時は大正、日本。炭を売る心優しき少年・炭治郎は、ある日鬼に家族を皆殺しにされてしまう。さらに唯一生き残った妹の禰豆子は鬼に変貌してしまった。絶望的な現実に打ちのめされる炭治郎だったが妹を人間に戻し、家族を殺した鬼を討つため、“鬼狩り”の道を進む決意をする。人と鬼とが織りなす哀しき兄妹の物語が、今、始まる――！

上杉達也と和也は双子の兄弟。お隣の浅倉家に生まれた南とは、小さな頃からいつも一緒。あまりにも仲良く、元気なのに手を焼いた（？）親たちは共同出費で子供たちのために、３人で学び遊べる家まで建ててしまった。ところが、彼らも中学生に入る頃から、この"男２人+女１人"という状況の持つ意味を、それなりに意識し始めた。周囲は明るく可愛い南、成績優秀の和也を似合いのカップルと思っている。それに反し、兄の達也はだれもが認める"出がらし"。成績、スポーツ共に、和也に比べて数段見劣りするのだ。だが努力することは嫌いでも、その隠れた才能を見抜いてるのが和也。しかしいつも達也に反発しながらも、内心は彼にまんざらではないようすの南に、和也も気が気ではなくなって・・・。

西暦2×××年、地球の人間たちは体を機械化させ、寿命を数百年に延ばしていた。だが、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。鉄郎はひとつの話を信じていた。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号に乗ればそこに行けるというのだ。母と二人でメガロポリスステーションを目指す鉄郎。その途中、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。たった一人雪原に倒れていた鉄郎は、謎の美女メーテルに助けられる。彼女は鉄郎に、銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させるのだった。無限の宇宙の彼方にある夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅がはじまる。(C)松本零士・東映アニメーション