar fuego'. que ha sido reemplazado por error con el 'Super Spicy 900 Billion X Curry, So Hot It Will Blast You to Smithereens and Make Phantom Elephants Trumpet Loudly'. Reprendida por su hermano, Nanami vuela a la India para obtener más de la misma especia.

En el Kendo Dojo, Saionji y Touga están peleando un duelo de Kendo. Touga derrota a Saionji por un estrecho margen. Utena escucha de Saionji que han peleado cientos de duelos en los últimos diez años. Saionji también le dice a Utena que quiere ganar los duelos y llevar a Anthy al castillo en el aire sobre la Arena. Un recuerdo cruza por su mente sobre aquel día lluvioso cuando era un niño... Un día, recibe una carta del Fin del Mundo, en la que le dicen que el castillo se derrumbará hoy sobre la Arena. Por otro lado, Utena recibe una llamada telefónica de alguien y le dice que Anthy está siendo secuestrado en el Bosque de la Arena.

Llevando a la Novia Rosa a la Arena sin duelo además de infligir una herida a Touga, Saionji ahora es expulsado de la escuela. Nanami culpa a Utena por la herida de Touga. Utena se disculpa, pero Nanami no la perdona. Un recuerdo cruza por su mente que le dio un gatito a Touga como regalo de cumpleaños cuando eran muy pequeños, y luego, por celos, mató al gatito. En la fiesta de cumpleaños de Touga, Utena trae un ramo de flores para expresar su gratitud. Pero Nanami está muy molesta. Touga sugiere que peleen un duelo en la Arena por el código de la

Habiendo observado los últimos cinco duelos, Touga ahora está seguro de que ha completado la recopilación de datos suficientes para derrotar a Utena. Touga le ha estado insinuando a Utena que él es el príncipe que ella ha estado buscando. Un día, en el jardín de rosas, Touga le muestra a Utena que él es su príncipe en términos concretos. Sin embargo, desafía a Utena a un duelo. Creyendo que Anthy quiere dejar de ser la novia rosa, convertirse en una chica común y hacer muchos amigos, Utena decide vencer a su príncipe por el bien de Anthy.

En este episodio, repasamos los episodios 1 al 12 con el monólogo de Ohtori Akio (en el próximo episodio, sabremos que es el hermano de Anthy). Cuando aparece en la Arena, el castillo en el aire se derrumba. Akio habla con Dios durmiendo en el castillo. Llama a cada uno de los duelos de Utena de la siguiente manera: 1. amistad (amitie); 2. elección (choix); 3. razón (razón); 4. amor (amour); 5. adoración (adoración); 6. condena (condena); 7. yo (soi). Akio dice que Utena podría ser el que ellos (¿Akio y Dios?) han estado buscando. A ese ritmo, ella podría llegar al duelo llamado 'revolución' y Dios podría ser liberado.

Utena nunca supo que Anthy se encuentra con su hermano Akio todos los sábados por la noche, ni siquiera sabía que tenía un hermano. Anthy deja que Utena conozca a Akio. Akio ha estado comprometido con Ohtori Kanae, cuyo padre es el presidente del consejo de administración de la Academia Ohtori. Su padre está enfermo, por lo que Akio es el presidente interino. De antemano, Anthy le ha pedido a Utena que mantenga en secreto a Akio sobre todo lo relacionado con el duelo. Mikage Souji es un estudiante de duodécimo grado que organiza el Seminario Mikage, también conocido como Black Rose Association. Es tan genial que incluso escribe artículos para profesores. El edificio de la oficina de Mikage se llama Nemuro Memorial Hall, donde se dice que cien niños fueron enterrados vivos hace mucho tiempo. Chida Mamiya tiene derecho a convertirse en la Novia Rosa. Mikage dice que hará lo que sea necesario para convertir a Mamiya en la Novia Rosa y obtendrá el Poder de Dios y el secreto eterno.

