聖瑪格諾利亞共和國。國民們表面上過著平靜的生活，然而背地裡卻有許多生命遭受到摧殘。為了與鄰國·齊亞德帝國無人戰鬥機的入侵相對抗，共和國也製造出了無人機，但那並不是真正的無人機。所謂的無人機裡面還搭載著被稱為86的少年少女們，他們日夜不間斷地持續作戰。並不認同這種現狀，並想要靠近他們的共和國軍少佐蕾娜，被任命為精銳部隊·先鋒部隊的管制。但是，戰隊隊長身上有著摧毀指揮管制官負責人的奇怪傳聞…

指揮官的替換對於在殘酷戰場上頑強生存的“86”們來說，是十分常見的事情。但是身位白系種（阿魯巴）卻想要積極和“86”們交流的蕾娜，對他們而言很稀奇。他們身在一個何時和＜軍團＞開戰都不奇怪的環境裡，在沒有戰爭的時候收集食物、看書或是發呆。突然管制室通過知覺同步向先鋒戰隊全隊通報了敵襲的消息…

狩獵、做飯、洗衣。就算是無時無刻都要面對殘酷戰鬥的先鋒戰隊，偶爾也能有熱鬧平穩的日常。可蕾娜萬分珍視和朋友們一起度過的日子，他們同甘共苦，一次次成功逃離死神的魔爪。她暗戀著辛，也對那個突然出現並不斷嘗試和隊員們深入交談的指揮官蕾娜十分不快。蕾娜每晚都會在特定時間和隊員們進行知覺同步。可蕾娜和部分隊員以冷淡的態度應付著蕾娜，但凱耶卻對蕾娜很感興趣，開始和她聊起自己的生活…

從蕾娜口中說出的，對先鋒戰隊戰死者的哀悼。以這句話為導火線，賽歐將至今為止壓抑在內心的怒火全部對蕾娜發洩了出來。雖然萊頓制止了他讓他冷靜了下來，但是除他以外的隊員們也開始對蕾娜產生了厭惡和反感。先鋒戰隊的隊員們一直生活在這九死一生的世界裡，即使在凱耶死亡後，他們的日常生活也沒有太大的改變。賽歐也因為和蕾娜的交談而回憶起了自己過去遇到過的一個人。

革命祭即將到來的聖瑪格諾利亞共和國。阿奈特囑咐拒絕去看宴會禮服邀請的蕾娜“你盡全力幫八十六也無濟於事”。雖然蕾娜對於戰時去參加舞會有些猶豫，但辛對她說“你在牆裡做什麼都不會影響我們”，於是她雖心有不願，還是決定參加。收到敵襲警報後，蕾娜急忙做好了管制準備，但辛卻告知她“希望這次你能切斷感官同調”

烈日當頭的夏日，先鋒戰隊一如既往地經過某處。那裡是他們以前被分配到先鋒戰隊後，大家在櫻花盛開的季節一塊賞花的地方。從不同的部隊分配到這裡的少年少女們，在僅僅四個月前還沒有被〈軍團〉襲擊的夜晚裡，情緒高漲地聊著心儀的對象，因發現了流星而興奮不已。隊員們的確很懷念那場與伙伴們享受的短暫宴會。

通過與辛的感官同調，蕾娜聽見了「黑羊」的聲音。就連在管制中也流露出對感官同調的躊躇與恐懼，少年少女們被軍團奪取生命的那一霎的臨終痛苦，影響到蕾娜的內心。在依然嚴峻的戰況中，隊員持續戰死，為剩餘隊員的負擔日益加劇的狀況感到擔憂的蕾娜，為了能直接商討無論何時都無法實行的人員補充的緊急對策，向卡爾修塔走去……。

辛告訴了她先鋒戰隊的真相——先鋒戰隊被分配到的「特別偵查任務」。得知後的蕾娜想盡辦法阻止任務執行，當她尋求阿奈特的幫助時，被拒絕道：“我也無能為力”。面對據理力爭的蕾娜，阿奈特最終露出怒氣，開始講述她以前的「某戶鄰居」與〈陣列器〉的真相。

在與“牧羊人”的戰鬥之後，開始超越的人終於脫離了共和國的控制。在不再強迫戰鬥的環境中，Fido 和成員們繼續取得不可靠的進展，同時享受著大自然的轉變，這不是一次匆忙的旅行。但軍團的威脅總是在他們身邊。在旅途中，成員們從 Fido 那裡聽說附近有一座城市，並決定順便順便看看發生了什麼事。在那裡，進聽到了某個聲音。

帶著他們的驕傲和對分散的同伴的誓言，他們從未停止過。就算你的武器彈藥用光了，和你在一起很久的菲多也是一敗塗地。然後他們到達了最後的地方。與此同時，留在共和國的莉娜終於登陸了她的土地。在真正的先鋒中隊基地，沒有越過傘兵，她感受到了剩餘成員的微弱跡象……

