全员成功进入新干线，但是新干线的提前发车是猫咪没有想到的，但目前为止还在预计的容差范围内，接下来只要成功带走保险箱就大功告成了。距离新干线进入隔绝一切的状态还有十分钟，行刑课的人发现了他们，正在接近他们。猫咪没有想到他们的就这么暴露了，猫咪让打架专家和杀人魔负责清除行刑课，不然就算拿到了保险箱也无济于事。骇客打开了通往下一节车厢的门，大家开始分头行动。 骇客还在一扇一扇的开启通往车厢尽头的门，运输工、打架专家和医生在另一节车厢中阻拦行刑课的人。此时新干线已经驶离关西进入了高速模式，再过五分钟就会进入绝对领域。骇客和诈骗师来到了客车车厢，原来新干线居然也会把人运往关东，但是猫咪说不论什么都会被进入关东前的消毒通道清除的。大家紧赶慢赶还是没有顺利完成计划，新干线载着众人进入了绝对领域通道。事到如今，车厢里的大家无论如何也出不去了，等待着他们的就是消毒区域，所有人都会丧命于此。 猫咪告诉大家事到如今唯一的解决办法就是打开保险柜，骇客打开了最后一节车厢门，只要穿过这里就可以成功拿到保险箱，然而大门一开却触发了防卫系统，猫咪也不知道到了这里居然还有防卫系统。骇客努力的侵入防卫系统，与此同时，打架专家和运输工终于解决了行刑课，暂时结束了战斗。骇客成功控制了防卫系统，操控系统切割了剩下的车厢，将行刑课的人留在了另一半新干线上。此时距离进入消毒区域还有３分钟，大家必须在这个时间里离开新干线。大家终于成功来到了保险柜的面前，本次行动的最后一块拼图，打开保险柜的特殊印章，就是猫咪本身。猫咪化成了一堆灰，露出了藏在体内的印章。保险柜打开，里面居然是两个一男一女两个小孩子。小女孩吹响了一个笛子，新干线外部升起了一层保护罩，慢慢停了下来。

保险柜打开，里面居然是两个小孩。任务完成，打架专家决定立刻回到关系和行刑课的家伙再打一场，甚至为此还愿意放弃约定好的十亿报酬。欺诈师还想拦一拦，但是两个小孩却说委托还没有结束，要把他们送到某个地方才算完成全部任务。大家离开了新干线的车厢，但是骇客没有下车，他决定直接乘着火车前往关东希望能在关东找到他一直在追求的东西。骇客甚至解除了他们脖子上戴着的炸弹项圈，还把他的一个摄像头送给了欺诈师。 追捕恶人们的行刑课人员被回收组及时的救助了，现在在关西警察医院养伤，还以为哪些罪犯们已经死了。行刑课得知本应送往关东的贡品也被截走后派出精英前去围堵罪犯。医生想知道兄妹俩的真实来历，但是欺诈师拒绝深究，决定要护送兄妹俩前往万博公园。但是大家完全没有听过这个地方。 行刑课的二人在医院得知了罪犯们顺利完成的任务，行刑课决定派出全部力量进行加清剿行动，而他们二人也被停职处分。运输工决定带大家从城市周围的下水管道偷偷进城前往目的地，医生也察觉出了欺诈师的隐藏能力，对她十分戒备。与此同时，行刑课全员出动，全力追击罪犯们，要抢回兄妹俩送往关东。

