郭靖與黃蓉結伴遊江南，遇見丐幫幫主洪七公，但兩人不知洪七公身分，以為是普通乞丐，黃蓉更對之多番戲弄。

郭靖、黃蓉二人到岳王廟遊玩，見岳飛後人岳文斥責當地人民紙醉金迷，郭靖大受感動，攙扶岳文返家休息。

歐陽克與楊康相繼到達江南，原來金國欲得武穆遺書，以稱霸天下，而遺書正在岳文手中，岳文欲上呈獻予宋帝，歐陽克等到處追蹤。

一日，郭靖、黃蓉二人見丐幫弟子行動詭秘，誤會丐幫對岳文不利，但丐幫原為保護岳文而來，郭靖、黃蓉不知情，反將丐幫弟子趕走，令丐幫保護岳文計劃失敗，岳文終被歐陽克毒蛇咬死，遺書交由洪七公保管。

郭靖決保護洪七公上京，但黃蓉感七公阻礙二人遊玩，遂將洪七公騙往妓院，但洪七公反稱黃蓉是其女，假意將黃蓉賣給妓院，令黃蓉為之氣惱。

七公故意戲弄黃蓉，詐稱遺書留在妓院，黃蓉著郭靖到妓院取回，一方面趁郭靖不在，將七公綁在沙灘上，及至郭靖發覺，忙替七公解圍，但七公反將郭靖綁在樹上，然後告知黃蓉，黃蓉救回郭靖後，以為七公與丐幫勾結，遂到丐幫用食物誘之跌落坑中，逼其說出遺書下落，但七公氣定神閒，令二人氣結，此時梁子翁出現，要吸啜郭靖的血，七公即用降龍十八掌將梁子翁趕走，黃蓉始知七公身分。

黃蓉見七公武功蓋世，希望七公能傳授郭靖一招半式，遂以佳餚誘之，七公終受不住美食引誘，又見郭靖為人敦厚，遂教郭靖掌法。

拖雷與華箏到達江南，楊康知悉拖雷此行乃為聯宋滅金，遂派探子打聽拖雷住處，欲將拖雷殺死，幸拖雷與華箏及時逃出，但歐陽克已將蛇粉撒在二人身上，隨著粉末跟蹤，赫然見一地道，原來地道通往藏經閣，拖雷藉此偷取遺書；一方面，黃蓉為討七公歡心，偷進宮內竊取點心，與拖雷相遇，兩人同被大內高手圍攻，連忙逃入地道，但歐陽克等人已在地道外把守。

拖雷與黃蓉被歐陽克捉返望江樓，歐陽克欲對黃蓉無禮，幸梅超風到來，令眾人不許傷及黃蓉。

洪七公與郭靖到郊外搜索黃蓉蹤跡，見數個平民打扮的蒙古人收拾屍體，二人隨後跟蹤，並詐作被困，由蒙古人帶返住處，竟見華箏在此。華箏喜極而泣，但郭靖心中惦掛黃蓉，令華箏傷心。

歐陽克逼華箏下毒於七公酒中，以換取拖雷性命，華箏知郭靖對七公甚為尊敬，正感左右為難，博爾忽為救拖雷心切，替華箏在酒中下毒。

七公不虞有詐，將酒喝下，隨即單人匹馬到望江樓，一方面派郭靖與華箏往救拖雷與黃蓉。

郭靖與華箏等人救出拖雷與黃蓉後，即往助七公，但七公因身中劇毒，受梅超風等人圍攻受傷，眾人連忙逃走，卻被困梅超風練功之石洞內，脫身不得。

七公即教郭靖降龍十八掌招式，但郭靖欠缺內力修為，雜念叢生，令練功重重受阻。

梅超風不欲傷及黃蓉，遲遲不肯攻進洞內，歐陽克感梅超風誤事，用毒蛇將之咬傷，不許梅超風阻止他對付各人，而郭靖已練得掌法初步功夫，即衝出洞外與歐陽克等人對敵。楊康見勢色不對，以華箏作人質，混亂中，楊康以九陰白骨爪打傷華箏，華箏中毒昏迷，楊康趁機逃去。

