Balto og hans søn Kodi opdager, at deres hundeslædeteams fremtid trues af ny teknologi, fordi det er hurtigere at sende post og varer med fly til byen Nome i Alaska. Der bliver lavet en postuddelingskonkurrence mellem Baltos slædeteam og piloten Duke, hvis flyvemaskine fascinerer Balto. Da Duke ikke når frem til målet, begynder nogle af hundene at fejre deres sejr, men Balto ved, at der er noget, der er gået galt. Balto får hjælp af Muc og Luc, og de begiver sig ud på en redningsopgave for at finde frem til Duke, Boris og det forsvundne fly