19世紀末、イギリス。少年ばかりを狙った連続殺人事件がロンドンの市民たちを脅かしていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、被害者の共通点から犯人がとある貴族であることを探り当てる。特権階級の立場を利用し、弱い立場の少年たちを慰み者にする殺人犯を断罪すべく、“犯罪相談役（クライムコンサルタント）”であるウィリアムが作り上げた計画は……。

生まれながらに一生涯の身分が決められる階級制度は人間同士の差別を生んだ。そんな階級制度を嫌悪するモリアーティ伯爵家の嫡男アルバートは、慈善活動で訪れたラグド・スクールで不思議な魅力を持った孤児の少年に出会う。大人顔負けの博識でどんな相談にも応える彼のもとに自然と集まる人々。そしてアルバートもまた彼にある提案を持ちかける。

アルバートの推薦でモリアーティ家は孤児の兄弟を養子に迎えた。しかし養子といえど下級階級（アンダークラス）出身者。真の「貴族の子ども」に成り代わることはできない。家族どころか使用人たちさえもふたりを見下し虐げる様子に、アルバートは……。モリアーティ家の三兄弟、アルバート、ウィリアム、ルイス。血のつながり以上に彼らを強く結びつけた幼い日の契約と誓い。壮絶な過去が明らかに……！

学生時代の反政府勢力とのつながりをネタに、ミルヴァートンに脅迫されていたメアリー。シャーロックは脅迫のネタとなる証拠品を盗み出すため、ミルヴァートンの留守中に彼の屋敷に忍び込むことに。しかしそれすらもミルヴァートンの計画通りだった。シャーロックが足を踏み入れた先。そこにいたのは――。

自らの死をもって計画を遂げようとするウィリアム。その強い意志を受け入れた仲間たちは、それぞれに己の役割をまっとうするために動き出す。一方、"犯罪卿”ウィリアムから幕引きを託された"探偵”シャーロックもまた、ウィリアムの計画の真意にたどり着く。ロンドンを見下ろすタワーブリッジの上で、再び対峙したウィリアムとシャーロックは…。

英国有数の温泉地・バースで、人気の貴族画家が描いた絵が汚される事件が起きた。貧民街に咲く白百合の花……そのモチーフにウィリアムは既視感を覚える。ルイスと共にバースに向かったウィリアムは、捜査のためにやってきたシャーロックたちと偶然再会する。そして、一緒に噂の画家・キュービッド男爵の元を訪ねることになって…。