Der Generalgouverneur Kantōs hält jemanden gefangen, den er für die sogenannte Prinzessin der Halbdämonen hält. Zudem verdächtigt er seine Gefangene, wie einst eine gewisse Priesterin über den Knochenfressenden Brunnen in ihre Ländereien gelangt zu sein. Bei dieser Gelegenheit gibt der Teemeister des Gouverneurs eine Geschichte von dieser Priesterin zum Besten, die er vor über einem Jahrzehnt gehört hatte.

Die drei Halbdämonen-Prinzessinen sind Yotsume, dem vieräugigen Eulen-Yōkai im Dienste Kyūkis, dicht auf den Fersen, doch Kyūki hält eine Überraschung für sie bereit. Sie stattet Yotsume mit einer Regenbogenperle aus, die ihm erlaubt, in den Träumen der drei nach Schwachstellen zu suchen.

Riku erzählt die Geschichte der Geburt Towas, Setsunas und Morohas. Er schildert, wie zum Zeitpunkt ihrer Geburt eine Naturkatastrophe sondergleichen, die nur alle 500 Jahre eintritt, die Erde bedrohte und wie Sesshōmaru diese gemeinsam mit Inuyasha unschädlich machte. Und auch wie die Geburt der zwei Halbdämonen Towa und Setsuna sowie der Vierteldämonin Moroha andererots mit weniger Euphorie empfangen wurde.

Towa, Setsuna und Moroha gehen auf der Suche nach Bokusenō einem weiteren Tipp Jyūbeis auf den Grund. Außerdem erfahren wir, wie es dazu kam, dass Towas und Setsunas Mutter, Rin, im Baum der Zeitalter eingeschlossen ist. Riku ist derweil weiter auf der Suche nach den Regenbogenperlen, um diese Zero zu beschaffen. Doch als er sie ihr bringt, erhält er nicht den Dank, mit dem er gerechnet hatte.

Moroha, Setsuna und Towa stehen vor der Barriere am Berg Musubi. Sobald sie diese betreten, werden die drei jedoch von einander getrennt und seltsame Dinge geschehen. Es dauert nicht lange, bis Moroha den Baum der Zeitalter findet und mit ihm ein mysteriöses Mädchen. Towa und Setsuna irren derweil weiter innerhalb der Barriere herum, die ihnen beiden eine Frage stellt, die sie korrekt zu beantworten haben, sonst können sie diese nie mehr verlassen.

Moroha wird klar, dass sie, solange der Mond am Himmel steht, keine Chance gegen Mamiana Shōgen und seinen Vollmond-Tanuki haben. Doch glücklicherweise steht eine Neumondnacht an. Was allerdings für Towa und nun, da sie wieder träumt, auch für Setsuna bedeutet, dass sie für eine Nacht ihre Kräfte verlieren. Dummerweise hält das Yōkai nicht davon ab, ihnen das Leben schwer zu machen.

Nun, da Zero ausgeschaltet ist, beschließen Towa und Setsuna zu ihrer Mutter zurückzukehren. Moroha fordert derweil Kirinmaru zum Kampf, nachdem dieser ihr die schwarze Regenbogenperle abgenommen hat, in welcher sich ihre Eltern Inuyasha und Kagome befinden. Und auch Rion und Riku schmieden einen neuen Plan.

Infolge des Kampfes gegen Kirinmaru geschwächt, befördert Sesshōmaru mit seinen letzten Kräften Towa, Setsuna und Moroha in die schwarze Regenbogenperle, in die er Jahre zuvor bereits Morohas Eltern, Kagome und Inuyasha, befördert hat. Und so sehen sich Moroha, Kagome und Inuyasha nach 14 Jahren endlich wieder. Derweil ist jedoch Kirinmaru auf der Suche nach der schwarzen Perle sowie nach Sesshōmaru, um ihm den Rest zu geben.

Während sich Sesshōmaru mit letzten Kräften Kirinmaru entgegenstellt, versuchen Towa, Setsuna und Moroha gemeinsam mit Kagome und Inuyasha einen Weg aus der schwarzen Perle zu finden. Anderenorts treffen Takechiyo und Shippō gemeinsam im Dämonenjäger-Dorf ein und treffen dort auf alte Bekannte.

Towa gelang es zwar, Sesshōmaru zu retten, doch dabei hat sie all ihr Kon, ihre geistige Energie, aufgebraucht. Andererorts verbringt Moroha etwas Zeit mit ihren Eltern, die sie endlich wiedergefunden hat. Und die Yōkaijäger sowie Miroku, Sango und ihre beiden Töchter bereiten sich auf einen Kampf gegen Kirinmaru vor.

Towa, Setsuna, Moroha und Kirin-sensei versuchen alles, um zu verhindern, dass Yōreisei auf die Erde stürzt. Anderenorts suchen Rion und Riku nach einem Weg, Kirinmaru aufzuhalten. Und auch die Dämonenjäger um Kohaku sehen sich in der Sengoku-Zeit einem erbitterten Kampf gegen anstürmende Yōkai ausgesetzt.

Kirin-sensei bringt Yōreisei in die Sengoku-Zeit mit der Absicht, mit seiner Hilfe sämtliche Yōkai auszulöschen. Was selbstverständlich auch Towas, Setsunas und Morohas Väter beinhaltet: Inuyasha und Sesshōmaru. Doch das Tor, durch das die drei durch die Zeit gereist sind, lässt sich nicht mehr öffnen. Während die drei in der Neuzeit festsitzen, beginnt so nun das Zeitalter des Untergangs in der Sengoku-Zeit.

Der Yōrei-Schmetterling droht sämtliche Yōkai in der Sengoku-Zeit auszulöschen. Kirin-sensei behauptet, dies sei Rions Wunsch, die mit dem Yōrei-Schmetterling verschmolz. Riku hingegen ist überzeugt, dass Rion sich wünscht gerettet zu werden. Also begeben sich Towa, Setsuna und Moroha in den Yōrei-Schmetterling, um Rion zu retten, während die anderen versuchen, ihn von außen aufzuhalten.

Während Towa Kirin Osamu konfrontiert, versuchen Setsuna und Moroha Rion zu befreien, indem sie die sichtbaren Schicksalsfäden zertrennen. Jedoch ohne großen Erfolg, sodass Towa, als sie zu ihnen stößt, einmal mehr nichts anderes übrig bleibt, als Zanseiken einzusetzen. Anderenorts tragen Kirinmaru und Sesshōmaru ihr finales Duell aus.

Nachdem der Yōrei-Schmetterling bezwungen ist, können sich Towa, Setsuna und Moroha zum ersten Mal seit langer Zeit eine Verschnaufpause gönnen, in der sie Zeit haben über all die Dinge nachzudenken, die geschehen sind. Doch es dauert nicht lange, bis der Leichenhändler Jyūbei von einem mysteriösen jungen Mann aufgesucht wird, der unsere Halbdämonen-Prinzessinnen anheuern möchte, um ein Yōkai zu beseitigen.