산마그놀리아 공화국. 국민들이 누리는 평온한 생활의 이면은 수많은 생명의 희생으로 얼룩져 있었다. 이웃 나라 기아데 제국의 무인 병기 '레기온'의 공격에 대응하기 위해 공화국이 만든 무인 병기 '저거노트'. 하지만 무인이라는 건 이름뿐이었다. 그 기체에는 '에이티식스'라고 불리는 소년소녀들이 탑승해 밤낮없이 전투를 계속하고 있었던 것이다. 이러한 현실을 잘못됐다고 생각하고 그들에게 다가서고자 하는 공화국군 소령 레나는 정예 부대 '스피어헤드 전대'의 관제를 명령받았다. 하지만, 그 부대의 대장인 언더테이커와 엮인 지휘관제관들은 하나같이 좋은 꼴을 못 본다는 기묘한 소문이 있었는데.

담당 핸들러 변경. 그것은 가혹한 전장에서 오랫동안 살아남아온 에이티식스들에게는 딱히 특별한 일이 아니었다. 그런 그들에게도 백계종(알바)인데 자신들과 적극적으로 커뮤니케이션을 하려고 하는 레나의 존재는 평범하지 않게 다가왔다. 언제 레기온과의 교전이 벌어져도 이상하지 않은 상황 속에서 지내면서도 식량 조달에 나서거나 독서를 하거나 하면서 제각각의 일상을 보내는 부대원들. 그런 가운데 스피어헤드의 모든 부대원들에게 세오로부터 패러레이드를 통해 적군이 습격했다는 소식이 전해졌는데.

사냥을 하고, 식사를 만들고, 빨래를 한다. 밤낮없이 가혹한 전장에 뛰어드는 스피어헤드 전대에게도 활기차고 평화로운 일상은 있었다. 크레나는 같은 처지인 데다 함께 수많은 삶과 죽음의 경계를 오갔던 동료들과의 일상을 소중하게 여기고 있었다. 신에게 남몰래 연심을 품고 있었던 크레나는, 갑자기 나타나서는 부대원들과 교류하고자 하는 레나의 존재가 그리 달갑지만은 않았다. 매일 밤 정해진 시간에 이루어지는 레나와의 연락. 크레나를 비롯해 레나를 상대로 차가운 태도를 취하는 부대원들도 있는 가운데, 카이에는 레나에게 흥미를 느껴 자신들의 생활에 대한 이야기를 시작했는데.

레나의 입에서 나오는 스피어헤드 전대의 전사자 명단. 그 말이 계기가 되어 세오는 지금까지 마음속 깊은 곳에 감추고 있었던 분노를 레나에게 쏟아내었다. 결국에는 라이덴이 세오를 달래게 되면서 진정이 되었지만, 그뿐만이 아니라 다른 부대원들도 각각 레나에 대한 혐오감과 분노를 드러내고 있었다. 그렇게 카이에가 전사한 후에도, 언제나 죽음과 이웃한 세계에서 살고 있는 스피어헤드 전대에게 있어서 변함없는 일상이 흘러갔다. 그런 가운데 세오는 레나와의 일을 통해 과거에 만난 적 있는 어떤 사람에 대한 기억을 곱씹고 있었는데.

혁명제의 시기가 다가오는 산마그놀리아 공화국. 파티용 드레스를 보러 가자는 제안을 거절한 레나에게 아네트는 '에이티식스에게 힘써봤자 다 소용없는 짓이다'라고 못을 박았다. 레나는 전시 상황에 파티에 가는 것을 주저하고 있었지만, 신에게서 '벽 안쪽에서 뭘 해도 이쪽에 영향은 없다'라는 말을 들어 결국 파티에 참가하기로 결정했다. 그때 적들이 습격해왔다는 보고가 들어와 레나는 바로 관제를 할 준비를 하지만, 신에게서 '이번엔 패러레이드 연결을 끊어줬으면 한다'라는 말을 들었는데.

햇볕이 강하게 내리쬐는 어느 여름날. 여느 때와 다름없이 전장으로 향하고 있던 스피어헤드 전대는 어떤 장소를 지나가게 되었다. 그곳은 과거 그들이 스피어헤드 전대에 배속된 직후, 벚꽃이 피는 계절에 모두가 함께 꽃구경을 했던 장소였다. 각자 다른 부대에서 이쪽 지방으로 모이게 된 소년소녀들. 마음 쓰이는 상대의 이야기에 들뜨거나, 별똥별을 보면서 떠들곤 했던, 레기온의 공격이 없었던 불과 4개월 전의 밤. 동료들과 함께 잠깐의 연회를 즐겼던 것을 부대원들은 그리워하며 그때의 기억을 떠올리고 있었는데.