分別半年後，由於擅自使用軍隊的迫擊炮，蕾娜從少校降級到上尉，不過她心懷辛他們先鋒戰隊的遺志，至今仍指揮新的部隊與〈軍團〉作戰。而且在「特別偵查任務」中與〈軍團〉交戰至倒下的辛等人，雖身負重傷，但在他們恢復意識之後，等待他們的將是……

被吉亞迪聯邦保護了一個月，辛等人要嘛打工，要嘛上烹飪課，過著「普通少年、少女」的日子。大街上各處都是他們迄今為止未有過的「安穩日常」。然而，他們眼觀這一切的表情似乎有些陰沉……。他們隨心所欲地見識城市的情況，並下定了決心。

辛等人決定入學特別軍官學校。曾作為先鋒戰隊的一員從殘酷戰場生存下來的辛，在特軍校也發揮出自己的戰鬥能力，讓周圍的同學都感到驚訝。不過，作為習慣了戰鬥的〈八十六〉，從辛的眼神絕對不只找得到溫暖。在這樣的情況下，在鄂北分配到的部隊中，辛與在圖書館相遇的青年·尤金重逢了……

從特軍校畢業後，辛等人因為其優異的戰鬥能力，每天都被派往救援其他部隊。久違被召集到基地的他們，從格蕾特那聽到了〈軍團〉即將發起大規模攻勢的預測。已經察覺到〈軍團〉動向的辛，向格蕾特等人匯報〈軍團〉數量遠超他們想像。

〈軍團〉的大規模攻勢終於開始了。在出擊陣地，北極光戰隊的隊員們目睹的是淹沒地平線般湧來的〈軍團〉大軍。在兵力與攻擊力都遠超聯邦軍的〈軍團〉齊攻之下，西部戰線……

雖然擊退了大規模攻勢，但因為突然射來的遠距離炮擊，吉亞迪聯邦的前線部隊遭受巨大的損失。根據推測，敵軍的武裝是「電磁加速炮」。曾沉重打擊辛等先鋒戰隊的、弗雷德莉卡的騎士……

面對前所未有的強大〈軍團〉，聯邦作出了某個決定。聯邦軍人被明日可能迎來死亡的緊迫感纏繞，但辛卻顯得一副心不在焉的樣子……

為討伐〈電磁加速炮型（閃蝶）〉，辛等北極光戰隊的十五人被選出參與孤軍突破〈軍團〉控制區的決死作戰。〈八十六〉少年少女們艱難抵達了聯邦，卻依然站在了最前線，參與九死一生的作戰。弗雷德莉卡為這場把性命拋在一旁的作戰憤憤不平……

為了保護故鄉和家人，聯邦軍沒有撤退。他們在前線與敵死鬥的模樣，也透過無線電傳達給了辛等人。紛紛調零的士兵們相信〈八十六〉會開闢出一條活路的。不過在〈尼塔特〉前進的路上，也有無法迴避的〈軍團〉擋住去路。為了避免戰鬥，將辛他們送到〈閃蝶〉那邊，格蕾特……

在之前的大攻勢和反擊閃蝶之戰，辛都發生了異常。面對讓人聯想到與哥哥戰鬥時、渾身開始散發著危險的辛，萊頓告訴他要帶著弗雷德莉卡一起撤退。失去了在聯邦得到的新同伴，他再次承擔起“死神”的職責。自己託付的蕾娜如今生存的希望渺茫，能讓失去依託的辛維持下去的東西是……

集各國之全技，反擊〈閃蝶〉作戰將至。擔任先鋒的是〈八十六〉少年少女們。不過前往〈閃蝶〉的路上，有多重〈軍團〉的攻擊所擋。為多讓一個人抵達目標，同伴們承擔誘餌之職，不斷減員……

在他們賭上性命開拓的道路前方，辛終於與〈閃蝶〉對峙了……

雖然一路上與同伴分別，但辛最終來到了〈閃蝶〉那邊，繼續著他們的決死攻防戰。這時候突然降下的小口徑榴彈支援炮擊以及弗雷德莉卡的決死行動，讓〈閃蝶〉露出了些許破綻。辛穿越〈閃蝶〉從高處傾瀉而下的鋼絲的斬擊，飛到了它的上方，對著囚禁著桐谷的中央處理器打出了最後一擊。不過在他準備叩響扳機的那一瞬間，辛的耳中聽見了一個“聲音”……

成功完成〈閃蝶〉討伐作戰，辛他們履行了「活著回到聯邦」的約定。謳歌了短暫的休息之後，希望重返前線部隊的他們收到了厄倫斯特的通知。越過共和國的絕命戰場，在他們費勁來到的聯邦有新的相遇。戰鬥、苦惱、以及在前方望見的一絲希望，少年少女們的故事開始一步步向前進展。在他們不斷前行的旅途盡頭，映入眼簾的是……