七公知黃蓉可替華箏解毒，但黃蓉不肯，郭靖甚傷心，黃蓉心中不忍，遂替華箏解毒。

楊康與歐陽克、梅超風匿居郊野，歐陽克與梅超風再起爭執，歐陽克被梅超風打傷，懷恨在心，楊康不在，用毒蛇對付梅超風，豈料黃藥師突出現，歐陽克大驚。

黃藥師命黃蓉返桃花島，但黃蓉不肯，一方面梅超風求黃藥師殺郭靖，以替丈夫陳玄風報仇，黃蓉以自殺威脅不得傷害郣靖，黃藥師不忍下手，父女得以和解。

華箏與黃蓉皆深愛郭靖，令郭靖苦惱非常，後遵七公之言，決定向華箏表白心迹，華箏傷心欲絕，走往黃蓉房中，以髮簪自刺求死。

黃蓉見華箏對郭靖之情甚深，於是答應黃藥師返桃花島，郭靖阻止不來，質問華箏，華箏痛苦難言。

黃蓉不忍心離開郭靖，終折返找郭靖，卻見郭靖誤將華箏當作黃蓉緊抱，黃蓉氣極，悻然離去。

楊康被蒙古武士灌以毒水，幾經辛苦逃到念慈住處，念慈見楊康，喜極而泣。楊康見念慈對己仍一往情深，大受感動。

郭靖無意找得念慈住處，見楊康身受蒙古劇毒，答應替他往求拖雷取解藥，但拖雷因郭靖與華箏之事，竟將郭靖拘禁。楊康見郭靖多日未返，知已無望，欲與念慈利用短暫時光出外遊玩，無意中得知可用換血之法解毒，楊康不欲拖累念慈，悄悄離去，結困暈倒街上。念慈心中不忍，明知換血之法會使自己中毒而死，但為救楊康，不顧一切，捨命為楊康換血。

念慈收拾行裝離去，並欲自行了斷，幸郭靖因得華箏相救，給予解藥，及時救回念慈一命，但念慈知楊康本性難移，不肯回去，只著郭靖告知楊康如肯拋棄榮華富貴，便到羞花亭一會。但楊康內心矛盾，且知完顏洪烈正帶兵訪尋他的下落，終轉念與洪烈返回金國。

郭靖、黃蓉破廟相遇，黃蓉著郭靖到桃花島向黃藥師提親，但郭靖口才笨拙，欲請七公代言，無奈七公舊傷未癒，黃蓉提議往找千年人參使七公盡快康復。

歐陽克、梁子翁追蹤郭靖到破廟，郭靖、黃蓉二人連忙招架，並趁機逃走，及至岸邊，見遙迦與冠英正情話綿綿，二人悄悄躲進冠英船中，冠英知二人被追殺，答應二人一同上路。

半途中，郭靖、黃蓉聞得程、陸二家比武，趕往湊興，卻見瑤迦與冠英對招，冠英不慎掉下瑤迦所送香囊，二家大起紛爭。

冠英被老父乘風問罪，執行家法，被拷打受傷，黃蓉替冠英不值，又感歸雲莊與桃花島佈置甚相似，赫然闖進小樓，欲向乘風試探內情。

黃蓉知悉乘風原是熱血男兒，無奈雙腳殘廢，壯志難酬，但黃蓉不敢將身分告知乘風，以便調查歸雲莊的底蘊。

黃蓉夜半醒來，聞莊內人聲嘈雜，與郭靖一起往看究竟，原來冠英正與手下商量劫走段天德搜刮民間的錢財，說罷即出發往找段天德。郭靖、黃蓉二人尾隨而去，見冠英與手下已將段天德與楊康捉去。

