시리즈 첫 화. 부하들이 스타플릿의 비밀 임무 수행 중 실종되자 파이크 선장은 사임 의사를 철회하고 돌아온다.

U.S.S. 엔터프라이즈호는 탐사 임무 중 거주민이 있는 행성과 충돌하게 될 혜성을 발견하고 궤도를 바꾸려 하지만 혜성 표면에 묻힌 고대 외계인의 유물이 이를 방해하는데.

누니언 싱 대위의 구조 요청을 받은 스팍은 동료를 돕기 위해 클링온과의 적대 행위가 재개될 위험을 무릅쓴 채 상부 명령을 어기고 U.S.S. 엔터프라이즈호와 승무원들을 분쟁 지역으로 데려간다.

우주정 사고로 외계인에 의해 벌컨 DNA가 제거되고 완전히 인간이 된 스팍. 전혀 준비되지 않은 상태에서 트프링의 가족과 중요한 의식 만찬을 치르는 상황을 맞닥뜨린다.

파이크 선장과 승무원들은 엔터프라이즈호에 탑승한 클링온 망명자를 환영하지만 그로 인해 충격적인 비밀들이 터져 나오기 시작한다.

U.S.S. 엔터프라이즈호의 파이크 선장과 승무원들은 연방 우주의 변방 식민지에 발생한 공격을 조사하던 중 막강한 적이 돌아왔다는 사실을 알게 된다.