때는 전국 시대. 관동관령의 저택에 붙잡힌 토와는 그의 신하인 소큐에게 10여 년 전에 있었던 요괴 네노쿠비 퇴치에 관한 이야기를 듣는다. 산사태로 무덤이 무너지면서 봉인이 풀린 네노쿠비는 사람들을 죽이며 머리를 가져간다. 퇴치를 의뢰받은 이누야샤 일행은 힘을 합쳐 네노쿠비를 물리치는데…