楊康掙脫繩索逃至小樓，乘風雖坐輪椅，卻仍輕易將楊康擊敗，黃蓉感乘風功夫與桃花島定有關連，更為疑惑。

念慈悄悄走進歸雲莊欲救楊康脫險，但楊康被鐵鍊鎖著，無法脫身，便將一金印交予念慈，命令慈到臨安府轉告史丞相，命史將蒙古使者殺死，但念慈不肯做有損國家之事，楊康只好囑咐念慈轉而往找梅超風。

梅超風送一骷髏頭到歸雲莊，乘風知是仇家到來，大感震驚，即命家人離莊，準備與梅超風決一死戰。

裘千仞、江南六怪、梅超風相繼到達山莊。原來乘風與梅超風原為同門師姐弟，只因當年超風、玄風背叛師門，激怒黃藥師，將乘風等四人雙腳經脈震斷，因此兩人一直互相仇恨，但乘風見超風孤單寂寞，念在同門之誼，遂將楊康放走。

江南六怪不讓段天德與楊康離去，楊康為討好六怪，故意將段天德殺死，六怪與郭靖以為楊康已改邪歸正，不再計較過往恩怨，更著郭靖、楊康二人結為兄弟，但楊康未幾即向郭靖辭別，詐稱往牛家村守孝三年，但黃蓉知楊康本性難移，與郭靖一同窺視楊康上路，見他向金國燕京進發，郭靖甚為憤怒。

瑤迦與冠英私會，歐陽克突出現，將冠英打傷，更垂涎瑤迦美色，派人通知程家莊，當晚要與瑤迦成親，程家為對付歐陽克，請得丐幫弟子助陣。

歐陽克武功高強，將瑤迦輕易劫走，郭靖、黃蓉尾隨而至，歐陽克見黃蓉到來，意亂情迷，黃蓉以調虎離山之計，令郭靖救走瑤迦，並將她交給冠英，以使程家對冠英感激，不再阻止二人來往，但瑤迦師父孫不二不明事理，卻指冠英與歐陽克合謀，冠英百辭莫辯，被孫打傷後，羞憤而去。

黃蓉為替瑤迦與冠英玉成好事，遂假扮下人混入程家，替瑤迦與冠英安排見面。

黃蓉想出苦肉計，以毒蛇咬傷瑤迦，各人誤會乃歐陽克所為，而此毒須九花玉露丸醫治，但孫不二乃全真教弟子，素與桃花島不和，不肯往找乘風，並決定與丘處機上白駝山找歐陽克交出解藥，但當二人見著歐陽克後，隨即明白不是歐陽克所為，想是另有內情。

程江見瑤迦傷勢日重，無奈低聲下氣到歸雲莊求得解藥，程、陸兩家得以和好，而程江與乘風亦答應兩人婚事。

成親之日，孫不二、丘處機突趕返，阻止瑤迦婚事，一時紛爭四起，瑤迦羞憤難禁，失足墮崖，生死未卜，令冠英傷心欲絕。

原來瑤迦得黃藥師救回一命，黃藥師聽聞瑤迦之事，即與瑤迦同返歸雲莊，乘風見是尊師到來，忙以跪拜迎接，師徒見面，想起當年舊事，不禁唏噓。

七公與歐陽鋒不約而同來到桃花島，原來歐陽鋒欲替侄兒歐陽克向黃藥師說親，黃蓉對歐陽克甚為僧惡，大力反對，但黃藥師認為二人身分匹配，答應婚事，七公亦無力勸阻。

黃蓉與郭靖寧死不肯分離，而洪七公更代郭靖向黃藥師提親，令黃藥師左右為難，終決定以比武決定。

老頑童周伯通知悉郭靖與歐陽克翌日比武，遂往騷擾歐陽克練蛤蟆功，令歐陽鋒甚為氣結。

黃藥師以三回合定勝負，第一回合由洪七公與歐陽鋒分別應戰歐陽克與郭靖，因靖得周伯通之助始勝出，被黃藥師判作輸數；第二回合由黃藥師吹蕭，郭靖、歐陽克分別擊鼓、彈琴跟隨節拍，豈料郭靖的內功竟比歐陽克強，擊鼓時徐徐有致，結果勝出；第三回合比試背書，原來所背之書乃九陰真經，郭靖曾在周伯通督促下將此書背熟，因此再次贏得比試，黃藥師唯有將黃蓉許配予郭靖。

