鹿计是一名公务员的年轻男子，却被调到一个特殊的处所，特民处的分处担任文书专员，在分处里，鹿计发现这世界上除了人类以外，还有另一种有智慧能够思考的生命──妖怪，他虽然是学习生态相关的科系，却没想到接下来要处理人类与妖怪的纷争，面对拥有强大异能的人形妖怪：文龟大人，鹿计在一场与文龟的打斗中，差点把自己的命都搞丢了。

鹿计在生命危险中，发现自己竟然拥有了与妖怪相同的异能，他开始怀疑，自己来到特民处的原因，似乎不若表面单纯，鹿计开始追寻在自己生命中缺席的那个人的下落，也就是他的父亲。但特民处的又接到危险任务，在草漯沙漠出现狂风，而当地听说有两只妖怪，名为碧龙与赤虬，鹿计与同事林谐平前往调查，却发现狂风的源头，是因为碧龙与当地的人类女子相恋……

鹿计看着自己唯一拥有的父亲照片，联想到自己头顶上司特民处处长，毛杏巖。他找上毛杏巖，却得不到答案，而此时特民处又接获通报，有人看见幻象，认为自己死去多年的妻子死而復生，而根据特民处的纪录，这是一种名为墓坑鸟的妖怪所为，但这只妖怪是鹿计同事秦嘉薇的好友，特民处内对于墓坑鸟的处置产生了分歧。

特民处总部内开始推动妖怪列管专案，这个专案需要各处的处长签名，但毛杏巖坚决不同意，部长白淳看他不顺眼，打算将他弄走……鹿计追寻父亲的下落，找到了一名当年报导过父亲纵火案件的老记者，但没想到在他拜访老记者时，老记者的太太却忽然发病，鹿计与救护人员甚至来不及将她送到医院，老记者的太太就化为蝴蝶，鹿计察觉这是一桩关于妖怪疟鬼的案件，他遵从毛杏巖的指示留下众人，但救护车司机却重伤濒死，而且前来支援的林谐平与疟鬼有杀母之仇……

毛杏巖因为隐瞒疟鬼的事件被开除，白淳暂代了分处处长的位置。

鹿计从老记者处得知，自己父亲的妖怪身分，且当年就是被特民总部带走，鹿计确定了自己是妖怪与人类生下的孩子，他内心忧虑自己是不是也有可能跟父亲一样，不被人类社会所接受，他开始常往山上跑，但在山上他遇见了一只受伤的妖怪火麒麟，这只妖怪没有人形，但在与鹿计的多次接触之后，牠竟化身为人类，还是个女孩子，她跟着鹿计下山，拿她没办法的鹿计只好带她体验人类的生活，但妖怪不懂人类的规则，在冲突中伤害了人类，引来特民处的注意，鹿计还把她藏在分处里，火麒麟的处境越来越危险。

暂代分处处长的白淳，在处理妖怪大雷蛰的事件时，无意间说出毛杏巖而二十年前也曾对妖怪很恶劣的事情，让鹿计联想到自己的父亲也是于二十年前被特民总部逮捕，他试图询问白淳，却反而引起白淳的疑心，开始怀疑鹿计的身分，鹿计虽然在同伴的掩护下，完成了大雷蛰託付的案子，但他与大雷蛰的儿子说话时，却被白淳的手下发现，证实了鹿计的妖怪身分。

得知鹿计的妖怪身分，白淳并没有立刻揭发，反而以此做为要胁，强迫毛杏巖回到分处，接下运送妖怪地牛的任务，毛杏巖与分处的伙伴们没有选择，只好开始计画，将居住在西部的地牛，送至东部新家，但因为地牛只要有强烈的情绪波动，就会引发大地震，因此大家严阵以待。只是他们不知道，这其实是一场阴谋，白淳准备在东部接收地牛之后，杀掉这只阻碍财团发展的妖怪。

因为运送过程，赵鲁桂的死，而让地牛伤心大哭，引起全岛大地震，毛杏巖不得已杀了地牛，他的举动让鹿计无法谅解，白淳也已此作为原因逮捕毛姓巖，鹿计此时更知道了毛杏巖的秘密，当年杀害他父亲的人，就是毛杏巖，而灰心离开特民处，想到山上过清静的生活，但白淳派出的手下却惹怒鹿计，鹿计认为一昧的逃避无法解决问题，他打算将特民总部连根拔起，彻底摧毁这个以守护妖怪为名，实则迫害妖怪的人类机构！

他准备大开杀戒，彻底抛弃自己人性的一面……