Mikage y Mamiya creen que pueden hacer uso de los miembros del Consejo Estudiantil para hacer duelistas lo suficientemente fuertes como para derrotar a Utena. Dicen que fueron derrotados solo porque no pudieron controlar sus mentes, no por sus habilidades. Dicen que si organizan a alguien cuya mente pueden controlar y hacen que desenvaine la espada y la habilidad de un miembro del consejo estudiantil, entonces tal vez sea posible hacer un duelista y hacer que derrote a Utena mediante el control mental. La hermana gemela de Miki, Kozue, hace deliberadamente cosas que Miki no quiere que haga (como hacer novios que a Miki no le gustarían), porque cuando la mente de Miki siente dolor por ella, siente que ha llenado a Miki de sí misma. Además, Kozue no quiere que Miki se lleve bien con nadie. Ella dice que no perdonará a nadie que intente ser demasiado amistoso con él. Incluso ha empujado a un profesor de música (gay) por un precipicio. Sabe que a Miki le gusta Anthy.

Nanami organiza una fiesta para mostrar el colgante de la marca de su diseñador. Sin embargo, Juri aparece con un colgante más hermoso. Afortunadamente para Nanami, llega un paquete para Nanami y, según Juri y Miki, la marca del diseñador es de primera clase. Nanami decide ponérselo. Sin embargo, la cosa parece ser solo un cencerro. Sin saber para qué sirve un cencerro, a partir de ese momento, Nanami siempre lo usa y lo muestra. Otras personas son conscientes de ello, pero no se atreven a decirle la verdad. Lo que es peor, Nanami se está convirtiendo gradualmente en una vaca debido a la maldición del cencerro.

Shiori, de quien Juri se enamoró en secreto, se ha transferido de nuevo a la Academia Ohtori. Juri, sin embargo, es muy fría con ella. Shiori cree que la razón es que se llevó a un chico del que creía que Juri estaba enamorada de ella. Pero Juri le dice que ni siquiera le importaba eso. Shiori se pregunta entonces de quién es la foto en el relicario de Juri. Un día, Juri finalmente decide tirar su relicario. Sin embargo, alguien lo recoge y lo pone en el dormitorio de Shiori para que Shiori encuentre lo que hay dentro. Ahora Shiori sabe que Juri ha estado enamorada secretamente de ella. Shiori se siente aliviada de la sensación de inferioridad que ha estado sufriendo y luchando por superar durante mucho tiempo. Además, incluso siente una sensación de superioridad sobre Juri. Sin embargo, también está molesta por la forma en que Juri la ha estado mirando. 'Entiendo.' dice Mikage a Shiori 'Supongo que no tienes más remedio que revolucionar el mundo.

Tsuwabuki todavía ha estado sirviendo a Nanami como si fuera su sirviente. La amiga de Tsuwabuki, Mari, no está contenta con él por ser así. Ella dice que se están aprovechando de Tsuwabuki porque es solo un niño. Más tarde, comienza a darse cuenta de que Nanami lo trata como a un niño. Desearía tener la edad de Nanami. Tsuwabuki le pregunta a Utena qué tiene que hacer para convertirse en adulto. Utena dice que es probable que experimente varias cosas. Tsuwabuki intenta 'experimentar varias cosas' viendo escenas de besos en las películas. Mari se burla de él, diciendo que es obvio que quien ha experimentado un beso de verdad es más adulto que quien ha visto cien escenas de beso. Tsuwabuki intenta hacerlo con Mari y recibe una bofetada. Testigos de Nanami. Cuando ella le pregunta sobre la aventura, Tsuwabuki se da cuenta de que, después de todo, lo tratan como a un niño. En Nemuro Memorial Hall, confiesa que desea crecer en este momento. Mikage se aprovecha de él.

