"舞台是日本的大正時代，名叫竈門炭治郎的平凡農村少年，靠著賣炭來維持一家的生計。某天他下山去賣炭，回家時天色已暗，好心的三郎爺爺便留他住了一晚。隔天他回到家卻發現家人全都遭到殘殺，只剩禰豆子身體還有餘溫，然而她似乎變得跟平常不太一樣？為了尋求拯救妹妹的方法，炭治郎踏上了斬鬼的冒險旅程。

「牠們就在你的身邊」——在新科技發展的近未來，社群網路上流傳著被稱為「全像幽靈」（Hologram Ghost）的真假不明的怪奇現象的傳聞。國中生天之河宙，因為啟動了父親失蹤後留下的名為「暴龍機」（Digivice）的「人体連動育成手環」（Vital Bracelet），開始能看到大家看不見的未知生物——「數碼獸」。從與父親所託付的頑皮數碼獸「伽馬獸」相遇的那天開始，就被捲入了各種怪奇現象中。盜取人類時間的「縫口男」，或是在夜晚徘徊並擄走人類的「木乃伊男」……全像幽靈，就在大家身邊伺機而動。由此開始，便是無人知曉的世界背後的故事。天之河宙、月夜野瑠璃、東御手洗清司郎和搭檔數碼獸一起，踏入了數碼獸生息的不可思議的世界。