신과의 패러레이드 연결을 통해서 '검은 양'의 목소리를 들은 레나. 관제 중인데도 불구하고 패러레이드에서 망설임과 두려움이 흘러나올 정도로, 레기온에게 목숨을 빼앗기는 순간의 소년소녀들의 단말마는 레나의 마음에 큰 영향을 끼쳤다. 여전히 혹독한 전황 가운데 부대원들도 하나둘 전사해, 남아있는 부대원들의 부담도 나날이 늘어가는 상황. 레나는 이를 보다 못해 이루어질 기미가 안 보이는 인원 보충을 독촉하기 위해 칼슈타르와 직접 담판을 지으러 나섰는데.

신에게서 듣게 된 스피어헤드 전대의 진실. 그 스피어헤드 전대에게 특별 정찰 임무가 내려졌다. 그 존재를 알게 된 레나는 어떻게 해서든 임무를 중지시키기 위해 도움을 요청하러 아네트에게 찾아갔으나, 아네트는 이러한 레나의 부탁을 '내가 할 수 있는 건 아무것도 없다'라는 말로 일축했다. 그럼에도 매달리는 레나에게 결국 화를 낸 아네트는 한때 이웃이었던 '어떤 가족'과 '레이드 디바이스'의 진실에 대해 이야기를 시작했는데.

결국 '특별 정찰 임무'를 개시하게 된 살아남은 에이티식스들에게 신의 이름을 부르는 무시무시한 목소리가 들려왔다. 신은 자기도 모르게 몸을 떠는 부대원들에게 레기온들을 따돌리면서 숲속으로 나아가라고 말한 뒤 홀로 '양치기'와의 전투에 임했다. 중요한 때에 자신을 의지해주지 않는 신에게 라이덴은 약간의 아쉬움을 느꼈으나, 그래도 나머지 적들을 상대로 함께 싸우는 걸 선택했다. 양치기의 지시에 따라 신에게서 떨어져 차례로 습격해오는 방대한 수의 레기온 앞에서 숨을 죽이는 부대원들. 그때, 패러레이드가 연결되었는데.

양치기와의 전투 이후 그 앞으로 이어진 길을 나아가기 시작한 부대원들은 드디어 공화국의 관제에서 벗어났다. 강제로 싸울 필요가 없어진 환경 아래서 앞길을 서두를 필요도 없는 자유로운 여행을 즐기며 전진을 계속하는 부대원들과 파이드. 하지만 레기온의 위협은 언제나 그들 곁에 있었다. 그렇게 한창 나아가던 중 파이드로부터 근처에 도시가 있다는 걸 듣고, 상황을 볼 겸 그곳을 지나가기로 결정했다. 그곳에서 신은 어떤 목소리를 듣게 됐는데.

스스로에 대한 자부심과 먼저 떠나간 자들에 대한 맹세를 가슴에 품고, 그들은 마지막까지 나아가는 걸 멈추지 않았다. 탄약을 다 써버리고, 오랫동안 함께했던 파이드가 파손되어 그들의 곁을 떠나게 되어도. 그렇게 그들은 최후의 장소에 도달했다. 한편 공화국에 남겨진 레나는 드디어 한때 그들이 밟았던 땅에 내려섰다. 패러레이드를 통해서가 아닌 진짜 스피어헤드 전대 기지에서 그녀는 희미하게나마 남아있는 부대원들의 자취를 느꼈는데.

그때의 작별로부터 반년. 군의 요격표를 무단으로 사용한 죄목 때문에 레나는 소령에서 대위로 강등당했지만, 신 일행 및 스피어헤드 전대의 유지를 가슴에 품고 새로운 부대에서 지금도 끊임없이 이어지는 레기온과의 싸움을 지휘하는 데 열중했다. 그리고 특별 정찰 임무를 진행하는 가운데 레기온과의 교전 끝에 전장에서 쓰러져버린 신 일행. 중상을 입은 가운데 의식을 되찾은 곳에서 그들을 기다리고 있었던 것은.

기아데 연방의 보호를 받게 된지도 한 달. 신 일행은 아르바이트를 하거나 요리 교실에 다니는 등 그 나이대의 평범한 소년 소녀로서의 나날들을 보내고 있었다. 도시 여기저기에 펼쳐져있는 것은 그들이 지금까지 살면서 보내본 적이 없었던 '평범한 일상'. 하지만 그걸 바라보는 그들의 표정은 개운하지만은 않았고... 제각각 도시의 모습을 지켜보면서 지낸 그들은 어느 결의를 다지게 되었는데.