Un día, Utena recibe una carta de amor de un chico. Y el chico resulta ser el amigo de la infancia de Wakaba, Tatsuya, a quien ella llama 'Príncipe Cebolla'. La razón por la que lo nombró 'Príncipe Cebolla' es que cuando eran muy jóvenes y ella se burlaba de su cabello como 'Cabeza de Cebolla', él la ayudó como 'Príncipe Cebolla' (pero el flashback no parece. ..). Poco a poco, Utena se da cuenta de que Wakaba todavía está enamorada de él. Utena le dice a Wakaba que sea más honesto. Además, Utena también descubre que Tatsuya todavía está enamorado de Wakaba y que la razón por la que le envió una carta de amor a Utena es para acercarse a Wakaba. Entonces Utena le dice a Tatsuya que vale la pena confesarle sus sentimientos a Wakaba porque Utena está segura de que ambos están enamorados el uno del otro. Ahora lo que queda es que Tatsuya le confiesa en la colina con el árbol legendario.

Últimamente, Wakaba ha estado actuando muy rápido. Y se va a casa inmediatamente después de la escuela. En realidad, Wakaba tiene un secreto en casa. Ella esconde a Saionji, quien fue expulsado de la escuela. Como está enamorada en secreto de él, está muy feliz con él. Además, Wakaba se siente tan especial de sí misma, estando con un tipo especial. Sin embargo, sabe que esta vida con Saionji no durará mucho más. Ella piensa que una vez que él regrese a la escuela, ni siquiera la recordará en absoluto. Saionji está haciendo un adorno para el cabello para Wakaba para mostrar su gratitud. Mikage aparece de repente ante Saionji y hace un trato para que Saionji regrese a la escuela. Lo que Mikage quiere que Saionji haga a cambio es darle el adorno para el cabello a Anthy. Al ver a Anthy con el adorno para el cabello, Wakaba se da cuenta de que la mente de Saionji siempre ha estado con Anthy y que ella nunca puede ser especial.

La razón por la cual los seguidores de Nanami, Keiko, Yuuko y Aiko, están con ella a pesar de que Nanami tiene un carácter tan malo, es que todos están enamorados de su hermano, Touga. Un día, Nanami organiza una fiesta para animar a Touga, que no ha sido él mismo desde que Utena lo golpeó. En la fiesta, Nanami le ordena a Keiko que vaya a la escuela y haga algunos trámites del Consejo Estudiantil por ella. Keiko no pudo asistir a la fiesta. Keiko se da cuenta de que, a diferencia de Nanami y Touga, ella pertenece a una sociedad tan baja que nunca logrará que Touga la mire. Un día, Keiko encuentra a Touga caminando bajo la lluvia sin paraguas. Keiko lo mete bajo su paraguas. Nanami pasa a verlo. Después de esto, Nanami le dice a Keiko que nunca supo que había un bicho malo tan cerca de ella. Nanami dice que exterminará a este bicho malo, es decir, Keiko. Keiko consulta en Nemuro Memorial Hall y confiesa sus sentimientos.

Ahora solo queda una rosa negra. Akio se pregunta si Mikage finalmente luchará contra Utena. Pero en lugar de pelear, Mikage decide incluir a Utena en su lado y le pide a Utena que se una a su Seminario Mikage, pero Utena lo rechaza. Mikage habla sobre Nemuro Memorial Hall, donde Mikage ahora lleva a cabo su seminario. Hace décadas, había un profesor llamado Profesor Nemuro, que estaba investigando en la sala. Un día, hubo un incendio y el salón se quemó, lo que le quitó la vida a 100 de sus alumnos. El profesor Nemuro era en realidad el mismo Mikage. Solía ​​trabajar con 100 escolares brillantes en el Proyecto Rose Signet, que era una investigación para revolucionar el mundo y obtener la eternidad. Como solo era un contrato con la academia, o con el mismo Akio, el profesor Nemuro se mostró indiferente sobre los objetivos. Un día, un inspector del síndico, Chida Tokiko, llegó a la oficina del profesor Nemuro. Más tarde, Tokiko invitó al profesor Nemuro a su casa.

