알 수 없는 현상으로 혼돈에 빠진 세계, 아주 특별한 소년이 여기 있다. 아버지와 단둘이 외딴 숲에서 살아가는 거스. 생존의 기술을 배우며 거스는 궁금해진다. 철조망 너머, 금지된 세상이.

콜로라도에 가면 엄마가 있을까. 무작정 덩치 아저씨를 따라나선 거스. 남자는 마지못해 거스와 동행하는 신세가 된다. 한편, 필사적으로 아내를 지켜온 싱은 감당하기 어려운 과제를 받아 든다.

기차를 타면 콜로라도에 갈 수 있다. 하지만 기차가 지나는 곳엔 인간들이 있다. 그들의 눈을 피해 거스를 숨기려는 남자. 이웃의 파티에 참석한 싱 부부는 뜻밖에도 처참한 상황에 부딪힌다.

새로운 친구들을 만난 거스. 그들은 강하고 영리하다. 어른이 없어도, 충분히 살아남을 만큼. 하지만 아직도 나쁜 사람들이 남아있는 세상. 에이미는 그 무엇보다 소중한 이를 지키며 살아간다.

거스에게 새로운 동반자가 생겼다. 근데 기차를 타려면 위험한 지름길로 가야 한다고 한다. 그래도 열심히 나아가야지, 희망이 있으니까. 보호소를 꾸린 에이미는 마침내 다가온 위험을 감지한다.

그 자신과 아내의 생명이 걸려있다. 무모한 약속으로 살길을 찾는 싱. 콜로라도가 가까워지고 있는데, 거스는 무언가 잃어버렸다는 사실을 깨닫는다. 그리고 마지막 인류가 에이미를 위협한다.

어떤 이들은 쉽게 답을 찾곤 한다. 하지만 거스는 그렇게 운이 좋진 않다. 그곳에 가면 엄마가 기다릴 거라 믿었는데. 오래전 그들에겐 무슨 일이 있었던 걸까. 거스가 알던 세상이 무너진다.

이런 진실을 기대한 건 아니었는데. 무작정 달아난 거스는 성급한 결정을 내린다. 오래전 자신이 저지른 실수를 떠올리는 덩치 아저씨. 에이미는 홀로 보호소를 지키며 애벗 일당에게 맞선다.

동물원의 개 사육장에 감금된 거스. 다른 하이브리드 친구들과 함께 탈출 방법을 찾는다. 한편, 싱에게 치료제를 빨리 만들라고 재촉하는 애벗.

거스와 다른 아이들의 구출을 위해 껄끄러운 동맹이 맺어진다. 절박하게 해결책을 찾던 싱은 위험한 실험을 감행하고.

싱과 함께 외출한 거스가 충격적인 발견을 한다. 은신처를 찾아 병력을 강화하는 덩치 아저씨와 에이미. 베키는 새로운 친구와 가까워진다.

과거의 잘못을 회상하는 덩치 아저씨. 거스는 분노와 의심의 대상이 된다. 한편, 라니의 불안이 증폭되고, 베키는 기초 훈련을 시작한다.

거스를 이용해 본보기를 보여주는 애벗. 싱은 중요한 발표를 앞두고 연구에 몰두한다. 우연히 원수지간인 친구를 만난 베키.

구출 작전이 시작되자 동물원이 전투지대로 변한다. 혼돈의 도가니 속에서 어떤 가족은 다시 만나고, 어떤 가족은 헤어지게 된다.

안전한 피난처를 찾아 파란만장한 여정을 한 거스. 자신의 출생에 얽힌 진실을 알게 된다. 버디가 거스를 보호하기 위해 얼마나 멀리 갔는지도.

애벗의 계획을 알게 된 거스와 친구들. 하이브리드 아이들을 지키기 위해 애벗에게 맞서기로 한다. 그 어떤 대가를 치르게 되더라도.

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