行刑课的人找到了恶人们藏身的废弃仓库，前来进行剿灭活动，运输工首先迎战，没想到当即就被解决了，大家完全不是行刑课的对手，运输工的摩托车也被他的光剑切开了。杀人魔和运输工一起加入了战斗，让诈骗师提前带着两个小孩子走。流氓在逃跑路上看到了格斗家，格斗家受了很重的伤却也不妨碍他的战斗欲望，流氓被他的热情感染了，也一下子变得斗志满满。诈骗师也没能带着两个孩子成功逃离这里，杀人魔被压在了废墟之下，在诈骗师即将被攻击的时候，杀人魔竟然字段了双腿挡在了她的面前，杀人魔浙江小男孩举到面前，行刑课的人果然不会伤害这个所谓的“货物”，杀人魔的手从小男孩的肚子中穿膛而过，将刀刺向了行刑课的人的腹部，诈骗师十分慌张，但那个小女孩却说没有关系，小男孩受伤的腹部又恢复了原状，原来两个小孩子拥有超自愈能力。 运输工抓住机会将诈骗师以及两个小孩带上摩托车之后全速前进，由打架专家和流氓等人拦住行刑课的动作，行刑课的人抱好了必死的决心，一定要解决眼前的罪犯。行刑课的人都身负处决罪犯的大义，是一群寻求着自己葬身之地的人，但是这样一来，行刑课的人和罪犯并无区别，所以指挥官才会把师徒二人规定为行刑课最小的行动单位，就是想让在这里的每个人都能拥有求生的意义。正因为心中有生的希望，在做好牺牲觉悟时，方能发挥出最强大的力量，师父留着徒弟一个人去执行任务，就证明师父已经做好了赴死的觉悟。行刑课的人和打架专家在暴雨中互殴，双方实力不相上下，徒弟正在赶去现场的路上，等她赶到的时候，师父已经是弥留之际了，师父把手中的剑交给她后就喝上了眼睛，他和打架专家同归于尽了。 运输专家载着大部队到达了两个小孩告诉他们的目的地，小男孩找到了一个开关，地面在他们眼前缓缓升起。

一座庞大的建筑物从地下升起了，男孩带着他们坐上了电梯前往了很深的地下。流氓终于追上了他们，流氓告诉他们他杀掉了那个行刑课的女人，还弄瞎了她的眼睛，也带来了打架专家死亡的消息。男孩对打架专家的死很不屑一顾，甚至还让流氓随意发泄。大家终于来到了地下，映入眼帘的是一座庞大的地下工厂，就是传说中的万博公园。大家看到了关西保留下来的战前的各种科技产物，甚至还有航天服和宇宙飞船。医生注意到兄妹俩走向了火箭发射装置那里，男孩告诉他们在战争发生前，人类可以自由的往返太空，男孩启动了火箭，准备前往人类在太空开发的空间站，兄妹俩额目的地是月球，他们二人无论如何都要逃离地球，因为他们身上背负着５５５５名兄弟姐妹的生命。 男孩终于透露了他们的身份，哥哥一直生活在一个实验基地里，每天都被进行着各种各样的实验，在那里还有很多和他一样被当做实验体的孩子，有一天他的同伴们用收集的衣服碎布做了一个小荷包给他，他一直很珍惜。终于有一天，哥哥从实验室里醒过来的时候不会再感觉到疼痛，也不再流血了，黑猫告诉他实验要结束了，他走出实验室的门，发现原本满满当当的大厅里没有任何一个人。校长告诉他，他作为实验题２５０２，成为这里的头号毕业生。他是靠着其他２５０１名孩子诞生的完美实验体。这个实验基地存在的目的就是为了能够制作出一群拥有不老不死的特殊基因的孩子，将大约２５００个孩子在溶液池中进行浓缩，这样诞生的孩子就会不老不死，而哥哥实验体２５０２就是这样诞生的。他们还会利用这个溶液池再制作一个孩子，然后将他们不断的送往关东。后来，实验体５７７７就是他的妹妹，新的“毕业生”，两个人就这样变成了兄妹。 猫咪对这对兄妹产生了怜悯之心，所以策划了这一场送兄妹俩出逃的计划。就在兄妹俩即将登上火箭时，医生突然出手阻止他们的离去，没想到医生居然是行刑课派来的内奸，行刑课的人早已埋伏许久，行刑课的长官告诉兄妹俩，他们看见的月球早已成为幻象，战争造成的影响比人们想象的要多的多，月球早已被地球上的战火摧毁了。兄妹俩被重新作为献给关东的祭品送上新干线，而罪犯们则被执行就地处决。哥哥在最后关头将妹妹和欺诈师推进了火箭仓内，自己留在了外面。倒计时结束，火箭飞向了太空。

