魔物の活発化や犯罪の増加、民間人の重火器類の所持禁止決定などにより帝国軍の影響が強まるなか、

帝国軍人となった青年・レオカディオ。彼は初めて兵営に向かう途中、港の倉庫でイヌマエルという青年を手伝い、荷物の搬入を行う。そこで積み込まれたふたつの木箱。その中身がふたりの運命、そして帝国の歴史を激変させるものとも知らず、

イヌマエルとレオカディオは握手を交わして別れ、それぞれの道を歩み始める。

自身の意図に反して、イヌマエルは重火器の違法所持に脱獄、さらに殺人と罪を重ね続け、帝国軍に追われる立場に。状況に流されるまま密輸組織ヘッドキーパーのアルノルト率いるチームと行動を共にすることになった彼は、組織の拠点が存在する地方都市に立ち寄る。一方、目前で幼馴染のザイツを殺されたレオカディオは、帝国軍人として、指名手配されたヘッドキーパーの行方を追う。

イヌマエルの機転もあり、ヘッドキーパーの面々は潜伏先の都市から無事に脱出し帝国の追撃を逃れた。彼らは支援者のいるグートハイル領へ向かう途中、魔物の脅威にさらされている村で人探しを手伝う。その頃、帝都で諜報活動を行っていたヘッドキーパーのエルフリーデは帝国議会に侵入。そこで組織内に帝国議員と通じている内通者の存在と怪しげな金の流れを知った彼女は、さらなる調査に乗り出す。

ヘルマンの指示で、レオカディオはイヌマエルの妹・シセルが住む村を訪問。イヌマエルが犯した罪を説明し、彼女を帝都まで連行する。その頃、エルフリーデはヘッドキーパーから帝国議会に流入している資金について調べるため、とある廃病院に潜入する。その奥に存在する研究所で、彼女は資金の行方と、帝国全土で脅威になっている魔物に関する資料を目にするのだった。

“民衆の代弁者”マリー・バルト議員による要請で、帝国軍は民衆に武器を提供するヘッドキーパーの一斉検挙に乗り出す。そんな中、組織の支部長から次の行動の指示を聞くため、グートハイル領を訪ねるアルノルトたち。イヌマエルは支部長への手土産を手に入れるため買い物に向かい、シャアケはとある物を探しにグートハイル領を収める父が待つ実家へと立ち寄る。

「雷火病に関する重大な情報を得た」と報告したのち、消息が途絶えたエルフリーデ。彼女を含む潜入者たちの行方を捜索するため、支部長・ジェイドからの指示でアルノルトたちは帝都に向かう。しかしそこにはヘッドキーパーを捕らえようとする多くの帝国軍が待ち受けていた。そして廃病院への侵入作戦中、イヌマエルは因縁の相手であるレオカディオの姿を発見する。

“光”を扱う人体実験で生み出された多数のモンスター。その異形の存在が廃病院地下の研究所を抜け出し、ヘッドキーパーの捕縛作戦を行っていた帝国軍や、街の人々に次々と襲いかかる。各地が混乱を極める中、イヌマエルは仲間のイルマと大急ぎで街を脱出する。しかしふたりがようやく辿り着いた郊外の立ち入り禁止区域には、彼らを追うヘルマン隊、さらにモンスターと化したエルフリーデが迫っていた。

ヘッドキーパー捕縛作戦を手引きしたマリー・バルト議員は、帝都の大混乱をよそに皇帝から新都フィクツィオンにおける全政務を任されていた。一方、フリーレンの炎の脅威に晒される地下道からの脱出を図るイヌマエルとコンラッドは、シセルを人質として連れたヘルマンに遭遇する。そこにエルフリーデが乱入。イヌマエルと帝国軍、モンスターの三つ巴の死闘が始まる。

シャアケやレオカディオの助けもあり、エルフリーデとヘルマンの脅威から逃れたイヌマエル。正気を取り戻したエルフリーデから一連の事件に関する伝言を預かった彼は、ヘッドキーパーの面々と共に新都に向かい、聖騎士ゲオルグ・エステルハージ伯爵に面会を求める。その頃、ヘッドキーパーとの束の間の交流で帝国に疑念を抱いたレオカディオは雷華病について調査し始めた。

帝都中央区を囲む塔の建設に魔物やフリーレンの炎の活性化、新都への遷都計画……すべての事象に深く関わるマリー・バルト上級議員。彼女が反皇帝派の中心人物であることを告げたゲオルグは、イヌマエルたちにマリーの反逆の証拠と“光”を誘引する装置の確保を依頼する。時を同じくして、レオカディオは機密情報違法取得の罪で刑務所へ。その地下にある独房にはシャアケの母・ミネルバが囚われていた。

ミネルバからルミナス種子を帝都外に持ち出すよう頼まれたレオカディオ。彼はモンスターに変体したヘルマンの猛攻を逃れ刑務所を脱出し、イヌマエルたちと合流する。そしてマリー・バルトの企みを阻止するべく、レオカディオはオリジナルのルミナス種子を奪うため帝国軍本部に、イヌマエルはマリーとヘッドキーパーのつながりを示す証拠を探すため薬品開発機関に潜入を図る。その裏で、イヌマエルの雷華病は着実に進行していた。

ヘッドキーパーの裏切り者・フリッツがルミナス種子を発動させ、帝都は“光”の柱に貫かれる。その影響で街は廃墟と化し、出現したモンスターは生き残った人々を襲い始めた。そうした脅威を帝都ごと封印するための結界“揺り籠”が発動する中、レオカディオはモンスターへと変貌しつつあるイヌマエルと対峙する。ふたりの最後のやりとりは、ひとつの物語の終わりと、ひとつの物語の始まりを意味していた。