Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommée Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de le lui prouver. Mais un accident arriva : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko meurt. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie et continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens. Un jour, une jeune fille nommée Kuroha Neko fait son apparition en tant que nouvelle élève dans sa classe. Pensant son amie vivante, il la questionne, mais malgré leur troublante ressemblance, il s'avère que la jeune fille ne connaît pas Murakami. Seulement, elle lui révèle qu'un accident le concernant va bientôt avoir lieu...

En l'an 2205, un groupe cherche à modifier le passé. Afin de protéger l'histoire du monde, des personnes connues sous le nom de Saniwa sont présentes. Ils possèdent le pouvoir de donner vie aux objets. Les plus forts d'entre eux sont appelés Tōken Danshi. Nous suivons la vie quotidienne de certains, notamment celles de Kashū Kiyomitsu et Yamatonokami Yasusada.