歐陽鋒為得九陰真經，欲劫走郭靖後逼其唸出經文。郭靖、黃蓉被歐陽鋒窮追，逼於逃入冰牢中混戰，此時黃藥師正為阿衡療傷，因受雜聲影響，阿衡因而返魂無術。

阿衡之死令黃藥師傷心欲絕，遂決定與阿衡一同離開桃花島，周伯通見狀，笑謔黃藥師與阿衡一同尋死，更說出郭靖早已背熟九陰真經，黃藥師聞言大怒。原來黃藥師發誓，凡懂九陰真經者死，因而往殺郭靖，郭靖不知情，大感莫名其妙，後周伯通將經書撕毀，終冰釋干戈，但黃藥師不許黃蓉跟隨郭靖等人離開桃花島。

黃蓉思念郭靖，遂毅然向黃藥師辭行，卻見黃藥師與阿衡同在冰牢內，黃藥師已一頭白髮，而母親已死去，大驚之下，追問因由，黃藥師向她明言一切。

原來十多年前，東邪、西毒、南帝、北丐、中神通為奪九陰真經，在華山論劍，結果真經落在中神通王重陽手中，多年後，重陽知壽緣已盡，恐真經落在壞人手中，命師弟周伯通將真經上、下冊分別收藏，伯通選擇桃花島為藏經之地，藥師甚想得到經書，遂與伯通打賭，使阿衡得以背誦經文，然後詐稱經書乃偽本，伯通信以為真，將經書焚毀，而阿衡則為黃藥師將經文默出，豈料經書被梅超風、陳玄風偷去，黃藥師懇求阿衡再之背寫，但阿衡苦思亦不能將全部經文背出，更因辛勞過度，終於產下女兒後死去，藥師便為阿衡建造冰牢，十多年來為之搜羅天下奇藥醫治，可惜仍是徒勞無功。

七公、伯通與郭靖乘藥師所造之船離開桃花島，豈料船本為藥師用作與阿衡合葬之用，船身只用漿糊併合，三人不知情，船離岸後，海水迅即湧入船中，船不久沉沒，此時歐陽鋒與歐陽克之船經過，歐陽鋒為得經書，將三人救上船。

歐陽鋒哄騙伯通背誦經文，伯通不肯，跳入海中，歐陽鋒唯有轉移對付郭靖。

歐陽鋒知悉七公好美食，遂以美餚誘之，七公果然中計，身中劇毒，歐陽鋒乘機要脅郭靖，郭靖假作應承，將經文改寫，然後交給歐陽鋒，歐陽鋒見經書已得，遂悄悄在船上放火，欲乘小艇離去，豈料事為七公與郭靖知悉，早到小艇一步，歐陽克見狀忙跳進艇中，七公隨即駕艇離去，但歐陽鋒仍在船上，七公眼見大船火光熊熊，心中不忍，掉頭往救他，但歐陽鋒狼心狗肺，竟恩將仇報襲擊七公，郭靖見七公受傷，忙加掩護，豈料不慎與歐陽鋒同跌進火海，生死未卜。

歐陽克與七公飄流至一荒島，卻見黃蓉暈倒石灘，原來黃蓉為找尋郭靖，在海上遇暴風雨，飄流至此。

七公身受重傷，歐陽克趁機欲將黃蓉污辱，幸七公假作武功未失，歐陽克才不敢再對黃蓉無禮。

七公因劇毒未除，又因被西毒重擊一掌，武功一時難以復原，恐不能再保護黃蓉，遂勸黃蓉及早離開荒島，但小艇不知所蹤，黃蓉無法離去。

七公自知不久人世，遂立黃蓉為丐幫幫主，並傳授打狗棒法。黃蓉引歐陽克至一山崖，將大石推下。歐陽克被大石壓傷，痛極暈倒，此時郭靖與歐陽鋒同時到達荒島，歐陽鋒見侄兒境況，即要脅黃蓉等人救他。

