Un humano despierta y se da cuenta de que se ha convertido en un Squirtle. Luego de calmarse, decide unirse a un equipo de rescate llamado "Equipo Todo Lo Puede", con los miembros Chikorita y Charmander. El equipo acepta una misión para rescatar al hermano mayor de Pichu, Pikachu; mientras el famoso "Equipo ACT" (Alakazam, Charizard y Tyranitar) estaba ocupado en la Caverna Magma, rescatando a Plusle y Minun. Otro equipo, llamado "Equipo Maloso" (Gengar, Ekans y Medicham), también ha aceptado la misión.

Welcome to a world...where Pokémon, and ONLY Pokémon, live. A world where Pokémon can talk -- just like we do. Meet a boy who has mysteriously turned into a Piplup! This Piplup soon meets a Chimchar, who dreams of joining a brave Exploration Team. And at that magical moment, an exciting new adventure begins! Join us... After all, a whole new world of mystery and exploration awaits! Life is full of adventure, so get ready to explore!

Piplup, Chimchar y Grovyle están en la Tierra Oculta y se dirigen a la Torre del Tiempo a colocar los Engranajes del Tiempo, mientras en el Pokegremio el tiempo empieza a paralizarse. Luego de esto, nuestros héroes llegan a la Barca Arcoiris, donde los atacan los Sableye y se roban la Reliquia de Piedra de Chimchar para dársela a Dusknoir.