Elokuvan tarina alkaa Avengers: Endgamen traagisten tapahtumien jälkeen. 16-vuotias Peter Parker on palannut lukioarkeen ja kotiin New Yorkin Queensiin May-tädin luokse. Supersankariointia hän ei juuri nyt kaipaa, sillä ikävä kuollutta Tony Starkia kohtaan on kova. Lisäksi teinipojan ajatukset täyttää MJ, jolle Peter suunnittelee tunnustavansa ihastuksensa luokkaretkellä Eurooppaan. Nick Fury yrittää tavoitella Peteriä, mutta tämä ei ole enään S.H.I.E.L.D.istä kiinnostunut. Fury ja Maria Hill ryhmineen joutuvat turvautuvaan kovempiin otteisiin ja ilmaantuvat Peterin elämään Euroopan mantereella, missä sekasortoa aiheuttavat oudot elementiaalit. Avukseen näitä hahmoja vastaan he ovat saaneet salaperäisen Mysterion, mutta myös Spider-Manin apu on tarpeen. Niin Peter joutuu jälleen tasapainoilemaan kavereiltaan salassa pitämänsä identiteetin ja tavallisen lukiolaispojan elämän välillä - samalla kun tekee luokkaretkeä maapallon toisella puolella.