黃藥師到處訪尋女兒蹤影，在望江樓遇上周伯通，兩人追逐至懸崖，伯通戲稱黃蓉已葬身大海，黃藥師信以為真，悲慟不已，聳身跳下山崖。

黃蓉等人將大石推開後，歐陽克雙足已殘廢，痛苦難當，七公等人恐防西毒再來加害，遂合力做木筏準備返回中原，但木筏被西毒偷去。

歐陽克為報傷足之恨，著楊康替其報仇，楊康遂在沿海一帶監視七公等人蹤影，不久果見七公三人乘木筏而來，於是放置大炮欲將三人炸死，豈料周伯通突出現，將炮口指向楊康等人，七公等倖免於難。

周伯通將歐陽克擒獲交給黃蓉等人。七公劇毒未除，須往長白山採千年人參醫治，而歐陽鋒為醫治侄兒雙足，亦兼程往長白山。

梅超風負傷來到念慈所居村中，念慈對她深惡痛絕，欲趁她受傷將之殺死，但見超風替懷中小孩包紮傷處，感她仍有良知，遂將她扶返家中療傷，超風被念慈感動，深悔從前所作一切。

梅超風功力恢復，強要念慈一同往找楊康，適楊康與西毒等人從長白山趕返，歐陽鋒知梅超風到來找歐陽克尋仇，遂將她擒住，並逼背誦九陰真經經文，方知被郭靖所騙。

一方面，完顏洪烈誤會念慈到來將之弒殺，遂命人將她綑綁，楊康見狀以死求完顏洪烈釋放念慈，但念慈對楊康愛恨交織，不肯接受他之好意。

楊康深愛念慈，但念慈聲言恩斷義絕，而完顏洪烈亦反對二人婚事，楊康為娶得念慈，向完顏洪烈詐稱拋棄皇宮生活，望與念慈雙宿雙棲，洪烈只好任由楊康自作主張，但不許他帶念慈返燕京。翌日，楊康即帶同媒人到來迎娶念慈，念慈仿如置身夢境，不禁喜極而泣。

歐陽鋒錯練九陰真經，以致神智錯亂，脾性越壞，多次濫殺無辜，洪烈感不滿，歐陽克無奈帶之返白駝山休養。

黃蓉、郭靖到處訪尋七公與周伯通下落，聞得逍遙館裘千仞能知天下事，遂往打聽消息，但裘千仞原是裘千丈假扮，要二人教以獨門武功作為報酬，二人為找七公心切，無奈應允。

黃蓉、郭靖對於裘千丈的奇門異術甚感懷疑，遂千方百計破壞逍遙館內機關，始發覺裘千丈原非武功高強之人，只是館內人等串謀欺騙武林人士。此時，適值楊康為調查武穆遺書下落，到逍遙館請裘千丈相助，方知黃蓉、郭靖亦在館內，遂帶同歐陽鋒等人到館內追殺二人，兩人敵不過歐陽鋒，正身陷險境，幸念慈知悉此事，假扮黑衣人將楊康打傷，救兩人脫險。

