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Interprete versatile e carismatico, si è reso famoso grazie all'interpretazione di personaggi complessi, come Jimmy Emmett in Da morire, film del 1995 diretto da Gus Van Sant, o crudeli come Commodo, il malvagio imperatore parricida ne Il gladiatore. Ha offerto altre significative interpretazioni in The Master, interpretando il reduce Freddie Quell per cui ha vinto la Coppa Volpi per la migliore interpretazione maschile alla 69ª Mostra internazionale d'arte cinematografica di Venezia, in Two Lovers, in The Yards e in Quando l'amore brucia l'anima - Walk the Line, film drammatico incentrato sulla vita del cantautore Johnny Cash, dove ha mostrato anche doti canore, vincendo il Golden Globe come miglior attore e un Grammy Award. Ha ricevuto 3 candidature ai Premi Oscar: come miglior attore non protagonista per Il gladiatore e come miglior attore protagonista per Quando l'amore brucia l'anima - Walk the Line e The Master.

Phoenix nasce a Río Piedras, una circoscrizione di San Juan (in Porto Rico), il 28 ottobre del 1974 da genitori statunitensi. Il padre, John Lee Bottom, nativo di Fontana (in California), era di religione cattolica e di origini inglesi, tedesche e francesi, mentre la madre, Arlyn Sharon Dunetz, era nata nel Bronx (New York) da una famiglia ebraica di origini russe ed ungheresi. È il terzo di cinque figli, dopo River (1970-1993) e Rain (n. 1972) e prima di Liberty (n. 1976) e Summer (n. 1978). Joaquin è l'unico che non porta un nome ispirato alla natura; sentendosi escluso, a quattro anni decise di farsi chiamare Leaf (in inglese "foglia"), nome che utilizzò anche come attore fino all'età di 15 anni.