Ninja Resurrection takes place in the Tokugawa era, at a time when Christians in Japan were being persecuted. The leader of the Shimabara Rebellion, Amakusa Shirō, hoped to resist the government forces attacking Christians like him but is assassinated. Soon after, Amakusa's restless spirit returns to avenge his fallen comrades and is up to Yagyū Jūbei Mitsuyoshi to put a stop to the demonic onslaught.

Ninja Resurrection se déroule à l' époque Tokugawa , à une époque où les chrétiens du Japon étaient persécutés . Le chef de la rébellion de Shimabara , Amakusa Shirō , espérait résister aux forces gouvernementales attaquant des chrétiens comme lui, mais est assassiné. Peu de temps après, l'esprit agité d'Amakusa revient pour venger ses camarades tombés au combat et il appartient à Yagyū Jūbei Mitsuyoshi de mettre un terme à l'assaut démoniaque.

Der Ninjakämpfer Jûbei hilft der japanischen Regierung, ein Dorf von einem irren Sektenführer zu befreien. Doch kaum ist das Gemetzel beendet und der selbst erklärte Jesus tot, erwacht er plötzlich als der leibhaftige Teufel zu neuem Leben. Es droht ein gewaltiges Massaker, das nur der verwegene Jûbei verhindern kann.

Япония, 1614 год. Сегунат Токугава объявляет христианскую религию вне закона и жестоко расправляется с немногими японскими христианами. Горстка выживших верит в пророчество о спасении. Следуя этому пророчеству, будет рождено Божественное Дитя, которое избавит правоверных от врагов и напастей. Но также сказано, что если спаситель оступится, то переродится Сатаной. Против власти Сегуна выступает Сиро Амакуса, и христиане считают его долгожданным спасителем. Но в темных чертогах вершится кровавое предательство, осуществляется самая жуткая часть пророчества…

En Japón, durante la Era Tokugawa, toma lugar una persecución de cristianos bajo las órdenes de fuerzas gubernamentales. Yagyu Jubei Mitsuyoshi es asignado junto a un comando de ninjas para tomar control de una ciudad que ha caído bajo el mando de un joven cristiano llamado Amakusa Shiro, lider de la rebelión Shimabara y considerado por algunos como el próximo Salvador. Poco después de que Amakusa es asesinado, y siguiendo lo predicho por una profecía, su espíritu regresa a la tierra e inicia una masacre demoniaca en venganza de sus compañeros caídos, masacre que Jubei se dispone a detener.