Die Shinsengumi kämpfen einen verzweifelten Kampf gegen die neue Regierung. Hijikata lässt Chizuru in Edo zurück und bricht alleine nach Aizu auf, wofür er Kritik von seinen Kameraden einstecken muss. In einem Brief teilt er Chizuru mit, dass sie sich dringend in Sicherheit bringen soll. Um das eigene Überleben zu sichern, greifen immer mehr Kämpfer der Shinsengumi zum Ochi-Wasser, das ihnen die übernatürlichen Kräfte eines "Rasetsu" verleiht, aber auch gefährlich ist. Chizuru beschließt, ihrem Herzen zu folgen, und macht sich mit Kazama auf den Weg zu Hijikata. Auf der Reise dorthin, erfährt sie mehr über den Clan der Yukimura, dem sie entstammt. Als auch Chizuru in Aizu ankommt, kann sie endlich Hijikata ihre wahren Gefühle gestehen und es kommt zum Zweikampf zwischen Kazama und Hijikata.

决定历史命运的鸟羽伏见之战，在维新军的强大攻势下，幕府一方兵败如山倒，纵使心有不甘，云集了诸多高手的新选组也不得不在历史潮流的面前低头，吞下战败的苦果。在某个夜晚，雪村千鹤（桑岛法子 配音）目睹了土方岁三（三木真一郎 配音）被罗刹之血所折磨的痛苦一刻。另一方面，战胜者渐次逼近江户，新选组必须在此之前撤出江户，前往会津。风云突变的紧要关头，土方岁三不辞而别，冲田总司的健康状况已经到了崩溃边缘，而近藤勇（大川透 配音）也传出了即将问斩的消息。

Après leur retraite de la bataille de Toba-Fushimi, le Shinsengumi se rend à Kôfu sous le nom de Kôyô Chinbutai. Les combats s'enchaînent et la situation ne fait qu'empirer. Certains éléments en désaccord avec les décisions du commandement, commencent à quitter le Shinsengumi pour suivre leur propre voie... Chizuru a choisi de rester avec le Shinsengumi. Hijikata semble lui aussi avoir pris une décision ferme à ce sujet. Le chemin qu'il a choisi d'emprunter va-t-il l'éloigner de Chizuru ? L'histoire du Shinsengumi s'apprête à trouver sa conclusion lors d'une bataille sanglante opposant hommes, rasetsu et démons.

The second part of the retelling of the first and second seasons of the anime.

旧幕府軍の一員として薩摩藩や長州藩らによる新政府軍に戦いを挑むも、鳥羽伏見から撤退した新選組。彼らは旧幕府の要請により、甲陽鎮撫隊と名乗り、甲府へ向かう事に。戦況が悪化していくなかで、方針の食い違いから、新選組を脱退する者が出始めるが、千鶴は新選組と共に生きる事を選び、土方もある決意を固めていた。

Em meio à crise, o Shinsengumi se ver obrigado a recuar devido a força esmagadora do exército dos inimigos, que estão usando Rasetsus. E isso faz com que Kondou seja obrigado a tomar uma decisão crucial. Chizuru está em busca de Hijikata para que eles possam vencer todas as dificuldades juntos. Os membros do Shinsengumi fazem duras batalhas com o intuito de honrar a bandeira da sinceridade. Hijikata se vê numa situação em que deve proteger seus ideais e os ideais do Shinsengumi, e o mais importante, proteger a mulher que ama. O Shinsengumi irá sobreviver a tamanha desvantagem?

Em meio à crise, o Shinsengumi se ver obrigado a recuar devido a força esmagadora do exército dos inimigos, que estão usando Rasetsus. E isso faz com que Kondou seja obrigado a tomar uma decisão crucial. Chizuru está em busca de Hijikata para que eles possam vencer todas as dificuldades juntos. Os membros do Shinsengumi fazem duras batalhas com o intuito de honrar a bandeira da sinceridade. Hijikata se vê numa situação em que deve proteger seus ideais e os ideais do Shinsengumi, e o mais importante, proteger a mulher que ama. O Shinsengumi irá sobreviver a tamanha desvantagem?