楊康知是念慈救走郭靖、黃蓉，將念慈掌摑，但事後頗感內疚，答應念慈不再追殺二人。

黃蓉、郭靖避居破廟，原來周伯通與七公亦在廟內療傷，伯通帶上假面譜恫嚇二人，令黃蓉甚為氣結，與伯通賭氣，互不瞅睬。

七公一直欲吃得皇宮珍饈百味，黃蓉為使七公心願能償，遂與各人一同上路往皇宮；行至牛家村一破落酒帘外，屢被儍姑戲弄，黃蓉發覺儍姑諳桃花島武功，甚感疑惑。

黃蓉在酒帘櫃內發現一神秘洞穴，遂與郭靖等進內查探，赫然見師兄曲靈風等數人伏屍一鐵箱上，令各人更感撲朔迷離。

黃蓉見儍姑終日瘋瘋癲癲，又諳桃花島武功，猜想儍姑可能乃曲靈風之女，遂命周伯通加以照顧，伯通不肯，又與黃蓉賭氣。

郭靖、黃蓉為討伯通歡心，到鎮上購買玩物，但見一書生玩賞高宗題詞，郭靖想及岳飛之死與高宗有關，一時義憤填膺，將書生毆打一頓。

歐陽鋒、完顏洪烈與楊康等人為取得武穆遺書，同向皇宮進發，半途在客棧歇息，黃蓉不值眾人意氣風發，巧計令酒樓製造各種古怪菜色，以特別菜名戲謔各人。

黃蓉等四人偷進皇宮御廚大吃一頓，適巧歐陽鋒等人偷進水濂洞偷取遺書，雙方狹路相逢，再起爭鬥，郭靖不慎被楊康刺中要害，歐陽鋒又趁機向郭靖發掌，郭靖生命垂危，黃蓉不敢戀戰，保護郭靖回牛家村。

儍姑拔去郭靖身上匕首，令郭靖傷勢更重，後黃蓉在周伯通提點下，以九陰真功在密室內替郭靖療傷。

歐陽鋒等人從皇宮來到客店，以為偷得之錦盒內藏有武穆遺書，豈料錦盒空無一物，歐陽鋒準備再夜探皇宮。

郭靖在密室內聽見楊康與完顏洪烈說話，更恨楊康認賊作父，死性不改，欲與他拚鬥，但黃蓉勸止。

不久，黃藥師亦來到客店，黃蓉知是老父為尋找自己，孤身走遍天涯，念及親情，盼能與藥師見面，因而心神紛亂，險累及郭靖走火入魔，黃蓉無奈先為郭靖療傷。

歐陽克來到客店，從儍姑口中探知黃蓉、郭靖在密室內療傷，欲趁機將兩人殺死，幸念慈因搬運鐵心、惜弱之靈柩經過此地，見狀忙相助二人，但念慈不是歐陽克的對手，被他制服，並欲輕薄，幸被楊康發現，對歐陽克恨之入骨，卒用九陰白骨爪將歐陽克殺死。

楊康與念慈離去之際，卻見全真七子到來，楊康受丘處機責難，康詐稱搬運父母靈柩，七子亦信以為真。

華箏、拖雷為聯宋滅金之事來到宋境，遇楊康及全真七子，華箏問及郭靖近況，楊康詐稱已被黃藥師殺死，各人信以為真，誓要為郭靖報仇。

楊康在客店拾得黃蓉遺下之打狗棒，詭計再生，欲與念慈一同到岳州丐幫總舵，以打狗棒控制丐幫中人。

周伯通返回客店，遇黃藥師與歐陽鋒紛爭再起，七子見狀欲助伯通對付二人，無奈三人輕功甚高，瞬間不見蹤影，不久裘千丈到來，詐稱伯通己被藥師殺死，七子對藥師更為憤恨。

七子運氣練功，梅超風突至，七子以北斗陣圍困，超風漸處下風，藥師見狀，忙助徒兒，但亦被七星陣所困，歐陽鋒見狀，欲乘人之危，將七子中的譚處端擊斃，又以蛤蟆功一掌擊向藥師，超風捨身相救，死於歐陽鋒掌下。

江南五怪未幾亦到此地，藥師因愛徒慘死，情緒混亂，欲殺五怪以洩心頭之氣，幸郭靖、黃蓉療傷已畢，及時阻止，藥師與愛女重逢，仿如隔世。

黃蓉發覺遺失打狗棒，猜想楊康拾去，恐他藉此惹是生非，與郭靖一同到岳州。