诈骗师和妹妹坐上了可以前往月球的火箭，结果火箭刚刚冲出大气层就用完了燃料，火箭从高空坠落，诈骗师拉下了逃生舱的把手，终于在快要落地的时候撑开了降落伞。欺诈师运气很好，没有受什么大伤，但是妹妹被压在了废墟下面，虽然流了很多血，但是他们超强的恢复能力也让她没有性命之忧。欺诈师带着妹妹赶快离开了现场，不能再让行刑课的人抓到他们。行刑课的上级在责怪长官没有将罪犯们全部绳之以法。医生开始研究哥哥的基因细胞，发现哥哥体内的细胞是完全不会老化的，简直就像癌细胞。医生从实验室带走了哥哥。与此同时欺诈师带着妹妹想从新干线的隧道中走回去回到关西。 欺诈师准备带着妹妹去吃点东西，在付钱的时候却发现自己已经被通缉了，围观的人立刻报了警，欺诈师只好带着妹妹开始慌不择路的逃跑了。与此同时好不容易逃出来的流氓也发现满大街都是他们的通缉令，根本无处可去。流氓被一个人带去了酒吧恰好碰见了在那里筹备药品的医生。流氓告诉了医生哥哥的所在，希望医生能够放过他。流氓拿出了一个定位器，上面再追踪显示着哥哥的位置。流氓在哥哥我的护身符里放了定位器，却没想到那个护身符居然在运输工身上。

欺诈师和妹妹前往了一处废弃的楼房，在里面找到了罐头，两人得以找到食物充饥了。欺诈师剪短了自己的长发，改换了面貌，终于敢带着妹妹再次上街了。妹妹十分担心哥哥，无论如何她还是想要跟哥哥在一起。就在这时，有几个小混混走了进来，原来这废弃大楼正是他们的据点，就砸欺诈师和妹妹即将遭殃的时候，运输工赶来救了她们。

罪犯们的存在让各地的居民都陷入了恐慌，他们开始不断地游行示威，希望政府能够尽快将罪犯们彻底铲除，诚实各处也张贴着关于这些的标语，哥哥被行刑课的人带了回去，准备将哥哥继续送往关东，运输工帮欺诈师和妹妹做了一顿美味的饭，欺诈师和妹妹吃的很开心，觉得运输工应该改行去做厨师。欺诈师和妹妹打算潜入印章中心获得想要的信息，顺便找到哥哥的位置。但是运输工提醒她已经是超Ｓ级罪犯了，运输工让她去找行刑课的人问清楚哥哥的去向。 此时王都罪犯几人都藏在关西的各个角落，医生和流氓在酒店里探讨人生，医生说她希望拥有掌控生死的、掌控自由的权利。医生一直以来都为了这个目标努力着，完成了各种高难度王都手术，所以当医生知道那些孩子的体内拥有可以无限再生的细胞之后就十分心动。然而如今的关西已经开始变得混乱不堪，自称联防队的阻止正在擅自处决罪犯，罪犯一旦被发现了就会遭到众人私刑，行刑课也发现了这个现象，他们的防守因此松懈了许多，正好更利于运输工等人的潜入。没想到杀人魔居然也来到了行刑课的楼下，与此同时，运输工他们查到了哥哥所在的位置，也准备潜入行刑课实施营救计划。等到运输工他们赶到的时候，行刑课的大楼里已经成了一片尸山血海，杀人魔已经将这里屠戮殆尽。走火入魔的杀人魔想要对欺诈师开枪，运输工抢先一步射伤了杀人魔，他们二人扭打在一起，杀人魔说欺诈师的头顶上出现了赤红天使光环，一看见那个他就会忍不住想要杀人，危急关头，欺诈师躲开他跑进了大楼。欺诈师一路逃跑，妹妹被运输工带着坐上了摩托车，欺诈师也面临着杀人魔的攻击，最终，欺诈师将剑捅进了杀人魔的腹中，成功和运输工汇合了。但他们还是来晚了一步，哥哥已经被带上了去往关东的飞机。

罪犯们迟迟没有被行刑课缉拿归案，市民们在恐慌情绪的发酵下更加的极端，大家聚集在街头游行，声讨罪犯们，欺诈师在３２小时前在论坛上发布的宣战书让市民们大受刺激。而杀人魔也开始无差别杀人，民众们声称自己要保护自己，就一下子暴动了起来。警察署和行刑课也只好紧急触动去安抚民众的情绪，市民们聚集在关系的警察署大楼前，高声呼喊着，而行刑课总部的失手也让行刑课锐气大减，场面一度十分混乱。 与此同时，引起了混乱额度欺诈师本人正和运输工一起追赶着押送哥哥的飞机，担当他们来到关系大桥的时候去发现前路已经被堵的水泄不通，有人拿着喇叭让他们出示市民证，否则不会放他们过去。然而机器识别出了他们的身份，与此同时行刑课做出了一个决定，他们将暴动的平民也试做了罪犯，即将要进行清扫行动，为了关西的和平，付出再大的牺牲他们也在所不惜。市民们开始接连被捕，被带到警察署的市民们也惨遭杀戮。哥哥被带到了关西车站，即将坐上啊开往关东的新干线，就在哥哥即将要踏进门的时候，运输工和欺诈师终于带着妹妹赶到了，但还是晚了一步，哥哥还是被带上了列车。但是运输工他们没有放弃，就在这时，流氓却突然反水，挟持了欺诈师，医生也加入了想要抢夺哥哥的队列。这时，大批逃命的市民全都涌入了新干线，最终，大家为了躲避行刑课和警察署的追踪，全都登上了新干线。