특별 사관 학교 입학하기로 결정한 신 일행. 한때 스피어헤드 전단의 일원으로 가혹한 전장에서 살아남아 온 신은, 특별 사관 학교에서 그 전투 능력을 발휘해 주변을 놀라게 했다. 하지만, 전투에 익숙한 '에이티식스'인 신에 대한 시선은 결코 따뜻하지 않았다. 그런 상황 속에서 부대에 배속된 신은 도서관에서 만난 적 있는 청년 유진과 재회를 이루었는데.

특수 사관 학교 졸업 후, 신 일행은 각자가 뛰어난 전투력을 가진 것 때문에 각각 다른 부대로 지원을 나가는 나날들을 보내고 있었다. 오랜만에 본거지에 모인 그들은 그레테로부터 머지않아 레기온의 대규모 공격이 예측된다는 사실을 듣게 되었다. 이미 레기온의 움직임을 파악하고 있었던 신은 레기온의 군세가 그레테가 예상하는 규모를 한참 뛰어넘는다는 것을 전했는데.

마침내 레기온의 대규모 공세가 시작되었다. 출격한 곳에서 노르트리히트 전대원들이 마주한 건, 지평선을 가득 메우며 그들을 향해 몰려오는 레기온의 대군이었다. 병력도 공격력도 연방군의 그것을 아득히 상회하는 레기온의 일제 공격을 받은 서부 전선은.

대규모 공격을 버텨내었지만 갑자기 날아온 장거리 포격으로 인해 매우 큰 피해를 입은 기아데 연방의 서부전선. 적의 무장은 '레일건'으로 추정되었다. 과거에 신 일행을 반쯤 죽음으로 몰고 갔던, 프레데리카의 기사이자 지금까지 찾아볼 수 없었을 정도로 강력한 레기온에 대해 연방은 어떤 결단을 내렸다. 연방 군인들이 내일 찾아올지도 모르는 죽음에 대한 긴장감에 사로잡혀있는 가운데 신의 마음은 다른 데 가 있는 듯했는데.

전자가속포 레기온 '몰포' 토멸. 레기온이 지배하는 영역을 단독으로 돌파해 나아가는 결사의 작전에, 신 일행을 비롯한 노르트리히트 전대원 15명이 선발되었다. 이곳 연방에 겨우 다다랐지만, 다시 한번 최전선에서 절망적인 생존률인 작전에 임하게 된 '에이티식스' 소년 소녀들. 목숨을 돌보지 않는 그 작전에 프레데리카는 분개했는데.

앞서 이루어진 대공세. 그리고 몰포와의 싸움에서의 신의 이변. 과거에 형과 싸울 때를 방불케 하는 위태로움을 보이기 시작한 신에게, 라이덴은 프레데리카를 데리고 물러나라고 말했다. 연방에서 얻은 새로운 동료를 잃고, 다시 한번 지게 된 '사신'으로서의 역할. 스스로를 맡겼던 레나의 생존도 절망적인 가운데 기댈 곳을 점점 잃어가는 신을 붙들어 매주는 것은 과연.

각 국가가 각자 가지고 있는 모든 기술들을 총동원해서 몰포 토벌 작전에 임했다. 그 선봉 역할을 맡은 것은 에이티식스인 소년 소녀들. 하지만 몰포로 나아가는 길은 셀 수 없이 많은 레기온들의 공격에 가로막혔다. 한 명이라도 더 많이 앞으로 나아가게 하기 위해 미끼 역을 맡은 동료들이 하나둘 스러져갔지만, 그들이 몸을 던져 길을 뚫어낸 끝에 드디어 신은 몰포와 대치하게 되었는데.

동료들을 잃으면서도 몰포가 있는 곳에 다다라 필사적인 공방을 이어나가는 신. 그곳에 갑자기 날아든 소구경 유탄 지원 포격과 프레데리카의 결사적인 행동으로 몰포에게 아주 조금이나마 틈이 발생했다. 쏟아져 내리는 와이어 참격을 피해가며 몰포를 향해 날아간 신은, 키리야를 품고 있는 중앙 처리 장치를 향해 최후의 한 발을 날렸다. 하지만, 방아쇠를 당긴 순간 신의 귀에 어떤 '목소리'가 들렸는데.

몰포 토멸 작전은 성공했고, 신 일행은 살아서 연방으로 돌아온다는 약속을 지켰다. 잠깐의 휴식을 취한 후, 다시 한번 전선 부대에 종군하는 걸 희망한 그들은 에른스트로부터 어떤 통지를 받게 되었다. 공화국의 결사의 전장을 넘어 다다른 연방에서의 새로운 만남. 싸우고, 고뇌한 끝에 보게 된 한 줄기의 희망. 조금씩 움직이기 시작한 소년 소녀들의 이야기. 지금껏 나아갔던 여행길의 끝에서 그들의 눈동자에 비친 것은 과연.