電影以荒川弘知名漫畫《鋼之鍊金術師》為原著，故事敘述 12 歲就考上國家鍊金術師的愛德華，與弟弟阿爾馮斯兩人為了讓死去的母親復活而使用鍊金術「人體鍊成」，但是鍊金失敗使愛德華失去了左腳，讓阿爾馮斯失去了肉體。於是愛德華用自己的右手作為鍊金的代價，讓阿爾馮斯的魂魄成功的附在盔甲上。為了取回原有的一切，必須讓法力增強才行，於是他們踏上了尋找能夠增強能力的賢者之石的旅程。復仇者斯卡將以原作角色斯卡為中心描寫，臉上有傷痕的他將為了族人，對所有的國家鍊金術師展開復仇。而最後的鍊成則是以原作至完結篇前的劇情為劇本，將真人版電影帶向結局。