Mikage le pide a Utena que se una nuevamente a su seminario, en realidad tratando de incluirla en su lado, la Asociación de la Rosa Negra. Esta vez, para convencerla, también se ofrece como consultor para que Utena le pregunte cuando Utena o sus amigos tienen algún problema. Pensando en el problema de Rose Bride de Anthy, Utena decide ver a Mikage. Pero en Nemuro Memorial Hall, Utena encuentra fotografías de duelistas, Kozue, Shiori, Wakaba y otros. Utena se da cuenta de que Mikage está detrás de todo esto. Utena desafía a Mikage a un duelo. Durante el duelo, Mikage le dice a Utena que Utena es igual a él en el sentido de que Utena conoció a alguien que cambió su vida por completo y no puede superarlo. Es por eso que ella es una Duelista en primer lugar. Más tarde, en medio del duelo, Mikage de repente escucha la voz de Mamiya, que dice que Mikage será derrotado.

Tsuwabuki rescata heroicamente a Nanami y termina pasando un tiempo en la enfermería. Mientras se recupera, Utena y Anthy tienen la oportunidad habitual de leer un diario secreto que ha estado manteniendo sobre Nanami. Pero cuando se descubren los planes de Nanami, surge el caos y el tímido Tsuwabuki no puede hacer nada para detenerlo.

Anthy y Utena se mudan de su dormitorio al ala derecha de la oficina del presidente para que Anthy y Akio puedan estar más cerca el uno del otro. ¡Entonces, de repente, Saionji vuelve al duelo!

¡The End of the World usa a Kozue, recientemente lesionado, para que Miki se pelee con Utena! Por supuesto, al darse cuenta de que es su oportunidad de volver a tener a Anthy... ¡lo intenta y usa a Kozue como su propia Rose Bride!

Nanami está soñando que pone un huevo... desafortunadamente para ella, ¡se despierta con un huevo en su cama! ¿Significa esto que es madre?

Una vieja amiga llamada Ruka regresa a la Academia después de una larga ausencia. Se hace cargo del equipo de esgrima nuevamente y luego desafía a Utena a un duelo, ¡usando a Shiori como una novia rosa!

¡Ruka ha vuelto una vez más, pero esta vez toma a Juri y la usa para batirse en duelo con Utena por él! ¿Utena podrá lograr otro milagro?

Utena ha vuelto a pensar en su Príncipe... y si se le permite amar a alguien más. El mundo de Utena está a punto de cambiar aún más.

Nanami descubre que ella y Touga no son verdaderos hermanos y se deprime demasiado por esto. Hasta el punto de huir de casa... ¡y de repente ser invitado a vivir con Anthy y Utena por parte de Akio! Esto va a ser más problemático que un duelo por Utena.

Después de que Touga intenta recuperar a Nanami, ella se niega y dice la verdad. Entonces... esa noche, ve a Akio haciendo algo muy prohibido...

Anthy le pide a Akio que entregue algunas rosas a un lugar lejano y se lleva a Utena con él. Después de un día en el Carnaval, Utena y Akio se unen a altas horas de la noche.

Utena es invitada a una obra de teatro y lleva a Akio y Anthy. Desafortunadamente, ella no sabe que la obra trata sobre la verdad detrás de Rose Bride y el príncipe.

Touga regresa repentinamente a la vida de Utena, queriendo pasar más tiempo con ella. Entonces, Touga finalmente se da cuenta de la verdad sobre su vida... y cuánto fue usado.

Touga le dice a Utena la verdad. Sobre sus verdaderos sentimientos y que siempre la ha amado... Desafortunadamente para Touga, Utena ama a otra persona. Touga luego desafía a Utena a un duelo, mientras hace una apuesta. Si él gana, ella se convierte en su novia... si ella gana, el Consejo Estudiantil ya no apunta a la Novia Rosa.

Utena ha pasado por muchas batallas... Amigos, Consejo Estudiantil y gente que apenas conocía. Sin embargo, nada se comparará con la batalla que debe pelear ahora. ¿Luchará o no?

Utena contra el fin del mundo. Se descubre la verdad... sobre los duelos, la novia rosa y el príncipe.

Todo llega a un final. Algo brillante, eternidad, milagros, la revolución del mundo. ¡Atrapa el impresionante clímax de Revolutionary Girl Utena!