在罪犯们坐上新干线之后，行刑课的人就失去了他们的踪迹，还有那些一起前往关东的市民，行刑课决定明天将化为暴徒的人群全都判定为罪犯，加以处决。很多行刑课的人也觉得难以置信，那些市民昨天还是他们要保护的对象，但是他们已经成为了暴徒，对关西的财产造成了损失，如果放着不管，肯定会出大事。而此时的诈骗师好像回归了她原本的生活，像往常一样下班后往家走着，像那天一样救下了一只猫咪，还在买章鱼小丸子的地方遇到了运输工，但他们二人似乎都没有认出对方。她不小心踢到了她的包，之前骇客留给她的小机器人掉了出来，但她显然已经不记得这些了。这个小机器人突然发出一阵亮光，将诈骗师带到了那家章鱼小丸子的门店前，地下还有一枚硬币。 与此同时，童年时期的运输工在拿到报酬回家后，看到了被袭击身亡的妈妈，这时强盗从他身后窜出来，切掉了他的右手，那个＝枚硬币就这样掉在了地上。时间线又回到诈骗师和运输工在章鱼小丸子店前相遇的情景，这一次两人都注意到了对方。而诈骗师收到了指示，她需要把那５００西元还给失主，才能结束这段循环。当诈骗师将那没硬币放到运输工的手里时，她周围的虚拟世界终于消散，她回过神来发现自己呆在新干线的车厢里。此时她背包里的小机器人飞了出来，骇客又重新操纵了它，刚刚若不是骇客出手相助，他俩已经像其他人一样被关东吸收掉了，诈骗师这才发现哥哥和妹妹都不见了。他们来到了外面，发现关东真正的样貌，关东人在城市毁灭之后将精神数据化，并且开始统合，但人的精神数据不仅庞大而且难以维持，为了制造容器，才让关西做的实验，他们打算将那个计算机，塞进两个孩子的体内，以此避免无法逃避的机械老化。而诈骗师想要解救那两个孩子，骇客答应他从数据内部尝试一下，最终通过骇客和诈骗师的努力，终于在最后关头成功了。

欺诈师带着妹妹和哥哥逃过一劫，当她醒来的时候哥哥和妹妹正在担心的看着她，欺诈师的腿骨折了，妹妹十分害怕，因为她的身体不能自愈。新干线已经完全被毁了，运输工推着他的摩托车从远处走来，行刑课的人还一直在找他们，他们只好暂且藏在一处废墟里躲避天上的侦察机。但是走到这一步，哥哥已经准备先行放弃了，欺诈师将那５００西元放在了运输工的身上，她是否能不甘，就因为这５００西元，她沦落为罪犯还杀了人，然而恐怕世界上再也找不到逼着更神奇的５００西元了，运输工相信这一定能改变运输工和哪两个孩子的人生，欺诈师拜托运输工将两个孩子带去西国，而她自己则选择留在这里拖住行刑课的人。 然而到这个关头欺诈师的谎言却没有起到作用，她很快就被行刑课的人人了出来，被执行了私刑。他们也发现运输工和两个孩子的踪迹，正当运输工和行刑课的人苦战时，民众们自发的向行刑课的大楼不端着扔着燃烧瓶，屏幕上到处都在播放行刑课虐杀普通人的视频，他们的恶劣行径引起了众怒。原来是她们的电脑被入侵了，就连市长也自杀了。城市再一次陷入了一片混乱中，运输工带着两个孩子趁乱逃跑了。运输工将两个孩子放在了距离四国不远处，便停下来肚子抵挡行刑课的追击，终于在运输工的拼死努力下，追击孩子的最后一架飞机也被他打落了，天光大亮，昨夜的一切好似没有发生过，整个城市又陷入了一片安静，兄妹两人也终于到达了西国。